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RSS订阅原创 R语言精美图形绘制系列 | 云雨图
主要发表或收录生物信息学的教程，以及基于R的分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；分享感兴趣的文献和学习资料!教程中也有提及，如果感兴趣可以自己看一下。数据就使用上期的数据即可，如不知道，请看。今天也继续分享一下使用R语言绘制。
2023-05-27 14:38:44
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原创 R语言精美图形绘制系列 | 箱线图绘制
今天的教程是看到那些优秀大佬的分享，自己截取需要的一部分，作为自己笔记进行分享。对于小杜的分享，绝大部分都是结合自己的需求，不会过于“迁就”各位童靴的需求，在后台也有很多同学留言，说是学习某某一方面的教程，或是图形的绘制等等。但是，自己的精力和时间有限，并没有那么多时间。，主要发表或收录生物信息学的教程，以及基于R的分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；分享感兴趣的文献和学习资料!关于theme（），我们可以自己编辑或设置一个，在所有图形中都有可运用，确保图形的统一性。2. x、y坐标轴互换。
2023-05-25 17:58:20
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原创 共线性分析 | Advance Circos图绘制
最近在作图，一直迷恋上TBtools了，真是感觉上手后，都不想自己写代码来分析或画图了。TBtools确实牛X，再一次发自内心的！关于使用TBtools做Circos图，CJ也做了很多的教程，以及也有很的同学或公众号推了相关的教程。，主要发表或收录生物信息学的教程，以及基于R的分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；出图后，我们自己需要调整很多的参数，如颜色，字体大小，距离......等等，具体可以根据自己的需求来调整。更多的参数调整，我们可以更具那些优秀的教程一步一步的操作。的文件中，并修改颜色。
2023-05-19 18:23:27
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原创 跟着Bioinformatics学作图 | Seqlogo图绘制
这个教程80%的分析都是基于TBtools，非常适合我们做基因家族的小白。那么，最近又在做一些相关的优化。今天在做Seqlogo图，也就查了一些教程，也做个记录吧。ggseqlogo包发表在Bioinformatic期刊中，使用相对简洁、方便，但是感觉批量绘制时颜色很难修改(PS:应该自己参数没使用对)。，主要发表或收录生物信息学的教程，以及基于R的分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；在meme网址中也也给你Seqlogo图，可以直接使用，只是需要手动组图。更详细的内容你可以看的包帮助文档！
2023-05-18 17:30:22
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原创 跟着PC学作图 | 小提琴图+Tufte箱形图+折线图的绘制教程
主要发表或收录生物信息学的教程，以及基于R的分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；分享感兴趣的文献和学习资料!本期，直接使用的文章中的数据。此步更具自己数据需求操作。绘制，数据类型也符合。
2023-05-16 17:02:44
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原创 基因表达谱的构建
最近，由于自己的事情比较多，公众号更新教程都是随机的。我也在前面的推文中说过，分享只是我学习中的一部分，自己也不是全职来做这块（PS：也做不下去），自己的推文仅仅只是记录自己学习过程。对于，我们这些小的公众号而言，公众号中唯一有经济收入的就只是推广和有同学的赞赏（PS：因此，大家看到推广也不要太烦，这些推广都是基于这个公众号定位推的，大家需要可联系相关工作人员即可）。因此，针对大家的后台问题，大多数时间都是过很长时间才会回复，实在没有办法，独自一个人的精力有限，不可能全部顾及。，可以看到如上界面内容。
2023-05-15 19:45:09
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原创 基于TBtools做基因家族分析教程 （全）
但是，只是这样的话，我觉得自己的这个教程就没有意义。软件默认的颜色，我自己不是很喜欢，但是也可以自己调整，也是很方便的哦。因此，使用Pfam数据库中一致的基因进行同源搜索（其实，你也可以使用已知作物中的基因进行同源搜索，获得结果基本一致）。也可以如上所示根据自己需求进行筛选，自己做的话，如果搜索的目的基因太多，而自己不需要这么多的同源基因，自己会进行手动过滤一些同源性较弱的基因。
2023-05-03 15:14:10
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原创 iqtree+ggtree绘制进化树教程
