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原创 qiime2构建Silva138.2数据库

更新silva138.2的方法以及遇到问题记录一下,有助于提高自己的工作效率

2024-11-06 19:15:00 180

原创 UPGM聚类绘图

本人虽在生信行业浑水摸鱼了几年,但是依旧处于中下等技术水平,为了避免自己一直处于下游状态,遇到问题抓紧记录一哈子!今日在绘制upgm图出现问题,出现图这样的问题。X轴标签和标题sample嵌套,糊在一起了。:表示文本距离 x 轴的行数,可以调整这个值来改变标题的位置。

2024-09-25 23:30:00 264

原创 gsa/browse网站下载数据

公共数据库数据下载

2024-08-28 10:41:15 210 1

原创 kraken2注释+braken格式转换

由于最近遇到一个宏基因项目,第一次分析注释到的物种数目较少,因此更换数据库试试看看!于是kraken上榜,OK,let's try 一下子!前提是已经安装了kraken和braken,运行命令比较简单。

2024-06-15 10:45:00 463

原创 Bracken安装

braken安装

2024-06-14 16:30:31 1519

原创 Linux中安装clusterprofiler失败

在Linux中通过R安装clusterprofiler失败,报各种抓马错误,错误类型忘记截图了。于是换一种安装方式,通过conda安装。

2024-05-25 12:30:00 265

原创 安装R包遇到的各种问题

R语言安装过程遇到许多奇奇怪怪的问题,对此的解决做个记录,避免日后掉坑里

2024-05-24 14:27:37 1930

原创 ReactomePA数据库下载及后续格式处理

由于硬件能力有限,只能借助多个脚本实现(主打一个那个方便上手用哪个),总之自用能解决问题,及时记录一下,可能后面还能用的到的。(4)根据以上两个输出文件的共同列,生成最终文件(pathway_TERM2SYMBOL.txt)文件2:pathway_TERM2SYMBOL.txt。pathway_TERM2SYMBOL.txt格式如下。文件1:pathway_TERM2NAME.txt。(1)通过shell简单处理。(2)通过python处理。第二步:进行结果格式处理。(3)进行ID格式转换,

2024-05-16 16:43:32 584

原创 安装MUMmer4

【代码】安装MUMmer4。

2024-05-12 16:30:00 530 1

原创 dRep安装问题

宏基因组分箱过程中,安装软件遇到的问题

2024-05-11 14:35:38 1490 2

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