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SCENIC功能是单细胞调控网络的推断与聚类，主要用于计算单细胞测序中的基因调控网络及与细胞类型间的联系

基因调控网络（GRN）的重建对于理解协同基因效应和特定背景转录动力学的机制至关重要。但是之前忽略了细胞异质性。单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 提供了捕获细胞特异性基因表达的机会，从而可以更深入地了解细胞异质性和细胞类型特异性基因活动。但是大多数用于 GRN 重建的可用算法都是为批量基因表达而设计的，并通过解决两个计算挑战来发挥作用。在这种情况下，如果采用 scRNA-seq 数据，则会出现独特的困难。首先，假定的 TF 基因相互作用是通过检查它们的共表达而得出的。

inferCNV包的基本使用

singleR自动识别细胞类型

Seurat包标准流程

GEO数据下载方法

Rstudio更改安装包路径

Rstudio 设置工作路径

R及RStudio下载

三阴性乳腺癌(TNBC)是一种侵袭性亚型，具有广泛的肿瘤内异质性。为了研究潜在的生物学基础，我们对6个原代TNBC的>1500个细胞进行了单细胞RNA测序(scRNA-seq)。这项分析揭示了TNBC的功能异质性及其与基因组进化的关联，并揭示了决定这种疾病不良结局的意想不到的生物学原理。