全基因组分析流程

最新推荐文章于 2024-07-10 22:11:08 发布
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分类专栏： 基因组 文章标签： 数据挖掘 学习
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GWAs——全基因组关联分析流程
SUN5_The_answer的博客
09-19 7627
GWAs基本流程
泛基因组分析流程 | 详细教程
BioinfoDu
03-22 1543
泛基因组的文章，我们在2023年做过一期，上面写了很多干货，对于我们的小白理解泛基因组这个概念很有帮助。若是你有需求可以跳转去看泛基因组（Pan-genome）。对于我个人，泛基因组也是很陌生，我开始接触是当时泛基因组真的很火，顶刊文章发出来很多。自己认为是高大上的东西，以及自己也想尝试学习。但是，这篇文章总结以后，自己也就没怎么关注这快内容了。是吧！我不知道大家是否也存在这样的现象…我们有时，认为这块内容很想做，信心满满的去做，但是很难坚持下去。只要，我们坚持做下去，那么你一定会有收获的。
全基因组测序数据分析---WGS主流程
dengshaoxiong的博客
10-20 4601
全基因组测序数据分析
【生信】全基因组关联分析（GWAS）原理
热门推荐
weixin_40695088的博客
03-12 5万+
【生信】全基因组关联分析（GWAS） 1.前提知识介绍 1.1 最小二乘法 1.2 GWAS的数学原理 1.3 Hardy-Weinberg定律&卡方检验 1.4 连锁不平衡 1.5 曼哈顿图 1.6 箱式图Box-plot 1.7 QQ plot 2、GWAS的定义 2.1 几个需要知道的概念： 2.2全基因组关联分析 3、GWAS——数据预处理 3.1质控的原因： 3.2基因型数据的质控： 3.4表型数据质控： 3.5正负链翻转 3.6 基因型填补 3.7群体分层校
全基因组关联分析（GWAS）流程
m0_63474083的博客
06-04 1606
每个地点的每份材料求一个均值，然后可用单个点的数据求blup值，也可以用三个点整合数据求blup值，用blup值当作材料的表型值进行后续分析，总之一个材料对应一个值，看自己试验需求，如果用blup值定位结果不好也可以尝试算blue值试一试。在选用GWAS模型时也是一样，可以跑一个模型也可以跑多个模型，可以用一个模型写也可以用两个模型或者更多的模型看有没有模型上共定位的位点，总之也是看哪个结果好就用哪种方法，根据自己认为好的结果再进行后续分析、验证之类的。
一文搞定细菌基因组De Novo测序分析
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
04-30 1万+
本文转自基因的生物信息学分析，链接https://mp.weixin.qq.com/s/xWOlv5WVJ7LwTuRQDXmGzg以一个细菌的测序数据为例子，介绍细菌基因组测序分析流程...
【生信】全基因组测序（WGS）
weixin_40695088的博客
03-07 3万+
1、全基因组测序(WGS) 的定义 2、GWS流程 2.1准备工作——分析软件 2.2原始数据质控 2.3数据预处理 2.4变异检测
WGDI 分析全基因组复制事件完整流程
Xingze_Li
09-06 9628
简介 WGDI（全基因组重复识别），一种基于 Python 的命令行工具，可让研究人员深入了解递归多倍化并进行跨物种基因组比对分析。 官方文档 下一 篇会选择一个物种的分析结果做示例。 安装 ## 1.使用conda安装 conda install -c bioconda wgdi ## 2.使用pip安装 pip install wgdi ## 3.本地安装 git clone https://github.com/SunPengChuan/wgdi.git cd wgdi python set
GWAS（全基因组关联分析）简介及简单实操
weixin_69556916的博客
07-11 3569
全基因组关联分析(Genome-wide association study),是指在人类全基因组范围内找出存在的序列变异，即单核酸多态性 (SNP) ，从中筛选出与疾病相关的SNPs。#将vcf文件转换成map、ped格式，然后转换为Plink二进制格式（fam，bed，bim）我认为数据分析是从全基因组分析得出的vcf文件开始的，以下分析流程来自。#安装plink和vcftools，我的服务器是ubuntu的。#R语言作图，我这里是将所有R代码写在脚本里。#下载数据，这里用的是狗的数据。
全基因组关联分析（GWAS）简介
aganlala的博客
02-25 5万+
全基因组关联分析（GWAS）简介 全基因组关联分析（GWAS）是广泛用于寻找复杂遗传疾病关联基因的重要手段。通过遗传学研究找到了很多致病突变体，这些突变体是指染色体上的变异位点。全基因组关联分析试图找到染色体上的变异位点，并研究这些变异位点与疾病或其他性状的关联。目前，全世界范围内已开展了4000多项GWAS研究，发现了超过10万个与各种疾病（如癌症，高血压，II型糖尿病，类风湿性关节炎等）以及重要生理性状关联的基因位点。全基因组关联分析应用基因组中数以百万计的单核苷酸多态性（SNP）为分子遗传标记，利用回
genipe:全基因组估算流程
05-22
genipe-执行全基因组插补分析的Python模块 该genipe模块（代表GEN OME宽我mputation P ipelin E）包括脚本（名为genipe-launcher ）自动运行使用的Plink，shapeit和impute2全基因组归集管道。 如果您在任何已发表的...
