彩虹色的朝阳-CSDN博客

最近做单细胞数据分析时，发现了一个R包scCancer，发表在Briefings in Bioinformatic论文主页：简单尝试了一下，还是比较好用的，参数很简单，可以很方便的对数据进行分析，但是由于该工具只支持cellranger count输出的文件，个人觉得有点遗憾。因此，对该包一部分参数进行了简单的修改，让该工具可以支持其他类型数据的输入。所有代码已经放在这里了，有兴趣的可以看一下。最重要的，如果该工具对你的论文有帮助，请引用原文代码地址：基于R包scCancer修改的单

2022-05-01 21:00:46 931 4

原创关于Ubuntu服务器中一些远程服务无法使用的一个小问题

记录于2022年4月22日最近在使用服务器配置Jupyther notebook以及Samba服务时，每个步骤都没问题，但是无法使用，然后发现是防火墙的问题，但是即便关闭防火墙也依旧无法使用最后发现只需要在服务器终端中执行sudo iptables -F即可解决大部分与防火墙相关的问题。...

2022-04-22 09:22:58 160

原创关于R语言在for循环中保存图片失败的问题

发布于2021年10月25日今天下午使用R语言的for循环，对多组数据分析并保存结果图片时遇到一个问题，保存的图片文件无法打开，大小也不对。看到网上有个解决方法png(file="GO/GO_barplot.png",width = 800,height = 600) p1 <- barplot(GO_kk, drop = TRUE, showCategory =10, split=

2021-10-25 15:19:16 2787

原创关于使用Cytoscape软件合并多个网络图

发布于2021年10月22日最近在使用Cytoscape绘制基因-转录因子的调控网络图，想绘制这种包含正负调控关系以及对样本的调控关系的网络图。虽然很简单的方法，但是网上的帖子基本都是在水，这里给出一个简单绘制该网络图的方法。...

2021-10-22 17:54:58 3911

原创关于MACOS版Rstudio更新RStudio-1.1.463之后的版本无法正常显示的问题及解决方法

记录于2021年8月23日使用MACos版Rstudio时遇到一个问题，使用RStudio-1.1.463及之前的版本都正常，如果使用更新的版本则会显示错误，只有导航栏，无法正常显示今天因为必须更新最新的Rstudio版本，但是这个问题依旧存在，经过查找在Rstudio官网的RStudio Support>Knowledge Base>Troubleshooting界面发现了解决方法，链接如下：https://support.rstudio.com/hc/en-us/arti

2021-08-23 20:32:36 2358

原创 R语言包ggplot2绘制多组箱线图

最近在做cibersort浸润分析，在对结果做可视化的时候遇到一点问题根据默认的绘图只能进行一组数据的绘制，而我想要的结果是不同组数据同时展示就是这张图这种，然后在网上查了一下这个问题，虽然R语言相关的可视化问题挺多，但是没有发现这个问题怎么解决。不过也有一些帖子给了启发，就是导入一个额外的样本表型信息，然后再在代码的fill属性中设置选择样本信息，这对和我一样的小白们讲是比较麻烦的一种解决方法。后来结合这个思路，我找到了一个解决办法：这个是原始数据这个是自己手动添加..

2021-06-28 23:19:21 34198 21

原创 R语言中的一个小问题

记录于2021年6月23日关于R语言报错 unable to find an inherited method for function ‘biclust’ for signature ‘"data.frame", "BCPlaid"’今天在使用双聚类算法的时候，因为疏忽出现了这个错误，在一些论坛上看到关于这个问题的回答，有的答主写的有点偏甚至涉及到了R包底层的问题。其实很简单，在使用数据的时候格式错误了，数据格式是data.frame的，但是需要的是matrix格式，使用函数as.matrix

2021-06-23 20:47:13 1174 1