【评测】TaqMan️探针和IDT PrimeTime️ 双淬灭探针的对比

本篇文章，我们将对应用较广的双淬灭探针（Double-Quenched Probe）做详细的介绍。

基于qPCR测试的结果，我们已将TaqMan®️探针替换成为IDT PrimeTime®️ 双淬灭探针。ZEN™️型双淬灭探针非常适合我们甲基化生物标志物的相关研究工作。靠近5'荧光基团的淬灭剂ZEN™️，不仅可以使qPCR探针在长达40碱基的情况下依旧保持较好淬灭效果，而且显著增加了探针的Tm值，非常适合癌症相关研究。

– 安朵涅特·佩里 博士 高级研究员 爱尔兰都柏林三一学院分子药物研究所

“双淬灭”探针顾名思义，就是有两道“消防线”来保证荧光基团的淬灭：在普通的5'核酸酶水解探针（图1. A）的基础上，除了探针3'端的普通淬灭基团（例如，Black Hole Quencher等），另在探针中间额外添加淬灭基团。

以IDT生产的经典双淬灭探针为例（图1. B）：在探针第9、10碱基之间添加专利的ZEN™️或TAO™️淬灭剂，与3'端IDT改进的专利淬灭基团—Iowa Black®️ Dark Quencher（IBRQ或IBFQ），构成两道“消防线”。

图1. 普通5'核酸酶水解探针和双淬灭探针的结构（D：Dye，荧光染料；Q：Quencher，淬灭基团；Z：ZEN™️）

除了对荧光的淬灭作用，ZEN™️还可以增强双链结构的稳定性，阻止核酸外切酶的酶切作用，且无细胞毒性。这些特性使其被IDT广泛应用于anti-miRNA序列（anti-miRNA oligonucleotides），splice-switching序列（splice-switching oligonucleotides）和miRNA、mRNA及InRNA的原位杂交探针。

IDT目前有ZEN™️型和TAO™️型两种双淬灭PrimeTime®️ qPCR探针（图2），分别搭配不同的荧光基团，两道“消防线”，灭“火”于无形之中。