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RSS订阅原创 CADD蛋白结构分析、虚拟筛选、分子对接（蛋白-蛋白、蛋白-多肽）
实例讲解与练习：激酶靶点Bcr/Abl抑制剂的构效关系模型构建与活性预测。（1）尼洛替尼与靶点的相互作用，列出相互作用的氨基酸，并导出结合模式图。实例讲解与练习：新冠病毒Spike蛋白及宿主蛋白ACE2的对接。实例讲解与练习：基于片段的Bcr/Abl靶点抑制剂优化与改造。实例讲解与练习：分别构建大环、氨基酸、DNA、RNA等分子。2.3.6 半柔性对接与柔性对接比较与选择。实例讲解与练习：Bcr/Abl靶点抑制剂的柔性对接。实例讲解与练习：Bcr/Abl靶点抑制剂的虚拟筛选。
2023-07-17 18:23:30
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原创 AMBER分子动力学能量优化与分析、结合自由能计算专题
教学目标：引导初学者了解本方向中经典工作，复现工作中重要分析手段，加深同学对本方向的理解。教学目标：熟悉模型预处理流程,掌握输入文件的编写，能够独立完成体系动力学之前的准备工作。教学目标：从能量角度出发，分析分子间、残基间、重要基团间相互作用机理，对实验提供理论指导。教学目标：熟悉可视化软件获取渠道、软件安装以及基本使用，采用可视化软件辅助科研工作。教学目标：从动力学模拟出的构象出发，洞悉构象转变，解释实验想象，预测实验结果。教学目标：了解Amber软件历史发展，熟悉安装环境，支撑环境编译。
2023-07-17 18:09:07
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原创 NAMD分子动力学模拟在生物及材料计算中的应用专题
6.3 基础分析脚本，例如：能量平衡，RMSD，RMSF，氢键分析，SASA，回转半径等。目标：以文献为例，复现工作中重要分析手段，加深同学对本方向的理解。2 NAMD模拟所需文件简介（结构文件，配置文件，参数文件等）8.4对每个窗口的结果进行融合模拟得到完整的PMF曲线。，掌握NAMD安装环境，了解Linux语言。八：NAMD在生物技术计算中的应用实例。七：沿着反应坐标的自由能计算：ABF。三：研究对象模型获取，构建以及优化。二：VMD可视化软件的安装和使用。4.3载入轨迹并用简单的脚本计算。
2023-07-17 17:42:33
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原创 Rosetta从头蛋白抗体设计、结构优化及在药物研发中的应用专题
教学目标：了解Rosetta封装好的应用（以relax为例）和RosettaScript编写应用（以pack/min/pack为例）。教学目标：熟悉RosettaScript开发流程，了解序列与结构设计原理，完成从头蛋白质设计的操作练习。教学目标：了解基于序列和基于结构的蛋白质复合物预测手段。教学目标：熟悉抗体模型预处理流程, 掌握RAbD常用命令。教学目标：了解本方向内容、理论基础、研究意义。使用PyMOL或ChimeraX查看蛋白质结构。使用vim编辑器简单编辑文件。
2023-07-17 17:31:13
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空空如也
空空如也
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