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原创 GWAS:使用R,比较GLM和MLM对假阳性的控制差异(复刻Nature genetics 图)
我们来复刻如下这张2016年发表在Nature genetics上的一篇文章中比较GLM和MLM的QQ plot!et al.ZmVPP1Nat Genet数据是随便找的,成果图基本上就是这种样式。
2022-12-08 23:11:46
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原创 Prokka:从安装到使用的那些坑!!!
报错1:mamba install...: File not valid : file size doesn't match expectation。报错2:RuntimeError: Multi-download failed。采取上文作者推荐的直接使用conda安装,按照作者的代码将模块加入环境即可。,就在github上搜到了解决方法,即。,这里创建名为prokka的小环境,,我用mamba总是出现报错TUT。解决方法:安装Bioperl。解决方法:别纠结了,
2022-09-06 20:57:50
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原创 ggplot2 绘图颜色设置(不显示颜色?),图片合并共用图例
注:仅为个人学习笔记目录1.ggplot2绘图颜色设置2.图片合并,共用图例,使用lemon包1.ggplot2绘图颜色设置1)使用RColorBrewer包library(RColorBrewer)RColorBrewer::display.brewer.all() #调出调色板,选择喜欢的色系#以柱状图为例ggplot(data,aes(x= , y= , fill= ))+geom_bar()+scale_fill_brewer(palette = "Set2")
2022-05-06 11:06:17
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原创 R:同一列数据出现编码不一致,“UTF-8“和“unknown“混杂
遇见的问题:今天进行数据处理,在合并相同的项时出现因为字符前有空格而无法合并为一类,刚开始还以为是有空格,但是用sub没有把空格去掉,之后使用Encoding(),发现前面有空格的字符编码均为"UTF-8",其余为"unknown",如下图所示修改方法:Encoding(a) #检查一下是否出现编码混乱的问题#如果出现编码混乱,如上图Encoding(a) <- "unknown" #把数据都改为"unknown"#再次查看变量a,变量a代表的字符串可能出现乱码的字符(如,
2022-05-04 21:13:56
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原创 ggplot2 绘图如何保留原始的数据顺序?(2022.11.13更新)
这里以散点图图为例p <- ggplot(data,aes(x,y))+ geom_point(aes(color=group),shape=19,size=3.5) #设置点的颜色,大小和形状如果这里直接用aes(color=group),那么这个group分的时候是根据你的data里面的是能够成为因子的数据进行分组的,而有时因子的水平的排列顺序并不是在表格中看到的顺序,例如在表格中分组信息排序是S1,S2,...,S10,S11,S12但实际因子水平是S1,S10,S11,S.
2022-04-30 21:17:51
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原创 系统变量没有Path,Java环境设置?Java环境设置完成,但Cytoscape仍然闪退?
目录1.系统变量没有path,Java环境设置?2.Java环境设置完成,但Cytoscape仍然闪退?3.安装过程(大致过程含资源分享)1.系统变量没有path,Java环境设置?本人win10系统,看网上好多说Java环境设置是要在系统变量的Path那里新建,添加Java的安装路径,但是我的系统变量没有Path这个变量值,看到网上有人说win10的系统变量和用户变量的Path合在一起了,于是我的解决方法:Java环境变量设置:①在用户变量的Path新建,添加Java安装路
2022-04-26 08:46:57
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原创 R语言:如何画竖线,横线,添加标签,画固定长度的线段
基础绘图:画横线: abline(h=y0)画竖线:abline(v=x0)添加固定长度线段:segments(x0=, y0=, x1=, y1=, ...)添加文字标签:text(x=x0, y=y0, label=" ")举例:m <- plot(1:10,1:10,"l")+ abline(v=3,lwd=2,lty=2,col="brown")+ #lwd设置线的宽度,lty表示虚线,其后数字表示虚线类型 abline(h=3,lwd=2,lty=3)
2022-03-06 11:18:00
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原创 关于Perl哈希嵌套数组的总结,如何向数组中添加元素
今天对哈希嵌套数组进行了一些摸索,这里跟大家分享一下我的摸索成果!博主也是perl的小白,总结有很多不完善的地方,希望各路大神多多指正,感谢!!!成果只有两句话:$hash{$key}=[@array];就可以把数组传递给哈希了$hash{$key}[position];就可以访问哈希里嵌套的数组的元素了,这里的position就是指要访问第几个元素(从0开始的)下面是一些可能对uu们有用的解说1.把数组的元素传递给哈希可行方法:$hash{$key}=[@array];#这
2021-10-26 18:46:37
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原创 关于Python列表排序sort()的一些问题
1.list.sort()返回内容为空错误使用方法:list=[1,3,4]list=list.sort()正确方法:list=[1,3,4]list.sort()print(list)2.sort()可以对字符串排序li=["2bb","abc","3ab","abb","1aa"]li.sort()print(li)结果:['1aa', '2bb', '3ab', 'abb', 'abc']3.sort()内置参数reverseli=[1,2,3.
