BioinfoDu

原创 在Linux服务器中部署omicverse-web，助力组学分析

Steorra开发了OmicVerse(OmicClaw)，给我们组学分析带来了很大的便利性，非常优秀的软件。此外，Steorra也做非常详细的教程，也在他自己的账号下分享了教程。但是，作为的一名使用者，无论怎么再怎么优秀的软件，得自己使用上才可以。若是一味的纸上谈兵，那都是没有任何意义。在前面的教程，我们分享了在Linux中安装omicverse / OmicClaw，Bulk RNA和单细胞分析“信手捏来”？，此教程也初步提到omicverse-web的安装，但未做“步骤性”的教程。

原创 在Linux服务器中部署omicverse-web，助力组学分析

Steorra开发了OmicVerse(OmicClaw)，给我们组学分析带来了很大的便利性，非常优秀的软件。此外，Steorra也做非常详细的教程，也在他自己的账号下分享了教程。但是，作为的一名使用者，无论怎么再怎么优秀的软件，得自己使用上才可以。若是一味的纸上谈兵，那都是没有任何意义。在前面的教程，我们分享了在Linux中安装omicverse / OmicClaw，Bulk RNA和单细胞分析“信手捏来”？，此教程也初步提到omicverse-web的安装，但未做“步骤性”的教程。

原创 华中农大马铃薯团队揭示脱落酸信号“解锁”块茎形成新机制

华中农大马铃薯团队在New Phytologist发表研究，揭示了脱落酸（ABA）信号通过蛋白磷酸酶StHAB1调控FT同源蛋白StSP6A的活性，从而影响马铃薯块茎形成的关键机制。研究发现ABA信号决定匍匐茎响应块茎形成信号的能力，而非简单促进块茎形成。通过遗传学和蛋白互作分析，团队证实StHAB1与StSP6A直接互作，并调控其磷酸化状态，进而影响下游基因表达。该研究为理解植物激素互作调控器官发育提供了新范例，并为马铃薯遗传改良提供了理论依据。成果由国家自然科学基金等项目支持，宋波涛教授为通讯作者。

原创 OpenClaw实现“零”token，免除 API Token 费用

我们这里使用的是西柚服务器，他们的下载网络确实很快，有国际专线，前面我们在zenodo数据中下载T2T泛基因组，轻轻松松搞定，。BioinfoDu。

原创 Evo2，基因组建模和设计

推荐大家购买最新的教程，若是已经购买以前WGNCA教程的同学，可以在对应教程留言，即可获得最新的教程。（注：此教程也仅基于自己理解，不仅局限于此，难免有不恰当地方，请结合自己需求，进行改动。，一个生物学基础模型，它基于来自高度精心策划的基因组图谱的9万亿个DNA碱基对训练，该图谱覆盖了生命的所有领域，具有100万个具有单核苷酸分辨率的通证上下文窗口。我们这里使用的是西柚服务器，他们的下载网络确实很快，有国际专线，前面我们在。**发表时间：**2026年3月4日。**发表期刊：**Nature。

原创 Nature | Evo2，基因组建模和设计

推荐大家购买最新的教程，若是已经购买以前WGNCA教程的同学，可以在对应教程留言，即可获得最新的教程。（注：此教程也仅基于自己理解，不仅局限于此，难免有不恰当地方，请结合自己需求，进行改动。，一个生物学基础模型，它基于来自高度精心策划的基因组图谱的9万亿个DNA碱基对训练，该图谱覆盖了生命的所有领域，具有100万个具有单核苷酸分辨率的通证上下文窗口。我们这里使用的是西柚服务器，他们的下载网络确实很快，有国际专线，前面我们在。**发表时间：**2026年3月4日。**发表期刊：**Nature。

