生信数据分析|解决“intallation of package ... had non-zero exit status”

生信的包安装的时候总是遇到各种各样的报错。。在安r包的时候我经常碰到这个问题，以下是一些我实践成功的解决方法汇总。失败原因总的来说可以分成两种，第一种是网络问题，包下不下来；第二种是缺少相关的依赖包，包没法安装。

1.包的常见安装方式

（1）方式一：install.packages

这是r安装包的常见方式，不过生信方面的包一般是用方式二和方式三来安装的。

（2）方式二：BiocManager

BiocManager::install("chromVAR")

（3）方式三：devtools

可以从github上直接下载，至于"jokergoo/ComplexHeatmap"这种的网址怎么获得，可以直接去github上搜自己想要的包，就能找到对应网址了。

devtools::install_github("jokergoo/ComplexHeatmap", ref="master", repos = BiocManager::repositories())

2.遇到non-zero exit status报错的解决方式

（1）方法一：更换镜像方式

网络问题引起的失败，首先可以尝试更换镜像网址。更换很简单！就是在RStudio里鼠标点一点即可，参考下方的两张图：

（2）方法二：手动下载并导包

如果更换镜像网址还是不行，那么可以选择手动下载包。这里有个小技巧，可以根据报错提示来找到包的下载网址！

        首先，把下方链接用浏览器打开、并下载下来。

        其次，把下下来的.tgz文件导入RStudio即可。Tools--Install Packages--Browse选择tgz文件的路径--install就行，无脑点鼠标～

（3）方式三：手动添加路径

我还遇到过一个比较奇葩的报错，报错提示说"ld: warning: directory not found for option '-L/opt/gfortran/lib/gcc/aarch64-apple-darwin20.0/12.2.0"。大家可以参考下方链接来解决该问题。

参考：

Macbook Pro M1版本安装R包链接库问题 - 知乎