1.1IsoformSwitchAnalyzeR安装

最新推荐文章于 2024-09-11 15:16:48 发布

泰迪天王

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文章标签： linux 服务器 r语言

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_57022054/article/details/134196462

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本文讲述了作者在安装r-base时遇到的问题，包括创建Python3.6环境、配置镜像源，以及推荐使用mamba加速R环境（包括r-base、r-recommended和cbiocondabioconductor）的安装过程，最后提到将分享IsoformSwitchAnalyzeR应用经验。

摘要由CSDN通过智能技术生成

conda环境太多，硬是花了两天时间才成功安装上。给大家分享我的踩坑历史，希望大家开启快乐的转录本分析流程。

1.安装环境

官网的安装环境需求

简单来说呢，r-base需要4.2及以上（python>=3.6）。

1.1conda构建py3.6的环境

conda create -n py3.6 python=3.6
conda activate py3.6

#镜像源配置
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
conda config --show

1.2conda配置r环境

建议安装mamba。mamba是用于管理环境的 CLI 工具，相比于conda 对包和环境的管理，mamba可以实现并行运算。相比于 conda，mamba 是用C++重写了 conda 的部分功能，运行效率显著提高，可以进行并行的下载。

curl -Ls https://micro.mamba.pm/api/micromamba/linux-64/latest | tar -xvj bin/micromamba
./bin/micromamba shell init -s bash -p ~/micromamba
alias mamba=micromamba
 #mamba安装

通过mamba配置R

mamba search R
mamba install r-base=4.3 #以4.3版本举例
mamba install r-recommended
mamba install r-biocmanager
mamba install -c bioconda bioconductor-IsoformSwitchAnalyzeR

至此IsoformSwitchAnalyzeR包安装完成，后面的文章会对此R包的应用进行一些经验分享。