原创 生信技能技巧小知识，Linux多线程压缩/解压工具

我们分享了Linux中多线程压缩软件 | Mingz。对于个人来说，比较喜欢把CPU全部榨干，因此，不会留给CPU任何余粮（PS：在使用的时候）。因此，多线程是在跑程序时必须加上的参数。前段时间，下载了几百个fq数据，有时分析需要进行解压，若是使用Linux自带的压缩解压软件，基本只能使用单线程。为提高效率，我们来分享支持多线程的压缩解压软件。pigz是 Parallel Implementation of GZip 的缩写，它是 gzip 的全功能替代品，在压缩数据时可充分利用多处理器和多内核。

原创 SRA / FASTQ / FASTA 数据下载神器 | Kingfisher

关于的Kingfisher的教程在2024年就推荐给大家，自从使用了Kingfisher后，自己基本就没有再使用其他的软件进行下载数据，Kingfisher基本满足我们的大部分人基本需求。我们在以前的教程中分享过如何从NCBI中下载FQ数据，详情请看转录组上游分析教程 | NCBI转录组数据的下载NCBI数据库下载SRA数据。相对而言，我们主要是通过SSR号进行下载，也可以批量进行下载。

原创 批量下载SRA / FASTQ / FASTA 数据，一键下载解压 | Kingfisher

关于的Kingfisher的教程在2024年就推荐给大家，自从使用了Kingfisher后，自己基本就没有再使用其他的软件进行下载数据，Kingfisher基本满足我们的大部分人基本需求。我们在以前的教程中分享过如何从NCBI中下载FQ数据，详情请看转录组上游分析教程 | NCBI转录组数据的下载NCBI数据库下载SRA数据。相对而言，我们主要是通过SSR号进行下载，也可以批量进行下载。

原创 对于投稿的那些事，心态的变化由开始“激动”到“平常心”的变化过程

摘要 本文回顾了T2T级别泛基因组研究的发展历程，指出2026年将是其爆发式增长的一年。文章分享了科研投稿过程中的心路历程，从初次投稿的"迷茫与兴奋"到多次投稿后的"平常心"，反映了科研工作者对学术发表的真实体验。作者还推荐了生信分析所需的云服务器资源，并汇总了WGCNA分析、转录组分析和R语言绘图等实用教程资源。最后鼓励读者分享第一次投稿的心情，展望2026年的科研工作。全文既包含前沿科研动态，也真实记录了科研工作者的投稿心路历程。

原创 假如你服务器硬盘容量不够了，怎么办呢？

对于做组学的同学来说，“存储量”是一个重要的现实问题。相比生理生化等数据，组学数据fafabamsam等文件是占了95%-98%的空间，这些数据少则2-3G（如fq数据），多则上百G（如sam数据）。因此，对于存储的空间，少则1-2T（基本只能满足RNA-seq的数据分析），多则10-20T，甚至更多。注意：我们这里所指的是个人存储量。因此，对于做生信的同学而言，基本手中都会至少有1-2个移动硬盘（单盘容量在5TB），甚至更多。以及，个人用户服务器的存储量基本也会在1-2T（这是最最低标准）。

原创 对于MDPI和Frontier系列的期刊，大家为什么如此争议呢

MDPI和Frontier系列期刊争议分析：这两个出版社因其庞大的发文量（如Frontier单月发文超1.3万篇）和高昂的版面费（约2-3万元/篇）备受争议。虽然投稿周期短、录用率较高，但文章质量参差不齐。是否投稿需综合考虑：毕业急需、文章质量、经费支持等因素。建议已有该系列文章者谨慎再投，学生投稿需导师把关。争议核心在于"量高价高"与学术质量的平衡问题。（149字）

原创 基于R语言绘制网络图，新人选手上手

本文介绍了如何使用ggNetView包绘制网络图。首先详细说明了安装前的准备工作，包括R版本升级、Rtools安装以及R包路径设置。接着讲解了安装过程中可能遇到的问题及解决方法，如升级BiocManager包、安装SpiecEasi和mascarade包等。最后展示了如何使用该包构建网络图并进行可视化，包括基本网络图和带有模块信息的网络图绘制。文章提供了完整的代码示例和效果图，帮助读者快速掌握该工具的使用方法。

