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RSS订阅原创 infercnv安装全流程（包含jags等所有踩坑指南）
在slurm服务器安装infercnv过程中，会遇到rjags, LAPACK library, openblas相关bug，以下为安装全流程。遇到报错 configure: error: "You need to install the LAPACK library"再重新进行前面的jags安装部分，安装好之后，conda安装rjags。
2024-06-05 17:00:26
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原创 自学Seurat进阶——官网教程代码手把手解读（上）
建立Seurat对象官网中的tutorial使用的是10x公司测序、通过cell ranger初步处理后的pbmc3k的数据，下载的示例数据链接：https://cf.10xgenomics.com/samples/cell/pbmc3k/pbmc3k_filtered_gene_bc_matrices.tar.gz解压后发现文件夹包括三个文件barcodes.tsv, features.tsv, matrix.mtx。将整个文件夹用Read10X()函数读入，会得到一个UMIcount矩阵，接
2022-01-10 21:58:28
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原创 宏基因组分箱整合工具 DAS Tool从零学起笔记
DAS: dereplication, aggregation and scoring strategyDAS Tool可以将不同宏基因组分箱后得到的bins进行整合，得到更多高质量，高完整度，非冗余的bins，还能更好地展示strain variation微生物株系之间的差异。在对DAS Tool进行input时，可以选用尽可能多的binning方法的结果，即使是一些只获得很少高质量的bins的binning方法也可能获得一些其他方法忽略的bins。ABAWACA performs a hi
2021-12-30 12:41:45
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原创 自学Seurat的一点记录
教程来自ANALYSIS OF SINGLE CELL RNA-SEQ DATAANALYSIS OF SINGLE CELL RNA-SEQ DATAhttps://broadinstitute.github.io/KrumlovSingleCellWorkshop2020/index.html本文主要针对Seurat官网教程上一些难懂的部分进行分享。scRNA-Seq和bulk RNA-Seq两个关键的不同是drop-out和potential for quality control (QC).
2021-12-27 21:47:01
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空空如也
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