先安装conda,再安装Prokka
Conda安装:
1.使用mamba安装Prokka,报错:
报错1:mamba install...: File not valid : file size doesn't match expectation
报错2:RuntimeError: Multi-download failed
解决方法:别纠结了,直接用 conda install + 模块名就好,我用mamba总是出现报错TUT
2.第一次使用Prokka,出现报错:
Can't locate Bio/Root/Version.pm in @INC (you may need to install the Bio::Root::Version module)
解决方法:安装Bioperl 【Perl】如何安装Bioperl模块? - 简书 (jianshu.com)
采取上文作者推荐的直接使用conda安装,按照作者的代码将模块加入环境即可
3.使用prokka --setupdb,报错:
Prokka needs makeblastdb 2.2 or higher.
解决方法:先安装了blast,但是安装之后仍然出现同样的报错,就在github上搜到了解决方法,即
先创建一个conda小环境,这里创建名为prokka的小环境,然后再在先环境中安装Prokka
conda create -n prokka
conda install -c bioconda prokka
参考:Prokka needs makeblastdb 2.2 or higher... · Issue #572 · tseemann/prokka (github.com) 的第二个回答