2021-10-22 00:40:07
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原创 Python&Perl计算脚本运行时间
最近在比较小蟒蛇(Python)和骆驼(Perl)谁跑得快,学到了一些知识,记录在这里!目录1.Python脚本运行时间计算2.Perl脚本运行时间计算(注意:是在linux终端输入的)1.Python脚本运行时间计算①使用time(),这个时间会受其他程序的干扰from time import timestart=time()##你的代码end=time()print(end-start,"s")②使用time.perf_counter(),测得时间较上一个更准
2021-10-22 00:23:38
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原创 第一次尝试N50计算,走进生信的第一步
作为个人学习记录,也分享给有需要的uu们!本来是学习Perl的课堂作业,还是尝试了一下换成python,但是python确实没有Perl处理的速度快。小蟒蛇输给大骆驼了 QAQ写的过程也超级曲折,不断修改完善代码,熬了个大夜!(小白哭哭)##Author:Griffy##Date:2021-10-21##Version1:①使用正则,没必要用;②不能够巧妙地使用字典,如何同时遍历字典的键和值##Version2:①改正了对基因组的理解;②边读文件边处理速度更快(处理大文本的正确方法)
2021-10-22 00:03:32
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原创 Python 关于zip()函数的使用
这里总结一下zip()函数用法(部分内容)1.输出形式为元组list1=[1,2,3,4]list2=[5,6,7,8]for z in zip(list1, list2): print(z)输出结果2.输出形式为单独一行数字list1=[1,2,3,4]list2=[5,6,7,8]for z1,z2 in zip(list1, list2): print(z1,z2)输出结果...
2021-10-10 20:11:25
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原创 Python 关于遍历嵌套字典的问题:报错“TypeError: string indices must be integers”,可能是在这里犯迷糊了
今天进行数据分析,在从嵌套字典中获取信息时突然报错”TypeError: string indices must be integers“,来看看是怎么回事吧!(博主本人的报错记录)下面通过简单的例子说明问题dict = {"1":{"name":"lili","gender":"F"}, "2":{"name":"luna","gender":"F"}, "3":{"name":"nick","gender":"M"}}for d in dict: print(d["name"])
2021-10-10 14:40:25
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原创 Python pandas :Series数据修改索引值index,出现数据丢失 NaN
最近在学数据分析,这里是关于我个人的错误记录,同时也和大家分享一下!出错图修改后错误原因:没有搞清楚list列表和Series数据的区别想了解更详细的可以点击这里 list与Series数据类型的区别解决方法:在修改索引值时,对象data_list应该为列表而不能是Seriesdata=pd.Series(data_list,index=['a','b','c','d'])##这里的data_list应该为列表,不能在前面先把它写进pandas.Series([...
2021-10-02 01:11:52
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原创 Python Turtle:小海龟创意绘画,仰望星空,脚踏实地,配有背景音乐哦!(附源码,可以学习如何添加背景音乐,如何使用渐变色)
国庆放假,给大家带来一些治愈心灵的小创作!!!网盘里的文件大家可以直接看效果(永久有效)!!(有背景音乐记得打开电脑声音哦)链接:https://pan.baidu.com/s/1RrnwQX7EGRe6Kh4iwurchg提取码:y3ie目录1.渐变色的背景2.画四角繁星3.添加背景音乐4.繁星随机出现5.源码在这里先来一张效果图(实际有背景音乐)1.渐变色的背景 t.bgcolor('black') #首先设置背景色...
2021-10-01 17:50:38
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原创 Python turtle入门:用小海龟画美队盾牌 (内附画五角星的详细代码)
这篇博文是博主自己的python turtle库学习记录(xiaobai),也是和uu的学习分享!!赶紧来看看小海龟是怎么画美队盾牌的吧!!画五角星 (想看五角星画法的uu直接点这里哈)先来一张成果图源代码在这里哦!(五角星画法在最下面)import turtle as timport matht.hideturtle() #隐藏一下小海龟t.speed(0) #这里的速度大家可以自己调整,0是最快的#开始画盾牌大体t.co...
