NAMD分子动力学模拟在生物及材料计算中的应用专题

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已于 2023-07-17 18:10:32 修改

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文章标签： linux 运维服务器

于 2023-07-17 17:42:33 首次发布

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本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_53603834/article/details/131771500

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本文深入探讨了NAMD在生物及材料科学中的应用，通过实例展示了其在分子动力学模拟中的强大功能，揭示了该工具在理解复杂生物系统和新材料设计中的关键作用。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

第一天

时间

课时内容

主要知识点

第一天上午

一：分子动力学相关软件及Linux入门

目标：了解NAMD软件，掌握NAMD安装环境，了解Linux语言

1 NAMD下载与安装

2 NAMD模拟所需文件简介（结构文件，配置文件，参数文件等）

3 相关Linux语言基础

二：VMD可视化软件的安装和使用

4 VMD安装和使用

4.1VMD基础

4.2多分子处理和脚本

4.3载入轨迹并用简单的脚本计算

以泛素为例

三：研究对象模型获取，构建以及优化

5. 模型文件的预处理

5.1蛋白/核酸预处理

5.2小分子预处理

5.3配置文件预处理

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NAMD分子动力学模拟在生物及材料计算中的应用专题
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