orthofinder安装（linux), orthovenn本地部署和使用

 首先安装anaconda

Anaconda详细安装及使用教程（带图文） - 知乎

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conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

安装：

$   conda create -n orthofinder orthofinder=2.5.5

# To activate this environment, use
#
#     $ conda activate orthofinder
#
# To deactivate an active environment, use
#
#     $ conda deactivate

conda create -n orthofinder orthofinder=2.5.5

conda activate orthofinder

conda install - c bioconda orthofinder

使用：

 orthofinder -f /home/yuanxc/download/data

orthovenn本地部署和使用

安装dockdesk

 部署后可以本地使用：

http://localhost:9998/document

修改GFF

grep -w 'CDS' Desmo.gff > Dcds.gff  
awk -F'\t' '{match($NF, /ID=([^;]+)/, id); gsub("cds-", "", id[1]); print id[1], $4, $5, $7}' Dcds.gff > Dcds1.gff
awk -v OFS='\t' '{print "chr1", $0}' Acds1.gff > Acds2.gff 
awk -v OFS='\t' '{print "chr1", $0}' Dcds1.gff > Dcds2.gff