Cantera 的 CTI 文件（或YAML文件）转换为 Chemkin 格式文件

CERFACS 化学网站中提供的机理文件是基于 Cantera 编写的，该类文件格式无法在 Chemkin 中使用，所以需要将 CTI 或 YAML 格式的文件转换为 Chemkin 格式的文件。

将 Cantera 的 CTI 输入文件转换为 Chemkin 格式机理文件（chem.inp、therm.dat 和 tran.dat）可以通过以下步骤完成：

一、安装 Cantera

        方法1  在 cmd 中安装 Cantera：

pip install cantera

        安装Cantera Python模块的第一步是确保安装了兼容版本的 Python，并且能够从命令行运行。Cantera 3.0.0 的软件包可用于 Python 版本 3.8、3.9、 3.10 和 3.11等。

       方法2  在 Anaconda 中安装 Cantera：

        如果在 cmd 中安装失败，可能是因为缺少 Boost 库等程序库，手动安装完这些库后还需设置环境变量，过程较繁琐。所以笔者建议使用 Anaconda 软件对 Cantera 进行安装。

软件来源：anaconda | 镜像站使用帮助 | 清华大学开源软件镜像站 | Tsinghua Open Source Mirror

安装教程：Anaconda 教程 | 菜鸟教程 (runoob.com)

        笔者下载的是目前最新版本的 Anaconda：

        安装完 Anaconda 后在 Anaconda Prompt 中，运行以下命令来安装 Cantera：

        1、添加 conda-forge 频道：

conda config --add channels conda-forge

        2、安装 Cantera：

conda install cantera

        3、验证是否安装成功：

        在 Anaconda Prompt 中通过以下命令来验证 Cantera 是否安装成功，若显示 Cantera 的版本号则安装成功：

python -c "import cantera as ct; print(ct.__version__)"

二、配置 PyCharm 使用 Anaconda 环境

（使用 cmd 安装 Cantera 可跳过此步）

        1、打开 PyCharm

        2、在设置中找到 Python Interpreter，选择 “Add Interpreter”、“Add Local Interpreter” 

        3、在 “Existing” 中索引到 Anaconda 的安装路径，选择 “python.exe” 、“Apply”

        4、等待更新结束；

三、将 CTI 格式转换为 yaml 格式文件

        打开 Anaconda Prompt（或 cmd ），依次输入：

cd C:\Users\lenovo\Desktop\chemkin_learning
# 其中“C:\Users\lenovo\Desktop\chemkin_learning”为CTI文件所在路径

cti2yaml "hydrocarbon_mechanism.cti" "hydrocarbon_mechanism.yaml"
# 其中 hydrocarbon_mechanism.cti 为要输入的 CTI 文件，后者为输出文件

（ 该方法来自 Cantera 官网：Converting CTI and XML input files to YAML | Cantera ）

注意：有些物质的机理在转换时会改变一些数值

四、编写 Python 脚本进行转换

        1、编写脚本：

import subprocess
import sys

def convert_yaml_to_chemkin(yaml_file, output_dir='', mech_file='chem.inp', thermo_file='therm.dat', transport_file='tran.dat', phase_name=None):

    mech_file_path = f'{output_dir}/{mech_file}' if output_dir else mech_file
    thermo_file_path = f'{output_dir}/{thermo_file}' if output_dir else thermo_file
    transport_file_path = f'{output_dir}/{transport_file}' if output_dir else transport_file

    cmd = ['yaml2ck', f'--mechanism={mech_file_path}', f'--thermo={thermo_file_path}', f'--transport={transport_file_path}', yaml_file]

    if phase_name:
        cmd.insert(-1, f'--phase-name={phase_name}')

    try:
        subprocess.run(cmd, check=True)
        print(f"Conversion successful! Files created at {output_dir if output_dir else 'current directory'}:")
        print(f"- Mechanism file: {mech_file_path}")
        print(f"- Thermodynamics file: {thermo_file_path}")
        print(f"- Transport file: {transport_file_path}")
    except subprocess.CalledProcessError as e:
        print(f"An error occurred during conversion: {e}")
        sys.exit(1)

if __name__ == '__main__':
    yaml_file = 'C:/Users/lenovo/Desktop/chemkin_learning/hydrocarbon_mechanism.yaml'  # yaml 文件路径
    output_dir = 'C:/Users/lenovo/Desktop/chemkin_learning'  # 输出文件路径
    convert_yaml_to_chemkin(yaml_file, output_dir)

        其中 'C:/Users/lenovo/Desktop/chemkin_learninghydrocarbon_mechanism.yaml' 为 yaml 文件完整路径，为保证解析正确使用正斜杠 ”/“ 。运行这个脚本后，会在当前目录下生成 chem.inp、therm.dat 和 tran.dat 文件。

        2、将编写好的 Python 脚本放到 yaml 文件所在文件夹：

        3、在 Anaconda Prompt（或 cmd ）中运行脚本：

python "C:\Users\lenovo\Desktop\chemkin_learning\hydrocarbon.py"

注意：有些物质的机理在转换时会改变一些数值

        4、检查生成的文件：

        脚本运行完毕后，你应该会在当前目录下看到生成的 chem.inp 化学反应机理输入文件、therm.dat热力学文件 和 tran.dat输运文件。

        由于笔者是初学者，能力有限，程序内容需要仔细修改才能适用其他工作内容，并且程序本身不够简洁也可能有错误之处，欢迎使用者批评指正。