Rosetta从头蛋白抗体设计、结构优化及在药物研发中的应用专题

最新推荐文章于 2024-10-14 09:08:48 发布
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文章标签： python
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版权
本文深入探讨Rosetta软件在从头蛋白质抗体设计和结构优化中的关键作用，结合实例展示其在药物研发领域的实践应用。
摘要由CSDN通过智能技术生成

第一天

时间

课时内容

主要知识点

AM

9:00~9:50
  • 从蛋白质折叠到蛋白质设计

教学目标：了解本方向内容、理论基础、研究意义。
  1. 蛋白质折叠与结构预测简介
    1. 主链二面角与二级结构
    2. 侧链堆积与三级结构
  2. 蛋白质设计简介
    1. 蛋白质设计的分类及应用

AM

10:00~10:50
  •  Rosetta基础

三. 蛋白质结构viewer 、Linux和Python基础

教学目标：能够使用vim编辑器简单编辑文件，能够使用PyMOL或ChimeraX查看蛋白质结构。
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    请叫我去背单词—
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    【福利】药物设计 线上专题 买一赠一
    Rubyhouse的博客
    06-26 172
    【福利】药物设计 线上专题 买一赠一
    Rosetta从头蛋白抗体设计、结构优化及在药物研发中的应用
    C1012562281的博客
    03-29 521
    因此，优化蛋白质的稳定性是科学研究与工程应用领域亟待解决的关键问题。Rosetta是一种生物物理建模工具，根据蛋白质的氨基酸序列有效预测蛋白质的结构，在此基础上可以从头设计各种类型的全新蛋白质。教学目标：了解Rosetta封装好的应用（以relax为例）和RosettaScript编写应用（以pack/min/pack为例）。教学目标：熟悉RosettaScript开发流程，了解序列与结构设计原理，完成从头蛋白质设计的操作练习。教学目标：了解基于序列和基于结构的蛋白质复合物预测手段。
    Rosetta 从头蛋白抗体设计、结构优化及在药物研发中的应用
    y2715163545的博客
    06-28 274
    Rosetta 的 web 服务器已经运行了数十亿的结构预测和蛋白质设计模拟，研究人员利用 Rosetta 可以更好地了解传染病、癌症和自身免疫性疾病的治疗方法，进一步应用于包括开发疫苗、新材料、靶向蛋白粘合剂和酶设计等。依次讲授 Rosetta 软件基础、蛋白质结构 viewer、结构扰动与结构优化、蛋白质复合物预测、抗体抗原模型处理与对接、SSD 和 MSD 设计、 CartisenDDG 突变扫描、RosettaScript 开发流程、序列与结构设计、从头蛋白质设计等的操作等多个内容。
    Rosetta入门指南
    Rubyhouse的博客
    04-25 249
    Rosetta入门指南 | 机器学习集成多组学、Rosetta从头蛋白抗体设计、计算机辅助药物设计。专题三：CADD蛋白结构分析、虚拟筛选、分子对接（蛋白-蛋白、蛋白-多肽）专题二：Rosetta从头蛋白抗体设计、结构优化及在药物研发中的应用专题。专题一：集成多组学数据的机器学习在生物医学中的应用专题。
    Rosetta 蛋白抗体设计有困难？小白速看
    kuriovo的博客
    03-28 305
    Rosetta、Linux、Python
    Science | 华盛顿大学利用AI和结构预测设计全新蛋白质
    weixin_4528312的博客
    07-25 880
    华盛顿大学科学家开发新的AI软件，高效设计自然界不存在的蛋白质，有望变革抗癌药和疫苗研发。
    零基础两天快速学习Rosetta蛋白抗体设计
    C1012562281的博客
    04-27 246
    Rosetta 是一种生物物理建模工具， 根据蛋白质的氨基酸序列有效预测蛋白质的结构，在此基础上可以从头设计各种类型的全新蛋白质。 基于 Rosetta 系列算法的蛋白设计在过去十年中在创新蛋白药物、抗体、疫苗、新型合成生物学元件及纳米药物等生物大分子研究领域中被广泛使用。
    Cell Systems | 深度学习开启蛋白质设计新时代
    DrugAI
    12-15 417
    今天为大家介绍的是来自Bruno Correia团队的一篇综述。深度学习领域的迅速进步对蛋白质设计产生了显著影响。最近，深度学习方法在蛋白质结构预测方面取得了重大突破，使我们能够得到数百万种蛋白质的高质量模型。结合用于生成建模和序列分析的新型架构，这些方法在过去几年里显著地革新了蛋白质设计领域，提高了识别新蛋白质序列和结构的准确性和能力。深度神经网络现在能够学习和提取蛋白质结构的基本特征，预测它们...
    深度学习助力蛋白质设计最新干货!【建议看完收藏】
    2401_83941020的博客
    07-22 1020
    主要介绍蛋白质设计的底层逻辑与基本规则，学习蛋白质结构预测、蛋白质序列设计、蛋白质-蛋白质相互作用分析、以及蛋白质功能注释和优化方法，掌握深度学习在蛋白质设计中的常见算法以及实际方法，培养学生具备基本的深度学习蛋白质设计能力和蛋白质人工智能应用的前沿视野，为参与解决生物医学、生物工程和生物能源等方面的重大问题提供更多机会。近年来，深度学习领域的迅速进步对蛋白质设计产生了显著影响。结合用于生成建模和序列分析的新型架构，这些方法在过去几年里极大改变了蛋白质设计领域，提高了识别新蛋白质序列和结构的准确性和能力。
    【人工智能学习之PaddleOCR快速上手】
    Jiagym的博客
    10-12 1250
