rMATS使用及报错解决

泰迪天王

已于 2024-01-24 07:02:32 修改

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文章标签： python 开发语言

于 2024-01-24 07:01:59 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_57022054/article/details/135763681

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本文讲述了在Python2.7环境下通过conda安装rMATS时可能遇到的错误，并建议切换到Python3.6。主要内容包括如何构建样本组位置文件，find命令的使用，以及在报错后的处理步骤，如txt文件格式调整和清理临时文件夹。

摘要由CSDN通过智能技术生成

conda安装rMATS，python2.7环境会报错，建议python3.6

micromamba install rmats #conda命令可以用mamba代替

首先需要构建样本组位置文件

find /path/to/bam/ -name "1_*.bam" > /path/to/create/1.txt 
find /path/to/bam/ -name "2_*.bam" > /path/to/create/2.txt

#find命令构建有bam文件位置的txt

find命令后得到的txt文件

path/to/bam/1_1.bam
path/to/bam/1_2.bam

报错重点：更改txt文件格式(改成逗号格式)

如果已经出现过报错，修改完文件路径后，还需要将tmp路径中之前的文件都清空。

path/to/bam/1_1.bam,path/to/bam/1_2.bam

rMATS脚本

python rmats.py \
 --b1 path/to/b1.txt \
 --b2 path/to/b2.txt \
 --gtf path/to/gtf \ 
 -t paired \ #双端测序paired，单端测序single
 --readLength 150 \ #read长度，二代一般150bp，三代看报告
 --nthread 4 \ #分析线程数
 --od path/to/res \ #输出文件路径
 --tmp path/to/tmp #缓存文件路径