基因组二代测序数据的自动化分析流程
05-10
基因组二代测序数据的自动化分析流程基因组二代测序数据的自动化分析流程
基于全基因组数据解析的精准医疗.ppt
03-19
基于全基因组数据解析的精准医疗.ppt
基因组分析
02-18
基因组分析是生物学领域中的一个重要概念，它涉及到对生物体所有遗传信息的系统性研究。..."genome-analysis-master"可能是一个完整的基因组分析流程的实现，包含了上述步骤的代码和脚本，供研究人员学习和使用。
genomics:全基因组组装法典
05-26
这就是全基因组组装法典的精髓所在，它提供了一套标准化的流程和方法来处理这一问题。在这个过程中，Java作为一种强大的编程语言，因其优秀的跨平台性和高效的处理能力，被广泛应用于基因组数据分析。 基因组组装...
什么是数据挖掘（python）
2303_82176667的博客
07-04 986
这个问题看似很简单，但似乎也很难有一个明确的答案。如果非要给数据挖掘一个定义的话，那么我认为数据挖掘就是寻找数据中隐含的知识并用于产生商业价值。也就是说，它是我们在数据中（尤其是在大量的数据中）找到一些有价值，甚至是非常有价值的东西的一种手段。
Lumos学习王佩丰Excel第四讲：排序与选择
最新发布
Sunshine_XX的博客
07-10 180
自定义排序演示：工资条拆分的演示：如果遇到很长的表，标题只存在于顶端，打印出来观感不好，可以这样做：有些版本的excel复制筛选数据容易把背后隐藏的所有数据都复制上去，这时可选中定位条件的“可见单元格”选项，复制粘贴即可。并排表示且，错排表示或。ctrl+shift+↓+→全选，演示说明：回头学原理，先记住一句话，要想筛选对，条件表头不要对。
Autoware.universe 高效学习第三章 -- 智驾技术务虚会之智驾技术栈讨论 其一
cy1641395022的博客
07-10 442
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css样式学习样例之边框
abments的博客
07-07 832
css样式学习样例之边框
全基因组甲基化测序数据分析流程和详细步骤
05-12
全基因组甲基化测序数据分析流程大致如下： 1. 数据质控和预处理：包括去除低质量reads、去除接头序列、去除PCR重复序列等。 2. 参考基因组比对：将测序reads比对到参考基因组上，可以使用Bismark、Bowtie2、BWA-METH等工具。 3. 甲基化水平计算：根据比对结果，计算每个C位点的甲基化水平，可以使用Bismark、MethylDackel等工具。 4. 差异甲基化位点（DMR）鉴定：通过比较不同样本之间的甲基化水平，鉴定差异甲基化位点，可以使用Bismark、DSS、methylKit等工具。 5. 功能注释和生物信息学分析：对鉴定到的DMR进行生物信息学分析，包括基因功能注释、通路分析、GO分析等。 具体步骤如下： 1. 数据质控和预处理 首先需要进行数据质控和预处理，包括去除低质量reads、去除接头序列、去除PCR重复序列等。可以使用FastQC、Trimmomatic、fastp等工具进行质控和预处理。 2. 参考基因组比对 将去除低质量reads、去除接头序列、去除PCR重复序列等预处理后的测序reads比对到参考基因组上，可以使用Bismark、Bowtie2、BWA-METH等工具。其中，Bismark是一种专门用于全基因组甲基化测序数据比对和甲基化水平计算的工具，可以同时比对双端数据和单端数据。 3. 甲基化水平计算 根据比对结果，计算每个C位点的甲基化水平。可以使用Bismark、MethylDackel等工具进行甲基化水平计算。其中，Bismark可以在比对的同时进行甲基化水平计算，而MethylDackel则是一种专门用于甲基化水平计算的工具。 4. 差异甲基化位点（DMR）鉴定 通过比较不同样本之间的甲基化水平，鉴定差异甲基化位点。可以使用Bismark、DSS、methylKit等工具进行DMR鉴定。其中，Bismark可以直接进行DMR鉴定，而DSS和methylKit则需要先将甲基化水平计算结果进行输入。 5. 功能注释和生物信息学分析 对鉴定到的DMR进行生物信息学分析，包括基因功能注释、通路分析、GO分析等。可以使用DAVID、GSEA等工具进行生物信息学分析。

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