Griffy650-CSDN博客

原创 R：字符串截取和匹配

字符串截取：substr() &substring()，str_match()

2023-02-05 12:47:13 2574 1

原创 GWAS：使用R，比较GLM和MLM对假阳性的控制差异（复刻Nature genetics 图）

我们来复刻如下这张2016年发表在Nature genetics上的一篇文章中比较GLM和MLM的QQ plot！et al.ZmVPP1Nat Genet数据是随便找的，成果图基本上就是这种样式。

2022-12-08 23:11:46 1057

报错1：mamba install...: File not valid : file size doesn't match expectation。报错2：RuntimeError: Multi-download failed。采取上文作者推荐的直接使用conda安装，按照作者的代码将模块加入环境即可。，就在github上搜到了解决方法，即。，这里创建名为prokka的小环境，，我用mamba总是出现报错TUT。解决方法：安装Bioperl。解决方法：别纠结了，

2022-09-06 20:57:50 3784

原创 ggplot2 绘图颜色设置（不显示颜色？），图片合并共用图例

注：仅为个人学习笔记目录1.ggplot2绘图颜色设置2.图片合并，共用图例，使用lemon包1.ggplot2绘图颜色设置1）使用RColorBrewer包library(RColorBrewer)RColorBrewer::display.brewer.all() #调出调色板，选择喜欢的色系#以柱状图为例ggplot(data,aes(x= , y= , fill= ))+geom_bar()+scale_fill_brewer(palette = "Set2")

2022-05-06 11:06:17 3473

原创 R：同一列数据出现编码不一致，“UTF-8“和“unknown“混杂

遇见的问题：今天进行数据处理，在合并相同的项时出现因为字符前有空格而无法合并为一类，刚开始还以为是有空格，但是用sub没有把空格去掉，之后使用Encoding()，发现前面有空格的字符编码均为"UTF-8"，其余为"unknown"，如下图所示修改方法：Encoding(a) #检查一下是否出现编码混乱的问题#如果出现编码混乱，如上图Encoding(a) <- "unknown" #把数据都改为"unknown"#再次查看变量a，变量a代表的字符串可能出现乱码的字符(如，

2022-05-04 21:13:56 275

原创 ggplot2 绘图如何保留原始的数据顺序？（2022.11.13更新）

这里以散点图图为例p <- ggplot(data,aes(x,y))+ geom_point(aes(color=group),shape=19,size=3.5) #设置点的颜色，大小和形状如果这里直接用aes(color=group)，那么这个group分的时候是根据你的data里面的是能够成为因子的数据进行分组的，而有时因子的水平的排列顺序并不是在表格中看到的顺序，例如在表格中分组信息排序是S1,S2,...,S10,S11,S12但实际因子水平是S1,S10,S11,S.

2022-04-30 21:17:51 5665 1

原创系统变量没有Path,Java环境设置？Java环境设置完成，但Cytoscape仍然闪退？

目录1.系统变量没有path,Java环境设置？2.Java环境设置完成，但Cytoscape仍然闪退？3.安装过程（大致过程含资源分享）1.系统变量没有path,Java环境设置？本人win10系统，看网上好多说Java环境设置是要在系统变量的Path那里新建，添加Java的安装路径，但是我的系统变量没有Path这个变量值，看到网上有人说win10的系统变量和用户变量的Path合在一起了，于是我的解决方法：Java环境变量设置：①在用户变量的Path新建，添加Java安装路

2022-04-26 08:46:57 2290 2

原创 R语言：如何画竖线，横线，添加标签，画固定长度的线段

基础绘图：画横线： abline(h=y0)画竖线：abline(v=x0)添加固定长度线段：segments(x0=, y0=, x1=, y1=, ...)添加文字标签：text(x=x0, y=y0, label=" ")举例：m <- plot(1:10,1:10,"l")+ abline(v=3,lwd=2,lty=2,col="brown")+ #lwd设置线的宽度，lty表示虚线，其后数字表示虚线类型 abline(h=3,lwd=2,lty=3)

2022-03-06 11:18:00 15277 2

原创关于Perl哈希嵌套数组的总结，如何向数组中添加元素

今天对哈希嵌套数组进行了一些摸索，这里跟大家分享一下我的摸索成果！博主也是perl的小白，总结有很多不完善的地方，希望各路大神多多指正，感谢！！！成果只有两句话：$hash{$key}=[@array];就可以把数组传递给哈希了$hash{$key}[position];就可以访问哈希里嵌套的数组的元素了，这里的position就是指要访问第几个元素(从0开始的)下面是一些可能对uu们有用的解说1.把数组的元素传递给哈希可行方法：$hash{$key}=[@array];#这

