R语言方差分析ANOVA、单因素方差分析、协变量方差分析ANCOVA、重复测量方差分析、双因素方差分析（ two-way ANOVA）、多元方差分析MANOVA、多元协方差分析MANCOVA

R语言方差分析ANOVA、单因素方差分析、协变量方差分析ANCOVA、重复测量方差分析、双因素方差分析（ two-way ANOVA）、多元方差分析MANOVA、多元协方差分析MANCOVA

目录

R语言方差分析ANOVA、单因素方差分析、协变量方差分析ANCOVA、重复测量方差分析、双因素方差分析（ two-way ANOVA）、多元方差分析MANOVA、多元协方差分析MANCOVA

#方差分析（Analysis of Variance，ANOVA）是什么？方差分析的形式有哪些？

#方差分析的形式：

#R语言方差分析函数aov和回归模型函数lm的关系、formula公式中使用的符号说明、常见的方差分析研究设计公式（Formulas for common research designs）、因子顺序对分析的影响

#因子顺序对分析的影响

#R语言使用aov函数进行单因素方差分析（One-way ANOVA）、R语言使用gplots包中的plotmeans函数可用于生成组均值及其置信区间f的图（95%置信区间的治疗方法的曲线图）

#R语言使用aov函数进行单因素方差分析（One-way ANOVA）、使用TukeyHSD函数检验组均值之间所有成对对比差异、使用plot函数可视化Tukey HSD两两均值比较图（Multiple comparisons）

#R语言使用aov函数进行单因素方差分析（One-way ANOVA）、使用multcomp包的glht函数检验组均值之间所有成对对比差异、使用plot函数可视化Tukey HSD两两均值比较图（Multiple comparisons）

#R语言使用aov函数进行单因素方差分析（One-way ANOVA）、使用Q-Q图来评估方差分析因变量的正态性假设、Bartlett检验验证方差的相等性（齐次性）、car包中的outlierTest函数检验是否存在异常值（Assessing test assumptions）

#R语言使用aov函数进行单因素协方差分析（One-way ANCOVA）、单因素协方差分析(ANCOVA)扩展了单因素方差分析，包括一个或多个协变量（covariates）

#R语言使用aov函数进行单因素协方差分析（One-way ANCOVA）、使用effects包中的effect函数来计算调整后的分组均值（effects library to calculate adjusted means）

#R语言使用aov函数进行单因素协方差分析（One-way ANCOVA）、使用multcomp包的glht函数检验组均值之间所有成对对比差异、通过contrast参数自定义对比组进行组间两两方差分析（Multiple comparisons employing user-supplied contrasts）

#R语言使用aov函数进行单因素协方差分析（One-way ANCOVA）、验证协方差分析的回归斜率是否均匀（回归斜率在每个组中都是相同的、回归斜率的均匀性检验）（Assessing test assumptions）

#R语言使用aov函数进行单因素协方差分析（One-way ANCOVA）、使用HH包中的ancova函数可视化单因素协方差分析中的因变量、协变量和因子之间关系的图（Visualizing the results）

#R语言使用aov函数进行双因素方差分析（Two-way factorial ANOVA）、在双因素方差分析中，受试者被分配到由两个因素交叉分类形成的组（Two-way factorial ANOVA）

#R语言使用aov函数进行双因素方差分析（Two-way factorial ANOVA）、使用interaction.plot函数在双因素方差分析中显示交互作用（Interaction）

#R语言使用aov函数进行双因素方差分析（Two-way factorial ANOVA）、使用gplots包中的plotmeans函数在双因素方差分析中显示交互作用（Interaction）、包括均值，以及误差条（95%置信区间）和样本量

#R语言使用aov函数进行双因素方差分析（Two-way factorial ANOVA）、使用HH包中的interaction2wt函数为任何阶的双因素方差分析可视化主效应和交互作用图（Main effects and two-way interaction）、箱图显示主效应

#R语言使用aov函数进行重复测量方差分析（Repeated measures ANOVA、其中一个组内因素和一个组间因素）、分别使用interaction.plot函数和boxplot对交互作用进行可视化（Repeated measures ANOVA with one between- and within-groups factor）

#R语言使用manova函数进行多元方差分析(Multivariate analysis of variance (MANOVA))、如果多变量检验结果具有显著性，使用summary.aov函数获得单变量单向方差分析的结果

#R语言使用manova函数进行多元方差分析(Multivariate analysis of variance (MANOVA))、单因素多元方差分析的两个假设是多元正态性和方差-协方差矩阵的齐性、QQ图评估多元正态性、使用mvoutlier包中的aq.plot函数检验多变量异常值（Assessing test assumptions）

#R语言使用manova函数进行多元方差分析(Robust one-way MANOVA)、R语言rrcov包中的wilks.test函数提供了单向MANOVA的健壮版本、vegan包中的adonis函数可以提供非参数Manova的等效函数

#R语言使用回归模型解决单因素方差分析问题（ANOVA as regression）、方差分析和回归都是同广义线性模型的特例、因子转化为数值的过程中（分类变量编码为连续变量、自定义设置contrast）、treatment对比用于无序因子，正交多项式（orthogonal polynomials）用于有序因子

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#方差分析（