diamond的安装和比对NR和swissprot

最新推荐文章于 2024-07-12 16:16:27 发布
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# downloading the tool
wget http://github.com/bbuchfink/diamond/releases/download/v2.1.8/diamond-linux64.tar.gz
tar xzf diamond-linux64.tar.gz
# creating a diamond-formatted database file
./diamond makedb --in reference.fasta -d reference
# running a search in blastp mode
./diamond blastp -d reference -q queries.fasta -o matches.tsv
# running a search in blastx mode
./diamond blastx -d reference -q reads.fasta -o matches.tsv
# downloading and using a BLAST database
update_blastdb.pl --decompress --blastdb_version 5 swissprot
./diamond prepdb -d swissprot
./diamond blastp -d swissprot -q queries.fasta -o matches.tsv
袁flycity
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使用Diamond将宏基因组测序数据比对到Nr数据库
jileiqwd的博客
10-06 8765
对全基因组的基因进行Nr注释是必不可少的一步。由于Nr数据库非常大，导致使用BLAST会消耗巨大的计算资源和时间。使用DIAMOND则能快500-20000倍，而获得和BLAST比较一致的结果。 软件安装 wget https://github.com/bbuchfink/diamond/releases/download/v0.9.24/diamond-linux64.tar.gz tar xzf diamond-linux64.tar.gz 可以将diamond添加至环境变量，如果不添加的话，每次使用软
diamond大基因序列快速比对工具使用详解-包含超算集群多节点计算使用方法
zrc_xiaoguo的博客
10-30 2687
Diamond的输出文件包含每个待比对序列的匹配结果，包括匹配的参考序列名、匹配位置、匹配得分等信息。以上就是Diamond的基本使用方法，更详细的说明可以参考官方文档：https://github.com/bbuchfink/diamond/wiki。其中，blastx表示使用蛋白质序列比对算法，-d和-q分别指定参考序列文件和待比对序列文件，-o指定输出文件名。diamond blastx -d [参考序列文件] -q [待比对序列文件] -o [输出文件名]
使用Diamond比对NR数据库获取物种注释
m0_53945548的博客
10-18 3243
之前用Kraken2注释宏基因组的contig，发现只有30%左右可以被Kraken2注释不信邪，再用NR库试试。
将NR数据库diamond比对结果做物种注释
youfeng_xjy的博客
04-27 3670
提取出来的taxid和taxonomy对应信息输出为一个文档prokaryotes_taxid_Ano.txt，之后可以手动（比如用Excel的vlookup或R语言的merge）与后面的生成的表格一起进行整理（5.中我还会再浅浅提及）。用md5sum和cat两个命令确认下下载的东西正常——如果两个结果一样，则文件完整，如下图（这个展示用的是另外的文件，不是我用的文件）。这里的两个.md5文件其实是用来做完整性检验的，并不会在数据处理的流程中用到。【流程主要参考这个，对于小白如我，该文很详细】
Linux安装Diamond软件,Diamond软件比对蛋白质数据库
weixin_42490307的博客
05-03 3851
参考文章http://www.biotrainee.com/thread-1465-1-1.html http://blog.sina.com.cn/s/blog_83f77c940102vny3.html1. 下载、安装下载地址：https://github.com/bbuchfink/diamond$tar xzf diamond-linux64.tar.gz2. 使用建立索引$ di...
Diamond软件安装以及使用教程（内含黑色小脚丫的使用方法）
m0_62919535的博客
03-17 1万+
本人是通信专业，所以先学习的数电，今年要开始学习模电了，这个软件后面也不会用了，而在最初的时候因为安装这个软件费了我好大的神，也是负责数电实验的老师没有给一个好的教程，而今年我附近的其他专业的同学也被这个软件而折磨，有这个需求，我当然会来弥补一下网上空缺的教程，我们一个寝室的同学都是由我来帮忙安装，所以大家请放心的看下去，期间我会补充一些重要的注意事项。
diamond注释NR结果
weixin_42480153的博客
08-26 3642
diamond makedb --in /mnt/10t/database/krakennr/library/nr/library.faa -d /mnt/10t/database/nr diamond blastp --query /mnt/10t/mzy/72s_new/geneset/uniqGeneSet.faa --db /mnt/10t/database/nr.dmnd --outfmt 6 --threads 30 --out /mnt/10t/mzy/72s_new/geneset/nr24
NCBI下载nt/nr/swissprot库
weixin_44616693的博客
11-24 1万+
NCBI下载nt/nr/swissprot库 1. 确定你要下载文件的位置 https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/ 2. 进行下载 方法一：使用wget，nohup wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/nt.gz 2>&1 & 方法二：使用ascp，nohup /path/.aspera/connect/bin/ascp -v -QT -l 400m -k1 -i /path
SwissProt.fasta
11-23
SwissProt.fasta
Bio::Parse::SwissProt - perl module-开源
04-28
`Makefile.PL` 是Perl模块构建的配置文件，用于设置编译和安装过程的参数。在安装过程中，Perl的模块构建工具 `ExtUtils::MakeMaker` 会读取此文件并生成Makefile，执行编译和测试。 `SwissProt.pm` 是模块的核心...