2021-10-26 18:46:37 2533 4

原创关于Python列表排序sort()的一些问题

1.list.sort()返回内容为空错误使用方法：list=[1,3,4]list=list.sort()正确方法：list=[1,3,4]list.sort()print(list)2.sort()可以对字符串排序li=["2bb","abc","3ab","abb","1aa"]li.sort()print(li)结果：['1aa', '2bb', '3ab', 'abb', 'abc']3.sort()内置参数reverseli=[1,2,3.

2021-10-22 00:40:07 1355

原创 Python&Perl计算脚本运行时间

最近在比较小蟒蛇(Python)和骆驼(Perl)谁跑得快，学到了一些知识，记录在这里！目录1.Python脚本运行时间计算2.Perl脚本运行时间计算（注意：是在linux终端输入的）1.Python脚本运行时间计算①使用time()，这个时间会受其他程序的干扰from time import timestart=time()##你的代码end=time()print(end-start,"s")②使用time.perf_counter()，测得时间较上一个更准

2021-10-22 00:23:38 726

原创第一次尝试N50计算，走进生信的第一步

作为个人学习记录，也分享给有需要的uu们！本来是学习Perl的课堂作业，还是尝试了一下换成python，但是python确实没有Perl处理的速度快。小蟒蛇输给大骆驼了 QAQ写的过程也超级曲折，不断修改完善代码，熬了个大夜！(小白哭哭)##Author：Griffy##Date:2021-10-21##Version1:①使用正则，没必要用；②不能够巧妙地使用字典，如何同时遍历字典的键和值##Version2：①改正了对基因组的理解；②边读文件边处理速度更快(处理大文本的正确方法)

2021-10-22 00:03:32 1941 2

原创 Python 关于zip()函数的使用

这里总结一下zip()函数用法(部分内容)1.输出形式为元组list1=[1,2,3,4]list2=[5,6,7,8]for z in zip(list1, list2): print(z)输出结果2.输出形式为单独一行数字list1=[1,2,3,4]list2=[5,6,7,8]for z1,z2 in zip(list1, list2): print(z1,z2)输出结果...

2021-10-10 20:11:25 1514

原创 Python 关于遍历嵌套字典的问题：报错“TypeError: string indices must be integers”，可能是在这里犯迷糊了

今天进行数据分析，在从嵌套字典中获取信息时突然报错”TypeError: string indices must be integers“，来看看是怎么回事吧！(博主本人的报错记录)下面通过简单的例子说明问题dict = {"1":{"name":"lili","gender":"F"}, "2":{"name":"luna","gender":"F"}, "3":{"name":"nick","gender":"M"}}for d in dict: print(d["name"])

2021-10-10 14:40:25 3114

原创 Python pandas ：Series数据修改索引值index，出现数据丢失 NaN

最近在学数据分析，这里是关于我个人的错误记录，同时也和大家分享一下！出错图修改后错误原因：没有搞清楚list列表和Series数据的区别想了解更详细的可以点击这里 list与Series数据类型的区别解决方法：在修改索引值时，对象data_list应该为列表而不能是Seriesdata=pd.Series(data_list,index=['a','b','c','d'])##这里的data_list应该为列表，不能在前面先把它写进pandas.Series([...

2021-10-02 01:11:52 2503

原创 Python Turtle:小海龟创意绘画，仰望星空，脚踏实地，配有背景音乐哦！（附源码，可以学习如何添加背景音乐，如何使用渐变色）

国庆放假，给大家带来一些治愈心灵的小创作！！！网盘里的文件大家可以直接看效果(永久有效)！！（有背景音乐记得打开电脑声音哦）链接：https://pan.baidu.com/s/1RrnwQX7EGRe6Kh4iwurchg提取码：y3ie目录1.渐变色的背景2.画四角繁星3.添加背景音乐4.繁星随机出现5.源码在这里先来一张效果图(实际有背景音乐)1.渐变色的背景 t.bgcolor('black') #首先设置背景色...

2021-10-01 17:50:38 9059 4

原创 Python turtle入门：用小海龟画美队盾牌 (内附画五角星的详细代码)

这篇博文是博主自己的python turtle库学习记录（xiaobai），也是和uu的学习分享！！赶紧来看看小海龟是怎么画美队盾牌的吧！！画五角星（想看五角星画法的uu直接点这里哈）先来一张成果图源代码在这里哦！（五角星画法在最下面）import turtle as timport matht.hideturtle() #隐藏一下小海龟t.speed(0) #这里的速度大家可以自己调整，0是最快的#开始画盾牌大体t.co...