    在配置文件中，可以设置组建模型、优化器、损失函数、模型前后处理的参数，PaddleOCR从配置文件中读取到这些参数，进而组建出完整的训练流程，完成模型训练，在需要对模型进行优化的时，可以通过修改配置文件中的参数完成配置，使用简单且方便修改。而 L2 正则化中，添加正则化项的目的在于减少参数平方的总和。准确检测的标准是检测框与标注框的IOU大于某个阈值，正确识别的检测框中的文本与标注的文本相同。如果缺少带标注的数据，或者不想投入研发成本，建议直接调用开放的API，开放的API覆盖了目前比较常见的一些垂类。
    Python 使用 Jarvis 算法或包装的凸包（Convex Hull using Jarvis’ Algorithm or Wrapping）
    最新发布
    csdn_aspnet的专栏
    10-14 1156
    例如，当输入 (0, 3), (0, 0), (0, 1), (3, 0), (3, 3) 时，它产生 (0, 3) (0, 0) (3, 0) (3, 3) 的输出；当输入 (0, 3), (0, 1), (0, 0), (3, 0), (3, 3) 时，输出为 (0, 3) (0, 1) (0, 0) (3, 0) (3, 3)。下一个点被选为在逆时针方向上领先于所有其他点的点，即，如果对于任何其他点 r，我们有“orientation(p, q, r) = 逆时针”，则下一个点是 q。
    有趣的开源项目——Taipy(构建Python数据和AI Web应用程序)
    Soul丶君的博客
    10-11 906
    Taipy 是专为数据科学家和机器学习工程师设计的，用于构建数据与 AI Web 应用程序的工具。⭐️ 使构建生产就绪的 Web 应用程序成为可能。⭐️ 无需学习新的语言，仅需 Python。⭐️ 专注于数据和 AI 算法，而不用担心开发和部署的复杂性。
    【python入门到精通专题】8.装饰器
    情不知所起一往而深
    10-13 767
    什么是property属性？一种用起来像是使用的实例属性一样的特殊属性，可以对应于某个方法。class Foo:pass# 定义property属性@propertypassfoo_obj.func() # 调用实例方法foo_obj.prop # 调用property属性@propertyreturn 100定义时，在实例方法的基础上添加 @property 装饰器；并且仅有一个self参数调用时，无需括号。
    Backend - Java 基础
    是萝卜干呀的博客
    10-11 840
    知识量决定了未来能走多远
    如何使用Python爬虫处理JavaScript动态加载的内容？
    Z_suger7的博客
    10-11 770
    JavaScript动态加载的内容为爬虫带来了挑战，但也提供了新的机遇。通过使用Selenium、分析API请求或Pyppeteer，我们可以有效地爬取这些动态内容。这些方法各有优势，Selenium适合模拟复杂的用户交互，API请求适合直接获取数据，而Pyppeteer则提供了更强大的JavaScript控制能力。在实际应用中，开发者应根据目标网站的特点和需求选择合适的方法。随着技术的不断发展，我们也需要不断学习和适应新的工具和方法，以保持在数据获取领域的竞争力。复制再试一次分享。
    python安装第三方库的问题与解决方法
    WANGWUSAN66的博客
    10-10 811
    大部分第三方库都是在国外网站，如果直接使用pip install 包名，下载速度会很慢，这对一些大型包是很致命的，如果下载中断则需要重头再来。安装某些包时，进行到一半出现构建wheel错误，这可能由于某些神秘的原因造成的，非常让人恼火。有些包（如rasterstats）既不能通过pip安装，在2中的网站也找不到，该怎么办？在python第三方库综合网站上搜索这个包，手动下载whl文件，下载完成后使用。解决方案：使用国内镜像（如清华镜像下载），速度很容易达到1M以上；
    【亲测可行】ubuntu根目录空间不够，将其它盘挂载到/opt
    分享计算机视觉，C++，网络摄像头研发，音视频开发，嵌入式等知识。
    10-13 284
    点击上面的绿色对勾，应用。
    Python知识点：基于Python技术，如何使用AirSim进行无人机模拟
    码农超哥的博客
    10-13 511
    AirSim是由微软开发的一个开源模拟器，它支持多种无人机模型，并且可以模拟真实的物理环境和传感器数据。AirSim提供了Python API，使得用户可以通过Python脚本控制无人机的行为，包括起飞、降落、移动和执行任务等。AirSim提供了一个强大的平台，允许用户在虚拟环境中测试和开发无人机应用。通过Python API，用户可以轻松地控制无人机的行为，并获取传感器数据，这对于算法开发和测试尤为重要。随着无人机技术的不断进步，AirSim将继续在无人机领域发挥重要作用。
    RWKV-CHN模型部署教程
    SJJS_1的博客
    10-10 1224
    RWKV-x060-World-7B-v2.1-20240507-ctx4096 一号空间，RWKV 语言模型旨在通过为自动化所有事情来消除使用大型语言模型的障碍。用户所需要的就是一个只有几兆字节的轻量级可执行程序。本文将详细介绍如何实现该模型的本地部署。
    Rosetta软件在预测土壤饱和导水率中的应用与验证
    "这篇论文是关于Rosetta pedotransfer function在预测土壤饱和导水率中的测试和应用，发表在2012年的Open Journal of Soil Science上，由Carlos Alvarez-Acosta, Robert J. Lascano和Leo Stroosnijder合著。该研究...
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