用conda下载sratoolkit（sra-tools）

一只红天蛾

已于 2024-01-17 16:50:42 修改

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分类专栏：组学数据分析文章标签： linux 运维服务器

于 2022-11-22 13:39:40 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_51910597/article/details/127967771

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前期：安装sratoolkit用常规方法失败，经提醒用了conda下载。但是网上找的几串代码都不能跑成功。下面介绍一个万能解决的方法：

1. 搜索sra-tools版本，选择最新的

conda search sra-tools

之前安装2.x.x的版本都失败了，看到最新的有3.0.0版本的，于是尝试下载。

但是安装最新版本的sratoolkit也有隐患，例如好像不支持aspera工具的使用……但我只需要下载个数据和解压，用不到那么多的。

2. conda install sra-tools=[版本号]

conda install sra-tools=3.0.0

快到飞起！几分钟就搞定啦，之前都白等了！

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一只红天蛾

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Conda下载生物信息学工具

weixin_43927366的博客

03-11

770

总的来说，Cufflinks是一个功能强大的工具，适用于RNA-Seq数据的转录本组装和表达水平分析，为研究人员提供了丰富的功能和可视化工具，帮助他们深入理解基因表达调控的机制。表达水平估计：Cufflinks可以根据RNA-Seq数据估计基因和转录本的表达水平，提供FPKM（每百万读数的碱基数）和TPM（每百万转录本的碱基数）等表达水平指标。转录本组装：Cufflinks可以根据RNA-Seq数据对转录本进行组装，包括检测新的转录本、识别外显子边界和连接外显子，从而重建基因的转录本结构。

SraToolkit工具下载与安装

weixin_43840576的博客

09-14

7165

SraToolkit 下载与安装第一步：进入NCBI选择“Download”, 进入后选择“Download Tools”工具下载。第二步：选择“SRA Toolkit”的“Download”按钮，进入版本选择，此处我选择的是“CentOS Linux 64 bit architecture ”，若想在linux系统中下载，可选择右键“复制链接地址”，然后到linux系统中用wget命令获取。第三步：安装与使用第一步：进入NCBI选择“Download”, 进入后选择“Download Tools”工具下

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一个用prefetch下载数据的小问题

shengxinxiaobaibai的博客

11-08

1万+

2018.11.08 问题描述：我们从数据库传输数据的时候，常常喜欢用prefetch来下载，prefetch是集成在sratoolkit包中的一个软件，但是手动安装，往往会有各种麻烦和报错，所以，我还是选用了conda来安装，使用conda之前，先创建一个python2的小环境： conda create -n python2 python=2.7 #创建python2小环境 source ...

小白学生信使用fastqc分析文件2

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qq_51575505的博客

03-25

125

3、转换 SRA 为 FASTQ：fastq-dump --split-files SRR1234567 # 输出为 FASTQ。4、直接下载并转换：fastq-dump --split-files --skip-technical SRR1234567。主要支持：.fastq / .fq (标准FASTQ) .fastq.gz / .fq.gz (gzip压缩格式)fastq-dump --split-files --gzip SRR1234567 # 输出为 gzip 压缩格式。

SRA Toolkit(从NCBI下载数据)

m0_46807718的博客

08-07

2797

下载完成之后，当前文件夹下会生成一个。然后同级文件夹下会生成。

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Baimoc

11-06

1万+

下载与安装下载地址 https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?cmd=show&amp;f=software&amp;m=software&amp;s=software# 安装-zxvf sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64.tar.gz使用sra转fastq$ ../biosoft/sratoolkit/sratoolkit.2.8.2-1-

【NCBI】SRA toolkit安装及使用-Windows&Linux版本

weixin_48076899的博客

06-20

1万+

由于市面上的文章介绍SRA toolkit基本上都是基于Linux，而在windows下运行SRA toolkit基本上可以达到相同的效果且更为方便，故本文将分别阐明在Windows和Linux环境下SRA toolkit的安装及使用。

高通量测序SRA文件下载工具sra-toolkit安装方法

weixin_43399156的博客

03-20

8379

# linux 中进入 https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/Downloads wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.6/sratoolkit.2.9.6-ubuntu64.tar.gz #下载所需要的版本，我的是ubuntu version,版本实时更新，所以拷贝链接，变更版本号 # 将...

conda安装sratoolkit

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### 如何使用 Conda 安装 SRA Toolkit 为了通过 Conda 安装 SRA Toolkit，需先确认已正确配置好 Conda 环境。Conda 是一个开源的包管理和环境管理系统，允许安装多个版本的软件包及其依赖项，并可在隔离环境中切换...

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window 下载 SRA Toolkit 安装使用以及格式转化

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菜鸟自学之——SRA Toolkit 的下载和使用

hs6605015的博客

09-18

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sra toolkit是ncbi上将 .sra文件转换为 .fstaq.gz文件的工具。 1.下载/调用 SRA Toolkit 可以直接在linux里在线下载，要根据自己的系统选择合适的安装版本。我查看了一下主机的linux为redhat类型，没找到这个类型的版本，又去服务器看了一下其他人的sratoolkit版本，都是centos_linux，因而选择这个版本应该是合适的。 wget htt...

SRA-Toolkit安装

win_win223的博客

11-09

3343

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生信学习

10-31

9714

事情的起因是从NCBI SRA Database下载数据时的一个报错：path not found while resolving tree within virtual file system module - 'SRR1上次下载数据的时候还是上次，并没有遇到这个问题，所以果断去GitHub借助NCBI的 https 或者 ftp 网址，使用wgetcurl等同类工具替代下载更新sra-tools没错，我选择第二种解决方案，记录一下😑

Fastq文件的获取 (sratoolkit 工具)

qq_74093550的博客

10-25

1837

SRA Toolkit 工具的目的是下载NCBI未处理的SRA数据，还能将SRA文件处理成fastq文件。建议使用后台下载：（如果是服务器，后台下载不会因为连接中断而中断，除非服务器网断了）2、下载后，使用fastq-dump拆分sra数据，转变为fastq格式数据。里面(好像在SRA Toolkit里，忘记了，上次找了好久)。工具有个命令可以稳定下载数据，就是有点慢，但是稳定。对于多个数据下载：（方法多种多样，可以自己写循环）比如，如果你需要将文件输出到其他地方，加个。1、使用命令下载感兴趣的数据，

生信搬运工-02-sra文件的下载

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服务器下载sra文件

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10-10

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SRA Tools 项目教程 sra-tools SRA Tools 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/sr/sra-tools 1....

Linux里sra文件是什么,生信软件 | Sratools (操作SRA文件)

weixin_35778245的博客

05-11

1294

1. 介绍Sratools是NCBI官方提供，用于操作SRA (reads and reference alignments) 数据的工具集合一般常用于下载SRA文件，从SRA文件中提取fastq，sam文件，查看SRA文件信息等2. 安装这里提供两种方法，选择一种安装即可，强烈建议使用Conda方式安装2.1 Conda 安装conda install -y sra-tools这里需要安装Con...