原创 SNP曼哈顿图绘制

本文介绍了使用R语言绘制SNP曼哈顿图的方法，用于可视化基因组各染色体上SNP位点的FST值分布。FST值反映群体遗传分化程度，数值越高差异越大。教程提供了完整的R脚本代码，通过输入包含SNP位置和FST值的数据文件，可生成彩色曼哈顿图，并支持设置染色体数量、名称前缀和FST阈值等参数。该方法适用于群体遗传学研究，能直观展示基因组范围内的遗传变异模式。运行示例展示了如何分析马铃薯12条染色体的SNP数据，输出PDF格式的结果图。

原创 使用R语言绘制SNP曼哈顿图

本文介绍了使用R语言绘制SNP曼哈顿图的方法，用于展示基因组各染色体上SNP位点的FST值分布。FST值衡量群体遗传分化程度，数值越高差异越大。教程提供了完整的R脚本代码，通过命令行参数指定输入数据、输出文件名、染色体数量、染色体前缀和FST阈值。脚本采用交替颜色区分不同染色体，并绘制阈值参考线。该可视化方法适用于群体遗传学研究，能够直观显示基因组中显著分化的区域。文章还提供了参数说明和运行示例，方便研究人员直接应用。

原创 一区 | 河南大学油菜科研团队发现平衡油菜“耐旱-稳产”的关键调控因子，在一区期刊发表

该研究在甘蓝型油菜中发现了一个参与干旱胁迫应答的关键转录因子BnNAC038，系统解析了其协调植物干旱应答与产量平衡的分子网络，为突破作物育种中“生长与防御”难以协同的瓶颈问题、实现“耐旱不减产”的育种目标提供了关键基因资源与创新育种策略。尤为关键的是，连续两年的田间试验证实，bnnac038植株在增强了耐旱性的同时，最大限度地减少了产量损失：在正常条件下生长发育和产量与野生型无显著差异，而在干旱胁迫下，其光合能力更强、蔗糖与葡萄糖积累更多，最终生物量与种子产量的损失均显著低于野生型。教授为共同通讯作者。

原创 Plant Journal | 河南大学油菜科研团队发现平衡油菜“耐旱-稳产”的关键调控因子，为作物抗逆育种提供新策略

河南大学王道杰教授团队在《The Plant Journal》发表研究，发现油菜转录因子BnNAC038是平衡"耐旱-稳产"的关键调控因子。通过CRISPR/Cas9敲除该基因，突变体在干旱条件下表现出增强的耐旱性，同时产量损失显著低于野生型。研究发现BnNAC038通过双重抑制机制：一方面抑制ABA信号通路关键基因BnSnRK2.6的表达，负调控干旱应答；另一方面抑制光合作用和糖代谢相关基因BnPPC2和BnPGK的表达。敲除该基因后，植株能更快速关闭气孔减少水分流失，同时维持更高光合

原创 WGAS学习代码

这篇教程介绍了全基因组关联分析（WGAS）的关键方法和流程，包括数据质量控制、群体结构分析和关联分析方法。主要内容涵盖基因型/表型数据处理（1_QC_GWAS）、群体分层校正（2_Population_stratification）以及GLM、MLM等GWAS模型应用（3_Association_GWAS）。教程特别强调了模型选择、多重假设检验校正（Bonferroni/FDR）等核心环节，提供了完整的代码实现（1_Main_script_QC_GWAS.txt）。该资源已在Github获得900+星标，包

原创 华中农大丁广大课题组在中科院一区Top期刊Trends in Plant Science发表论文

华中农大丁广大团队联合澳大利亚乐卓博大学在《Trends in Plant Science》发表综述，系统评述酸性土壤治理技术。研究指出土壤酸化（pH<5.5）会引发有毒金属释放、微生物失衡及养分流失等问题。团队提出"传统+现代"协同修复策略：1）精准农业实现按需改良；2）基因编辑培育耐酸品种；3）纳米材料保护根系；4）微生物接种恢复土壤活力。同时强调需平衡高科技方案与低成本农艺措施的应用。该研究为酸性土壤治理和粮食安全提供了创新解决方案。