2021-10-01 01:02:46 3531

原创关于jupyter notebook的那些坑（Server Connection Error?无法自动打开浏览器？无法创建新文件？无法重命名？无法运行代码？）

这两天准备学习python数据分析，没想到就下载前期的配置就花了好长时间，踩了很多的坑，在这里总结一下作为学习记录和分享，希望能帮到更多的uu们！目录1.浏览器无法自动弹出2.在指定文件夹使用jupyter notebook3.无法创建新文件，无法运行代码1.浏览器无法自动弹出显示如图解决办法步骤：①按win+R，再按回车键，进入命令行②在命令行输入jupyter notebook --generate-config，回车，可能出现如下两种情况：情况一：如果出..

2021-09-27 10:18:45 12463 10

原创 python爬虫：百度图片爬虫代码

代码里的logid我也不确定有没有时效，如果有的话请大家自行替换，就在数据包标头那里，如图代码来了，来了，来了.......详细解说在这里：#Author:Griffy#Date:2021-09-25#Description:爬百度图片，只留下了堆糖的图，不想要过滤的把下面有一个filter删掉即可，还有if条件判断#Version:1.0 以后可能会更新一下，可能吧import requestsimport reimport PySimpleGUI as sgimp

2021-09-25 15:39:43 4011 2

原创 Python爬虫：百度图片爬虫 (内附有“Forbid spider access”报错处理，翻页处理，正则表达式使用，百度图片objURL解密！有弹窗设计!爬好的图片直接下载到一个文件夹中!)

这是一个百度爬虫的练习，博主也是个爬虫小白，这是一个学习成果分享！如果有哪里出现问题的望大家及时反馈哦！下面我们一步步来看过程哈（注意：我把百度图片中以堆糖为源网页的图片保留了下来，其他的图片都过滤了，我在下面的代码中会说明如果不想滤掉其他的内容怎么做）爬虫的过程就是模拟我们人浏览网页的过程，我们在写代码之前，首先要搞明白网站结构，找出数据储存在哪里，是什么格式。我们下载图片需要的是图片的下载网址，所以明确的目标就是找到图片网址存在了什么地方。我们可以先随便输入一个词，进入页面，了解一下网站

2021-09-25 15:36:15 3501

原创出现“json.decoder.JSONDecodeError: Expecting ‘,‘ delimiter: line 1 column 267 (char 266)”报错的解决方法

爬虫报错记录昨天在爬虫的时候突然报错“json.decoder.JSONDecodeError: Expecting ',' delimiter: line 1 column 267 (char 266)”。还以为是获取内容有问题，问了老师，才知道问题出在：数据截取不对，json解析错误报错出错的代码详细分析：数据截取不对，也就是我在end=html.find('"}}')进行截取时，被截取数据前面还有这样的'"}}'字符，所以我并来没有将所需数据完整地截下，导致数据格式不对，于..

2021-09-22 10:24:19 17578

原创用Python画小人发射爱心，还有弹窗设计哦！

这些代码里含有弹窗设计，可以根据好友选择来进入不同画面，简单有趣的中秋礼物哦这是我第一次用turtle画画，水平有限，如有问题，请指正哦！（还没有进一步简化，代码写得很啰嗦。）如果想发给朋友的话，可以将代码打包为exe，具体步骤如下：1.先在桌面创建文件夹2.将要打包的python文件放进该文件夹3.在该文件夹打开命令行（如图）并输入：pyinstaller -F filename.py（你的文件名）4.在dist文件夹里就可以找到你想要的小程序啦hhhhhh先来两张成果图(

2021-09-21 16:51:47 2471 6

原创 Python 爬虫数据写入csv文件中文乱码解决以及天眼查爬虫数据写入csv

python爬虫数据写入csv文件中文乱码，用’utf-8‘在pycharm中打开文件没有问题，但是用excel打开却出现了问题，以下为解决方法。（最近在练习爬虫，这个博文是对自己学习的记录和分享，如果有问题，非常感谢各路大佬指出！！！）for r in result:r_lis=[] #方法二：将爬到的内容储存在csv文件中r_lis.append(r.text)with ope...

2021-09-20 11:13:29 3004 6

weixin_56198196的博客