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RSS订阅原创 【文献管理神器】正式入坑zotero
配置了几个插件，显示影响因子分区的、配置标签的、阅读进度的等等，反正一下弄完，界面花里胡哨的，哈哈哈。当然还有chatgpt插件直接读文献。由于换了个笔记本，也配了一个台式机，需要重新安装软件。既然硬件设施改善了，那软件也干脆改善改善，也不能落后不是？于是花了一个下午时间专门安装和配置了zotero，在网上找资料学习使用方法。
2023-10-31 23:47:22
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原创 linux服务器上安装IGV，并在windows系统中进行可视化操作（CentOS)
【Backgrounds】在使用igv时，我们的测序数据可能非常大，可能有几百个GB，传输到window电脑上非常耗时，而且不一定能带动。所以我们可以在Linux中安装一个igv，并在windows系统中进行可视化操作会方便很多。
2023-08-26 21:27:16
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原创 nohup命令，无sudo安装（python为例），scp拷贝其他服务器文件
nohup 提交作业 无root无sudo安装软件 scp服务器间文件传输
2023-08-15 23:58:03
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原创 UCSC参考基因组下载----＞ bwa 建立index
UCSC参考基因组下载（最新版hg38）----> bwa 建立参考基因组index。详见：https://zhuanlan.zhihu.com/p/383252096。分别复制hg38.fa.gz和md5sum.txt这两个文件链接，进行后续下载。UCSC主页:https://genome.ucsc.edu/根据自己的需要选择物种，这里以Human为例，下载hg38。点击Downloads中的Genome Data。下拉到底部，点击latest下载最新的文件。点击第三个红色框框，跳转到新的网页。
2023-07-10 19:06:36
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原创 转录组分析相关软件下载与安装bowtie2/tophat2/cufflinks/HTseq/samtools/Trimmomatic/fastqc
转录组分析相关软件下载与安装bowtie2/tophat2/cufflinks/HTseq/samtools/Trimmomatic/fastqc
2023-07-06 19:19:53
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原创 [文献分享] 孕妇咖啡饮用与出生结局：孟德尔随机化研究
孕妇咖啡消费与出生结局（出生体重，死产，流产，胎龄和早产）进行因果推断: 两样本MR、基因风险评分的个体数据水平的MR、传统的队列研究
2022-08-27 16:06:19
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原创 R 数据清洗杂记（2）---删除检出率较低或缺失值较多的物质
前面我们讲了如何在回归分析前处理低于检测限(LOD)的数据，一种是0值替换成每列/每行的最小正值，一种是将所有低于LOD的值替换为该值对应的物质LOD/2，当然还有其他类似的方法。当然，我们在处理之前需要看看这些暴露物的检出率检出率 =样本总数暴露物浓度>LOD的样本数* 100%如果检出率比较低，视后面分析的需要删除一些暴露物。例如检出率低于75%。下面主要记录一下如何将LOD低于75%的方法。另外有时候可能存在NA的情况，又如何进行处理？
2022-08-22 21:43:11
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原创 [文献分享] 父母炎症性肠病与儿童自闭症（国家登记数据队列研究、连锁不平衡分数回归、多基因风险评分、孟德尔随机化）
通过多个人群数据分析父母炎症性肠病与子代自闭症的关联和因果：瑞典国家登记数据队列、连锁不平衡分数回归、多基因风险评分、两样本双向孟德尔随机化
2022-08-21 23:33:11
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原创 R 数据清洗杂记（1）---列/行0值替换为非零最小正值/2和低于检测限的值替换为检测限/根号2
R 环境暴露物检测 数据清洗 数据替换 检测限
2022-08-21 14:51:21
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