2021-10-01 01:02:46
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原创 关于jupyter notebook的那些坑(Server Connection Error?无法自动打开浏览器?无法创建新文件?无法重命名?无法运行代码?)
这两天准备学习python数据分析,没想到就下载前期的配置就花了好长时间,踩了很多的坑,在这里总结一下作为学习记录和分享,希望能帮到更多的uu们!目录1.浏览器无法自动弹出2.在指定文件夹使用jupyter notebook3.无法创建新文件,无法运行代码1.浏览器无法自动弹出显示如图解决办法步骤:①按win+R,再按回车键,进入命令行②在命令行输入jupyter notebook --generate-config,回车,可能出现如下两种情况:情况一:如果出..
2021-09-27 10:18:45
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原创 python爬虫:百度图片爬虫代码
代码里的logid我也不确定有没有时效,如果有的话请大家自行替换,就在数据包标头那里,如图代码来了,来了,来了.......详细解说在这里:#Author:Griffy#Date:2021-09-25#Description:爬百度图片,只留下了堆糖的图,不想要过滤的把下面有一个filter删掉即可,还有if条件判断#Version:1.0 以后可能会更新一下,可能吧import requestsimport reimport PySimpleGUI as sgimp
2021-09-25 15:39:43
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原创 Python爬虫: 百度图片爬虫 (内附有“Forbid spider access”报错处理,翻页处理,正则表达式使用,百度图片objURL解密!有弹窗设计!爬好的图片直接下载到一个文件夹中!)
这是一个百度爬虫的练习,博主也是个爬虫小白,这是一个学习成果分享!如果有哪里出现问题的望大家及时反馈哦!下面我们一步步来看过程哈(注意:我把百度图片中以堆糖为源网页的图片保留了下来,其他的图片都过滤了,我在下面的代码中会说明如果不想滤掉其他的内容怎么做)爬虫的过程就是模拟我们人浏览网页的过程,我们在写代码之前,首先要搞明白网站结构,找出数据储存在哪里,是什么格式。我们下载图片需要的是图片的下载网址,所以明确的目标就是找到图片网址存在了什么地方。我们可以先随便输入一个词,进入页面,了解一下网站
2021-09-25 15:36:15
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原创 出现“json.decoder.JSONDecodeError: Expecting ‘,‘ delimiter: line 1 column 267 (char 266)”报错的解决方法
爬虫报错记录昨天在爬虫的时候突然报错“json.decoder.JSONDecodeError: Expecting ',' delimiter: line 1 column 267 (char 266)”。还以为是获取内容有问题,问了老师,才知道问题出在:数据截取不对,json解析错误报错出错的代码详细分析:数据截取不对,也就是我在end=html.find('"}}')进行截取时,被截取数据前面还有这样的'"}}'字符,所以我并来没有将所需数据完整地截下,导致数据格式不对,于..
2021-09-22 10:24:19
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原创 用Python画小人发射爱心,还有弹窗设计哦!
这些代码里含有弹窗设计,可以根据好友选择来进入不同画面,简单有趣的中秋礼物哦这是我第一次用turtle画画,水平有限,如有问题,请指正哦!(还没有进一步简化,代码写得很啰嗦。)如果想发给朋友的话,可以将代码打包为exe,具体步骤如下:1.先在桌面创建文件夹2.将要打包的python文件放进该文件夹3.在该文件夹打开命令行(如图)并输入:pyinstaller -F filename.py(你的文件名)4.在dist文件夹里就可以找到你想要的小程序啦hhhhhh先来两张成果图(
2021-09-21 16:51:47
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原创 Python 爬虫数据写入csv文件中文乱码解决以及天眼查爬虫数据写入csv
python爬虫数据写入csv文件中文乱码,用’utf-8‘在pycharm中打开文件没有问题,但是用excel打开却出现了问题,以下为解决方法。(最近在练习爬虫,这个博文是对自己学习的记录和分享,如果有问题,非常感谢各路大佬指出!!!)for r in result:r_lis=[] #方法二:将爬到的内容储存在csv文件中r_lis.append(r.text)with ope...
2021-09-20 11:13:29
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空空如也
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