Nature 正刊丨利用阶段性泛基因组进行杂交马铃薯单倍型设计

01摘要

栽培马铃薯（Solanum tuberosum L.）1,2的四倍体基因组和克隆繁殖决定了最重要的块茎作物的缓慢、非累积育种模式。将马铃薯育种过渡到基于二倍体自交系的种子繁殖杂交系统，有可能大大加速其改良3。至关重要的是，自交系的发展受到多种有害变异的阻碍；解释它们的性质并找到消除它们的方法是杂交马铃薯研究的当前重点4,5,6,7,8,9,10。然而，大多数已发表的二倍体马铃薯基因组没有相位，掩盖了单倍型多样性和杂合性的关键信息11,12,13。在这里，我们开发了一个来自栽培二倍体和祖先野生物种的60个单倍型的阶段性马铃薯泛基因组图，并找到了转座因子在产生结构变异中普遍存在的证据。与线性参考相比，泛基因组图代表了更广泛的多样性（3076 Mb对742 Mb）。值得注意的是，与野生二倍体相比，我们观察到栽培二倍体的杂合性增强（14.0%对9.5%），表明马铃薯驯化过程中存在广泛的杂交。使用保守标准，我们鉴定了19625个推定的有害结构变异（dSVs），并揭示了偶联阶段dSVs周围有害单核苷酸多态性（dSNP）的有偏积累。基于泛基因组图，我们计算设计了具有最小dSNP和dSVs的理想马铃薯单倍型。这些进展为克隆繁殖的基因组基础提供了关键的见解，并将指导育种者开发一套有前景的自交系。

02图表简介