Linux中安装R、R安装依赖库遇到的错误

bug如毛发

已于 2023-12-04 19:40:31 修改

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文章标签： linux r语言

于 2023-12-01 20:29:02 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_62871919/article/details/134743009

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1、安装R sudo apt-get update 时报错没有release

使用清华的镜像源

sudo apt-get update

报错：

导入镜像报错，原因为：

1）某些软件源（如阿里云镜像站）的 Release 文件丢失，导致无法更新相关软件包信息。

2）某些软件源的数字签名无效或已过期，可能存在潜在的风险。

3）某些软件源返回了 403 Forbidden 错误，表示无法访问或下载相关软件包

尝试解决没有找到Release文件（成功）：

1. 没有找到 Release 文件：这可能是由于软件源配置问题导致的。尝试更换软件源，使用以下命令备份原有的软件源配置文件并更换为官方源：

sudo cp /etc/apt/sources.list /etc/apt/sources.list.backup

sudo sed -i 's/http:\/\/[^ ]\+/http:\/\/archive.ubuntu.com\/ubuntu\//g' /etc/apt/sources.list

然后运行 `sudo apt update` 再次尝试更新软件包列表。

虽然还是报错，但和之前不同，可以获取镜像内容了。

2. 无法认证源的数据：这可能是由于软件源的 GPG 密钥过期或缺失导致的。您可以尝试更新 GPG 密钥，使用以下命令导入新的 GPG 密钥：

sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys 51716619E08DA9

成功安装R语言！

2、R语言安装依赖库ggplot2 无法直接安装

尝试一：install.packages("ggplot2")

显示错误：安装程序包‘ggplot2’时退出状态的值不是0

因为显示没安装munsel，单独安装munsel与scales都是报相同的错误

尝试二：在官网下载ggplot2到本地，然后再下载到R中

R CMD INTALL ~/下载/ggplot2 --library=/home/hadoop/R/x86_64-pc-linux-gun-library/3.2

报错scales没下载

尝试三：

sudo apt-get install scales

sudo apt-get install ggplot2

尝试四：查到说，install.packages("ggplot2",type="binary")可以解决退出状态的值不是0的情况

尝试五，repo加下载地址

尝试六

要说多少遍非零状态的R包安装失败根本就不是看它本身 - 知乎 (zhihu.com)https://zhuanlan.zhihu.com/p/362312121

bioPackages <-c(
     "devtools", "ggplot2", 

local({
  r <- getOption( "repos" );
  r[ "CRAN" ] <- "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/";
  options( repos = r )
  BioC <- getOption( "BioC_mirror" );
  BioC[ "BioC_mirror" ] <- "https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/";
  options( BioC_mirror = BioC )
})

# source( "https://bioconductor.org/biocLite.R" )
# 这行代码已经过时，新版本的R语言3.6.0已经不再使用
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
lapply( bioPackages,
  function( bioPackage ){
    if( !require( bioPackage, character.only = T ) ){
      CRANpackages <- available.packages()
      if( bioPackage %in% rownames( CRANpackages) ){
        install.packages( bioPackage )
      }else{
        BiocManager::install( bioPackage, suppressUpdates = FALSE, ask = FALSE)
      }
    }
  }
)