bio4j：Bio4j抽象模型和项目的一般入口点
02-04
Bio4j生物信息学图数据平台 Bio4j是一个生物信息图数据平台，集成了 （SwissProt + Trembl），（GO）， （50,90,100）， 和。 Bio4j为蛋白质相关信息的查询和管理提供了一个全新而强大的框架。 基于图的数据模型的...
不同物种间乙酰辅酶A羧化酶的差异性和相似性 (2013年)
04-22
采用生物信息学方法对GenBank, SwissProt 中的拟南芥、大豆、甘蓝型油菜、小麦等物种的乙酰辅酶A 羧化酶核苷酸和氨基酸序列进行了比对分析, 进而对其组成成分、理化性质、疏水性/亲水性、跨膜结构域、蛋白质二级结构...
PPO:SwissProt (2014-09) DB 对抗 PeptideAtlas DB，用于研究将在蛋白质水平表达的序列
06-23
3. **PeptideAtlas数据库**：理解其数据格式、内容及如何与SwissProt数据进行比对分析。 4. **蛋白质组学**：包括蛋白质表达、功能预测、蛋白质互作等概念，以及在生物研究中的应用。 5. **Java编程**：包括基本语法...
diamond软件_BLAST本地比对太慢？不怕用diamond
weixin_36397372的博客
12-12 2597
在宏基因组学研究中，又或者你准备做大规模的系统进化的相关研究等等，需要分析了数百万个序列的reads，以确定来自环境的微生物样品的功能或分类学含量，找出对应reads同源的物种。这里重要的步骤是确定存在哪些基因，通常通过将翻译的DNA序列与蛋白质序列的参考数据库比对，例如NCBI非冗余(NCBI-nr)蛋白质数据库。长期以来，BLASTX因其高灵敏度而被认为是此标准的黄金标准工具。但是，...
DIAMOND: 超快的蛋白序列比对软件
热门推荐
xuzhougeng blog
08-28 2万+
相见恨晚，还好遇到了它 今天用BLASTX将我的转录本序列在UniProt蛋白数据库(700w条序列)中搜索，80个线程，过了1小时大概就分析1000条吧。实在是有点慢，于是我想到之前耳闻的DIAMOND，据说速度非常快，于是我测试了下。没想到，这工具居然那么快。 根据DIAMOND介绍，它有以下特点 比BLAST快500到20,000倍 长序列的移框联配分析(framesh...
cv2读取和保存图片
最新发布
m0_53291740的博客
07-12 109
cv2.imwrite('b\\img1.png',img)#b存在就可以保存进去。如果b存在，c不存在，程序不会报错，也不会保存图片。如果目录b不存在就会存到当前文件夹。
面试题 21：解释 Python 中的 help() 函数和 dir() 函数？
专注于全栈开发领域
07-10 747
在Python中，help()和dir()是两个非常有用的内置函数，它们可以帮助开发者更好地了解Python对象和模块。
聊聊如何在内网下构建大模型微调环境
python1234567_的博客
07-12 671
LlamaFactory新版更新后，还是比较方便，只是说llamafactory-cli命令的确是有点蒙，踩个坑就好了。对于LlamaFactory微调来说，本身不难，毕竟都是配置；主要是在内网环境下的依赖包拉取安装是真麻烦，但其实也还好。走一遍的话，还是可以学到很多的。​。
leetcode--验证二叉搜索树
liulanba的博客
07-09 657
给你一个二叉树的根节点 root ，判断其是否是一个有效的二叉搜索树。有效 二叉搜索树定义如下：节点的左子树只包含 小于 当前节点的数。节点的右子树只包含 大于 当前节点的数。所有左子树和右子树自身必须也是二叉搜索树。示例 1：输入：root = [2,1,3]输出：true示例 2：输入：root = [5,1,4,null,null,3,6]输出：false解释：根节点的值是 5 ，但是右子节点的值是 4。提示：树中节点数目范围在[1, 104] 内。
基因注释文件该如何用sql保存？表头包括GENE_ID、GO、IPR、KEGG、Swissprot、NR
06-02
在这个表格中，每一行代表一个基因的注释信息，列包括GENE_ID、GO、IPR、KEGG、Swissprot、NR。其中GENE_ID列是必须的，并且被定义为主键，因为每一个基因都应该有唯一的ID。其他列是可选的，可以为空值。您可以使用...

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