菠萝笋-CSDN博客

原创 TE(LTR)插入时间计算

在EDTA的输出结果中存在一个genome.fa.mod.EDTA.raw文件夹，其中有个genome.fa.mod.LTR.intact.gff3 文件中有我们需要的信息，如下所示。最近遇到一个计算TE插入时间的需求，翻了翻网上的帖子只有 @weixin_46530443 一位大佬写过计算方式。虽然EDTA的输出结果包含了LTR的序列文件genome.fa.mod.LTR.intact.fa，但是我搞不清楚怎么从这个序列中拆出5‘/3’LTR，因此这里还是使用原始的基因组序列进行提取。

2023-07-15 15:45:40 1658 9

原创 ggplot2画图——将筛选到的突变位点（基因）画到染色体上

今天需要画一个图，把筛选到的SNP画到染色体上，可惜在网上逛了一圈一直找不到心仪的r包，只好自己动手了。首先需要一个关于染色体总长的文件，类似下图，具体怎么获得大家可以各显神通，这边推荐用tbtools。这里用到了ggchicklet这个包，主要是想要让染色体边缘变成圆角的，具体看参考。我非常满意，大功告成！

2023-04-28 17:36:22 1371

原创 ADMIXTURE的运行方法及其报错：Invalid chromosome code! Use integers.

记录一下今天遇到的一个小报错，在运行ADMIXTURE时按照以前写好的脚本运行居然报错了，看了一下日志信息发现了以下报错：Invalid chromosome code!Use integers.这里要求染色体名称必须是整数形式，让我想起了。，看来加入了indel之后染色体名又不能顺利转化为数字了。废话少说，直接开搞。

2023-04-24 20:55:12 884 1

原创 ggsignif报错:Can only handle data with groups that are plotted on the x-axis

今天遇到一个简单的报错，随手记录一下，数据就不展示了。

2023-04-24 16:53:09 553 1

原创 ggplot2画图——点图想要描边但是又需要去除边框

这里shape21~shaoe25的中间颜色是由fill参数控制，描边颜色由color参数控制。但是有些扭曲的人（比如我）会想到一些扭曲的要求——使用fill控制点的颜色然而需要去除边框。直到今天突发奇想——有没有一种颜色自带透明度？简单检索之后发现rgb()函数除了红绿蓝三个色道参数以外还有第四个不透明度参数。用ggplot试一下能不能去除点的描边。在用ggplot2作点图时，点的颜色默认是由color参数控制的。可以发现P1依然存在边框，而P2的边框已经消失不见了。

2023-04-23 10:35:48 1502 1

原创 EMMAX做GWAS分析时亲缘关系矩阵出现错误：FATAL ERROR : Minimum q eigenvalues of SKS is supposed to be close to zero

新人第一次发帖，本来想记录一下debug的思路的，但是遇到这个问题的人也不是很多所以懒得写了。而且说实话仔细检查了输入文件很快就能发现问题（而我还以为kinship矩阵肯定没错，毕竟生成kinship矩阵的时候完全没有报错。可以看到snp_filter_kin.tped的第一列被替换为了数字，而snp_filter.tped的第一列没有变化。其实下面这个才是我正常的染色体名称，好在kinship矩阵没有表头而且emmax-intel64在运行的时候不需要数字开头的染色体名。而且染色体名称也是原先的名称！

2023-04-15 16:51:49 693 2

weixin_52269481的博客