原创 华中农大丁广大课题组联合澳大利亚乐卓博大学Surya Kant团队在Trends in Plant Science发表论文

华中农大丁广大课题组联合澳大利亚乐卓博大学Surya Kant团队在《Trends in Plant Science》发表酸性土壤可持续修复技术综述。研究指出全球土壤酸化导致金属毒性、微生物失衡和养分流失三大危害，提出"传统+现代"协同修复方案：精准农业监测、耐酸作物育种、纳米材料保护和微生物接种。同时强调需兼顾成本效益，结合绿肥种植等低成本措施。该研究为酸性土壤改良和粮食安全保障提供了创新思路。

原创 Chip-seq上游分析教程，从fq到数据

本文介绍了ChIP-seq上游分析流程，包括数据下载、质量控制、基因组比对、去重处理、样本重命名、峰值检测等步骤。作者使用番茄ChIP-seq数据作为示例，提供了详细的代码和文件结构说明。分析过程中采用了Singularity容器封装常用软件（如MACS2、bedtools等），方便直接使用。教程整合了多个优秀参考资料，强调实际操作的重要性，建议读者结合具体数据验证代码。文章还提供了分析流程的图形展示和完整的文件目录结构，可供初学者参考学习。

原创 Chip-seq上游分析流程 （附代码） | 新手可入

本文分享了一个ChIP-seq上游分析流程教程，包含从原始数据下载到peak calling的完整步骤。教程基于番茄ChIP-seq数据（PRJNA1124576），提供了详细代码和Singularity容器封装的主流软件（如fastp、bowtie2、MACS2等）。分析流程涵盖数据质控、比对、去重、peak calling等环节，并附有可视化结果（如peak热图）。特别适合新手学习实践，所有资源可通过社群获取。文中还整合了多个优质参考教程，建议读者结合自身时间选择性学习。

原创 Cell | 细菌系统发育树绘制（附代码和数据）

本文分享了基因组分析教程的数据准备文件"genomes_metadata.txt"，包含根际细菌的基因组信息。该数据集记录了基因组ID、宿主来源、基因组类型、质量指标(完整性、污染度)、GC含量、基因数量等特征，以及分类学信息。文件还包含植物关联特征如是否作物、是否谷物等标记。获取完整教程可在公众号后台回复"20250928"。这些高质量分离株基因组数据可用于微生物组与植物互作研究。

原创 Cell | 细菌系统发育树绘制（附代码和数据）

本文提供了一组高质量细菌基因组数据，包含多个从紫花苜蓿根部分离的细菌菌株。数据文件"genomes_metadata.txt"详细记录了各菌株的基因组特征，包括宿主信息、基因组类型、质量评估指标（完整度、污染率等）、基因组大小、GC含量、分类学信息等。这些数据可用于微生物组学研究，特别是植物根际微生物群落分析。读者可通过在公众号后台回复关键词"20250928"获取完整数据和代码。

原创 Nature顶刊发表单细胞文章，并提供了全文分析代码R+python，2024年预印版发布，2025年正式发表于Nature

摘要 杜克大学研究团队在《Nature》发表最新成果，揭示了基底细胞作为小细胞肺癌(SCLC)等神经内分泌-簇状癌症的起源。研究发现，源自基底细胞的肿瘤表现出与人类SCLC高度相似的特征，并首次发现Atoh1+转录状态。通过单细胞克隆分析，团队揭示了神经内分泌-簇状可塑性的谱系轨迹机制。研究还发现，基底细胞中MYC高表达、PTEN缺失和ASCL1抑制等遗传改变会协同促进簇状肿瘤形成。对944个人类SCLC样本的转录组分析确认了基底样亚群的存在，为理解肿瘤异质性和靶向谱系可塑性提供了新思路。作者已公开全部分析

