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原创 把unigene批量翻译成蛋白

安装 conda install -c bioconda transdecoder # 使用LongOrf模块进行预测 TransDecoder.LongOrfs -t unigene.fa # 运行结果会生成两个文件夹 # 在unigene.fa.transdecoder_dir里面存放着预测的cds,pep,gff文件。

2023-10-10 15:33:45 129 1

原创 linux设置全局路径

请确保Epal2nal.pl可执行(+X)并放置在全局目录中。

2023-08-22 17:26:10 195 1

原创 比较基因组相关帖子

利用 OrthoFinder、IQtree、Notung、iTOL 绘制基因树_浓香鸭腿面的博客-CSDN博客比较基因组学分析2:基因家族收缩与扩张分析 - 简书比较基因组学分析3:特异节点基因家族富集分析(非模式物种GO/KEEG富集分析) - 简书

2023-08-07 10:28:47 178

原创 aspera软件进行高速下载

【代码】aspera软件进行高速下载。

2023-08-06 15:25:14 159

原创 diamond的安装和比对NR和swissprot

# downloading the toolwget http://github.com/bbuchfink/diamond/releases/download/v2.1.8/diamond-linux64.tar.gztar xzf diamond-linux64.tar.gz# creating a diamond-formatted database file./diamond makedb --in reference.fasta -d reference# running a sear

2023-08-06 14:31:34 309

原创 Ubuntu 22.04 更换源

注意自己Ubuntu 22.04的版本号,Ubuntu 22.04对应的 jammy,不要弄到其他源,否则github的make都做不了。

2023-08-06 11:35:09 1369

原创 orthofinder安装(linux), orthovenn本地部署和使用

安装:使用:

2023-08-04 12:32:47 699 2

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