最近，自己在绘制进化树的分析，那么自己也总结一下相关的教程吧。对于进化树绘制的教程全网依旧是很多的。自己作为初学者，也是根据这些教程来学习，来做分析。做物种或基因的进化树，软件很多，目前很多可视化的软件都可以实现，功能很强大。，主要发表或收录生物信息学的教程，以及基于R的分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；,我们获得基因家族后，那么进化树绘制是必须的。进化树序列可以使用蛋白序列或核酸序列即可，格式按其准备即可。iqtree功能很强大，大家可以自己软件的官方文档。这里，我们使用基迪奥的教程，
2023-04-23 16:40:35
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原创 2023推文总结
2023年第一季度已结束，小杜又陪伴大家走过2023年三分之一的时光。随着工作任务的加重，教程更新有所延缓，实在是分身乏术，工作“饭碗”重要。
2023-04-20 08:17:06
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原创 使用Hmmer寻找同源基因
近两天在做基因家族的分析，这是第一次接触这块，很多不是很了解。在筛选同源蛋白序列的时候，以前都是使用BLAST进行比对，这次看到很多教程都是使用HMMER进行寻找，那么也就顺便来学习一下吧。HMMER使用并不是很难，原理与Blast一致，其实对于初学来说，难的主要是建立.hmm这一步。
2023-04-15 22:25:48
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原创 第一节 泛基因组（Pan-geneome）是什么
为了纠正这种错误，一些科研工作者将泛基因组进一步细分：在所有基因组的为核心基因（core），在几乎所有品系中发现的为soft-core，在比soft-core少但不止几个品系的品系中发现的shell，以及在只有几个品系中发现的为cloud。近年来，对同一物种多个个体的基因组或基因组片段的比较分析表明，一个物种内（尤其是同种水平下的品种、变种、地方种、野生栽培种间）的基因组可能以更显著的方式存在差异（包括结构变异（SV）的多样性），这些变异可能包含一个或多个基因并影响到物种重要的农艺性状。
2023-04-13 17:36:40
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原创 是内容的问题，还是大家比较喜欢“八卦”呢？
以及，自己坚持了这么久，自己也有一定的能力或是系统的归纳和整理很多资源，最少自己在使用的时候不需要全网的寻找代码，这就是平时自己积累的效果。真的，有时真的会有这样的想法，你就说，在这里没人知道你，没人旬你温饱，没人.......，有的就是：可以把啥啥代码分享一下吗，这个问题啥啥，如何解决.....，等等之类的。但是，上线时间可能会有点晚，自己录制的时间比较少，尽量录制的时候讲的详细一点。其实很多时候，我们的烦躁，只是自己想达到的目标，目前自己达不到，加上外界环境的“火上浇油”，导致自己心情难以控制。
2023-04-11 10:13:59
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原创 Nature Genetic | 番茄超级泛基因组的多样性和结构变异
综上，该研究利用番茄超级泛基因组揭示了野生和栽培番茄的基因组演化历史，系统解析了番茄野生种中尚未被充分挖掘的遗传多样性。该研究绘制了11个野生和栽培番茄的染色体级别高质量基因组图谱，阐明了茄属番茄组（Solanum section Lycopersion）的基因组演化历史，构建了首个番茄超级泛基因组/图基因组，并进一步在野生番茄中克隆到可大幅提升栽培番茄产量的新基因一个。在文章中，作者提供了全部的分析代码和分析流程，确实很牛X，对于我们想要学习这类型的同学来说是非常友好的，也是非常有帮助的。
2023-04-09 17:04:25
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原创 转录组上游分析教程 | 第一章 生信软件的安装
Shell是一个用 C 语言编写的程序，它是用户使用 Linux 的桥梁。Shell 既是一种命令语言，又是一种程序设计语言。，主要发表或收录生物信息学的教程，以及基于R的分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；分享感兴趣的文献和学习资料!Shell 是指一种应用程序，这个应用程序提供了一个界面，用户通过这个界面访问操作系统内核的服务。有root权限（可以使用yum或apt-get命令安装）1.12 Shell脚本的编写。1.11 使用源码安装软件。1.8 生信软件的安装。的教程，该教程内容是。
2023-04-07 08:42:47
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原创 转录组上游分析教程 | 第一章 Linux基础