原创 基于全基因组做UGT基因家族，发Top期刊（纯生信）

原文链接：https://doi.org/10.1093/hr/uhaf204PDF预印版：https://academic.oup.com/hr/advance-article-pdf/doi/10.1093/hr/uhaf204/63899420/uhaf204.pdf。

原创 如何高效使用Xshell和finalshell连接服务器，简单&高效

本文介绍了两种常用的服务器连接工具Xshell和Finalshell的使用方法。文章首先分享了作者学习Linux和生物信息学的经历，建议初学者不要浪费精力在本地虚拟机安装Linux系统，推荐使用云服务器。详细讲解了Xshell和Finalshell的下载安装步骤，包括官网下载地址和网盘资源分享。重点演示了两种工具如何连接服务器的具体操作流程，并对比了它们的界面特点。作者还提供了相关软件的云盘下载链接，方便读者获取。文章以实用基础内容为主，旨在帮助生物信息学初学者快速掌握服务器连接工具的使用。

原创 生信软件管理， 容器-Singularity学习笔记

原创 “开源宇宙”的显卡拓展坞用户者，我被客服拉黑了.......??

此推文是一个吐槽的推文，大家可以抱着吃瓜的心态观看。其实，自己并不想发次牢骚，但是，开源宇宙开源宇宙GPU oculink（目前）；开源宇宙GPU服务器工厂）的做法实在让消费者难看。开源、拓展坞之类的产品，不可否认，他们在“开源”这块做的确实不错。自己也是很早以前就知道他们，也关注过他们的产品。此外，也购买了他们的oculink拓展坞。当时，我们的也就此出了学生及科研人员电脑配置推荐 | 笔记本+外置显卡配置，性能足够支持完成你博士论文文本内容，在此文章中，我们也对此介绍了开源宇宙的拓展坞优缺点。注意。

原创 GO富集分析，TopGO包，你用不？

推荐大家购买最新的教程，若是已经购买以前WGNCA教程的同学，可以在对应教程留言，即可获得最新的教程。（注：此教程也仅基于自己理解，不仅局限于此，难免有不恰当地方，请结合自己需求，进行改动。今天在一篇文章中看到，使用这个包，因此也来分享一下。，注于分享生物信息学相关知识和R语言绘图教程。对于TopGO包感兴趣的同学可以了解一下教程。

原创 植物中lncRNA鉴定和注释流程，代码（包含Identified，Classification，WGCNA.....)

推荐大家购买最新的教程，若是已经购买以前WGNCA教程的同学，可以在对应教程留言，即可获得最新的教程。（注：此教程也仅基于自己理解，不仅局限于此，难免有不恰当地方，请结合自己需求，进行改动。，注于分享生物信息学相关知识和R语言绘图教程。

原创 Q1 Top IF 18.7 | 基于泛基因组揭示植物NLR进化

标题：Pangenomic context reveals the extent of intraspecific plant NLR evolution。文章DOI: 10.1016/j.chom.2025.07.011。期刊：Cell Hose & Microbe。

原创 基于R语言，“上百种机器学习模型”学习教程 | Mime包

本文介绍了基于R语言的Mime机器学习框架，用于构建和可视化临床特征预测模型。该框架支持上百种机器学习算法，可用于预后预测和特征选择。文章提供了详细的安装指南（包括Bioconductor和GitHub依赖包）及使用示例，展示了如何利用基因表达数据和临床信息构建预后模型。通过ML.Dev.Prog.Sig函数可筛选最优算法组合，并可视化模型性能（如C-index）和生存曲线分析。该工具特别适用于100+样本量和50+基因的研究场景，为临床预测建模提供了灵活高效的解决方案。

