ADMIXTURE的运行方法及其报错：Invalid chromosome code! Use integers.

记录一下今天遇到的一个小报错，在运行ADMIXTURE时按照以前写好的脚本运行居然报错了，看了一下日志信息发现了以下报错：Invalid chromosome code!  Use integers.这里要求染色体名称必须是整数形式，让我想起了前几天做GWAS的时候解决的问题，看来加入了indel之后染色体名又不能顺利转化为数字了。废话少说，直接开搞。

less your.vcf|grep -v "#" |awk '{print $1}' |sort -u |awk '{print $1"\tChr"NR}' >chr_name_change.txt #生成染色体名称转化表,我的原本染色体名称类似：Chr01A,在这里只改成了Chr1
vim chr_name_change.txt #我希望把Chr1改成Chr01，但是不知道怎么写代码，只好手动添加

bcftools annotate --rename-chrs chr_name_change.txt your.vcf > chrname_change.vcf #admixture要求染色体名称只能为整数，而plink在处理形如CHR01的染色体时会自动替换为1，但有些染色体格式如CHR01A则不能转化，因此先使用bcftools进行格式转换。

plink --vcf chrname_change.vcf  --make-bed --out snp_indel  --allow-extra-chr --keep-allele-order --set-missing-var-ids @:# --chr-set 70 #plink转化为bed格式

seq 2 6 | awk '{print "admixture --cv -j2 snp_indel.bed "$1" 1>admix."$1".log 2>&1"}' > admixture.sh 

#在vi编辑器下输入
%s/^/nohup /
%s/$/ \&/

sh admixture.sh 
ps -aux |grep admixture

 大功告成