主要发表或收录生物信息学的教程，以及基于R的分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；分享感兴趣的文献和学习资料!在我们的教程中，只会初步的教大家如何操作，就只是服务器操作的基础知识。对于Linux服务器的操作，在本次的教程中不会进行过多的讲解。我们依旧是更具从最简单的开始吧。1.4 如何学习Linux操作。1.7 Linux更多常用命令。1.2 如何获得Linux。1.5 Linux文件权限。1.6 Linux常用操作。1.1 Linux的简介。1.3 如何登陆服务器。
2023-04-07 08:40:45
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原创 转录组上游分析教程 | 课程介绍
（该教程是在2022年下半年就开始进行的工作，但是事情太多，一直推迟到现在）。本教程是使用MarkDown格式编写的，据统计共有2万多个字，8万多字符（PS：也许没有那么多，只是MarkDown格式显示较多而已）。面对的对象是针对零基础的同学，尤其是自学的同学。我感觉对于这些同学多多少少是有一定的帮助的，这也是自己一直更新教程的原因。但是，相信我们的付出终将会获得一定的成就！，主要发表或收录生物信息学的教程，以及基于R的分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；，只需付费后，整个系列教程都可以的观看。
2023-04-07 08:40:07
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原创 跟着PNAS学作图 | 提供全文数据和代码
该文章发表于2021年，论文中图形对我们一部分同学仍具参考价值。作者提供的全套的代码和数据，可以直接使用。此外，作者的数据和代码写的非常的规整。但是，需要看懂和运行代码，还是需要有一定的基础。，主要发表或收录生物信息学的教程，以及基于R的分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；分享感兴趣的文献和学习资料!**这样一连串的的就绘制出图1。但是，有多少同学可以知道作者绘制每个图形的数据类型是什么样呢？论文主图仅有两张，如下图所示。
2023-03-30 14:50:59
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原创 跟着NC学作图 | 柱状图新画法 （环状柱状图）
小杜的生信筆記 ，主要发表或收录生物信息学的教程，以及基于R的分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；分享感兴趣的文献和学习资料!期刊的图形，我不知道叫什么图形，但是仔细一看就是的属于“环状柱状图”，那就是这样叫吧！本教程绘制的图形是来自。
2023-03-13 22:30:37
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原创 生信绘图小技巧 | 多组小提琴柱状组合图绘制
昨天，我们分享了跟着NC学作图 | 差异比较小提琴+柱状组合图的教程。这是单个图形的教程，「如果是多个类似的图形，我们需要绘制呢？」对于这个问题，我们很多同学首先想到的就是“拼图”，这也是我的首先想到的。使用plot_grid()函数进行拼图拼图的方式很多，我一直都是使用plot_grid()进行拼图，我个人认为这是很简单的方法。plot_grid()操作## 绘制各个图形p1p2p3..............## 拼图 plot_grid(p1,p2,p3,&
2023-03-06 20:58:00
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原创 小杜拍卖 | 自动iPad Air 5转卖“有缘人”
1前言今天的主题不再是关于生物信息学相关的教程，大家看题目就知道，小杜今天想拍卖自用第5代iPad air （M1芯片）。这是一个忧伤的故事，这台iPad air （5th）是在2023年2月份购买的，没错！！您没看到错，是上个月才入手的，现在含泪转手。当时，入手的原因是为了让自己学习。但是，后面自己又购买的电脑，iPad就在吃灰，基本就是1周充一次或两次电，基本在吃灰。没有发挥它的光和热，还占用自己仅此不大的桌面空间。算了！！ 算了！！ 直接出售吧！2配置颜色：深空灰（个人一直购买的手机和电脑
2023-03-04 13:49:12
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原创 GWAS分析教程 | 一篇教程可以发3区SCI
今天分享的是Genome-Wide Association Studies(GWAS)教程，只是发表在中科院分区3区的Int J Methods Psychiatr Res期刊中，2021年的IF为4.182。没错，人家就是写了篇GWAS的教程，来发表3区的文章。虽然，这是在2018年发表（4年前）。可以看一下2018年该期刊的IF是2.2，2021年IF涨到了4.1。「本论文网址：」https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/mpr.1608
2023-03-02 21:04:32
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空空如也
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