转载 做生物信息学为何要使用服务器？生信虽好，但得学啊！

本文介绍了生信分析中推荐使用服务器的原因及优势。作者指出，个人电脑虽可完成部分分析，但在处理单细胞、基因组等复杂数据时性能不足。自配服务器存在电费、运维等隐性成本，而云服务器（如西柚云）则提供了便捷、高性能的解决方案，无需设备维护，支持开具发票报销。文章还提供了西柚云服务器的优惠链接和操作指南，帮助用户快速选择适合的配置。

原创 一区Top期刊 Acceptance Rate: 5%，接受率为5%

一区Top期刊 Acceptance Rate: 5%，接受率为5%期刊:Journal of Advanced Research国家:Netherlands出版社:Elsevier B.V.影响因子:JIF5=11.6JCR分区：Q1中科院大类：1Top：是Open Acess：是。

原创 哈哈哈，我时隔2年的投稿“征程”，我想不只是我遇到这样的“遭遇”吧。投稿2年，我都结婚了......

了解我的人知道，我不是一个喜欢“惹事”的人；我也并不是一个喜欢“吐槽”的人；此外，我也并不是一个有很强“分享欲”的人（PS：这一点我媳妇说的）。投稿时一门艺术，也是一种技术，亦或是一门学问。最终，是何种结果，未知未知…我2023年8月投稿的Manuscript参考文献比较少，我可能要引言一篇文章，2024年6月投稿，2024年9月接收，2024年9月19日Available online。同志们，不说了！动起来！修改吧！Accepted!Accepted!

原创 我时隔2年的投稿“征程”，我想不只是我遇到这样的“遭遇”吧

了解我的人知道，我不是一个喜欢“惹事”的人；我也并不是一个喜欢“吐槽”的人；此外，我也并不是一个有很强“分享欲”的人（PS：这一点我媳妇说的）。投稿时一门艺术，也是一种技术，亦或是一门学问。最终，是何种结果，未知未知…我2023年8月投稿的Manuscript参考文献比较少，我可能要引言一篇文章，2024年6月投稿，2024年9月接收，2024年9月19日Available online。同志们，不说了！动起来！修改吧！Accepted!Accepted!

原创 如何实现快速解压SRA文件 | 你是使用fastq-dump(单线程）还是pfastq-dump（多线程）

在公共数据库中下载二代、三代组学数据，通常下载的格式为.sra格式。我们需要将其转换为fq格式，在NCBI官网给推荐使用的是（下载+转换工具）。你也可以使用Kingfisher软件一键下载。然而，fastq-dump进行数据转换仅支持单线程，速度较慢，服务器的性能也剩余过多。那么如何实现多线程呢？我们推荐使用软件，属于fastq-dump的多线程版本。若你无法访问github，我们也进行最新版本的下载，后台回复关键词，即可获得本期教程软件：20250718fastq-dump。

原创 做生物信息学为何要使用服务器？生信虽好，但得学啊！

生物信息学分析推荐使用服务器而非个人电脑，主要原因包括：1）个人电脑仅能完成部分基础分析，如转录组等；2）高性能分析（单细胞、基因组等）需要大内存和计算资源；3）自建服务器存在运维、电费等隐性成本（如800W电源年电费约3504元）；4）云服务器（如西柚云）提供便捷、高性能的解决方案，无需维护且网络访问快。建议根据分析需求和预算选择合适的计算资源，课题组无服务器的可优先考虑云服务方案。

原创 Nature Communication | 百合染色体基因组，PacBio HiFI+Hi-C，如何发top级别的“水刊”（PS：你有NC更厉害的期刊，可以这样“称呼”）？？

AS事件以A3（32.67%）和RI（27.40%）为主（图4a），LTR/LINE插入密度与高剪接效率（PSI）正相关（图4c, d）；**结果：**10 kb长基因占80%，内含子平均4.68 kb，72.52%由TE插入导致（图3a–c）；**结果：**重复序列占80.06%，LTR反转座子为主（72.3%），其中Tekay（Gypsy）和Athila为优势亚家族（图2a, b）。**方法：**Hi-C数据构建3D模型，分析染色质区室（A/B）和拓扑关联域（TAD）。