解决 “无法在貯藏處https://bioconductor.org/packages/3.16/bioc/src/contrib中读写索引: cannot open URL ”

最新推荐文章于 2023-12-07 15:16:23 发布
最新推荐文章于 2023-12-07 15:16:23 发布
阅读量8.2k 收藏 15
点赞数 24
文章标签： r语言
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_62940906/article/details/131143554
版权

R中安装包时出现如下报错：

Warning: 无法在貯藏處https://bioconductor.org/packages/3.16/bioc/src/contrib中读写索引:
  cannot open URL 'https://bioconductor.org/packages/3.16/bioc/src/contrib/PACKAGES'

解决方法：

        在文末添加如下语句或在R/RStudio终端下键入：

options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")
梅子青时雨711
关注
  • 24
    点赞
  • 踩
  • 15
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 5
    评论
R语言学习及遇到的坑
qq_35780315的博客
04-12 4267
入门 1.在Rstudio安装包的时候报错 Warning: 无法在貯藏處https://mirror.lzu.edu.cn/CRAN/src/contrib中读写索引: 无法打开URL’https://mirror.lzu.edu.cn/CRAN/src/contrib/PACKAGES’ Warning: 无法在貯藏https://mirror.lzu.edu.cn/CRAN/bin/wind...
R Packages
10-21
R语言了解各种R包 This book will guide you from being a user of R packages to being a creator of R packages. In Chapter 1, Introduction, you’ll learn why mastering this skill is so important, and why it’s easier than you think. Next, you’ll learn about the basic structure of a package, and the forms it can take, in Chapter 2, Package Structure. The subsequent chapters go into more detail about each component. They’re roughly organized in order of importance: Chapter 3, R code The most important directory is R/, where your R code lives. A package with just this directory is still a useful package. (And indeed, if you stop reading the book after this chapter, you’ll have still learned some useful new skills.) Chapter 4, Package Metadata The DESCRIPTION lets you describe what your package needs to work. If you’re sharing your package, you’ll also use the DESCRIPTION to describe what it does, who can use it (the license), and who to contact if things go wrong. Chapter 5, Object Documentation If you want other people (including “future you”!) to understand how to use the functions in your package, you’ll need to document them. I’ll show you how to use roxygen2 to document your functions. I recommend roxygen2 because it lets you write code and documentation together while continuing to produce R’s standard documentation format. Chapter 6, Vignettes: Long-Form Documentation Function documentation describes the nitpicky details of every function in your package. Vignettes give the big picture. They’re long-form documents that show how to combine multiple parts of your package to solve real problems. I’ll show you how to use Rmarkdown and knitr to create vignettes with a minimum of fuss. Chapter 7, Testing To ensure your package works as designed (and continues to work as you make changes), it’s essential to write unit tests that define correct behavior, and alert you when functions break. In this chapter, I’ll teach you how to use the testthat package to convert the informal intera
R安装包遇到无法在貯藏處读写索引的报错（镜像问题）
最新发布
TiYong的博客
12-07 4262
在安装R包“ggalt”时，出现了镜像错误。遇到无法在貯藏處 “cannot open URL”如上所述，无法找到有效的镜像。
BiocManager安装包报错，cannot open URL解决方法
2301_79403025的博客
08-13 3883
7.重装R和重新下载biocmanager包，也不行，最后让我找到一个非常简洁的回答，按照大神的回答的试了一下，居然可以了！重新下了lifecycle还是不行，于是怒重装更高R版本，重新运行第7条的代码，这次终于可以了。在使用Biocmanager安装GEOquery时报错，安装不上，如下图显示。5.怀疑是联网问题，额外运行两行代码，也无效。有个情况非常类似的，按照她的方法也试了。里面第二个回答的代码也试了，无效无效。已经花了一个下午时间了，要疯了。6.又找到一个方法，无效。1.更换IE配置，无效。
解决国外镜像无法访问导致的R包无法安装问题
lizz2276的博客
10-27 1005
二、其次，在Rstudio里面，Tool--Global Options--Packages选择China (Beijing) [https] - TUNA Team, Tsinghua University。链接：https://www.jianshu.com/p/eeaccf433a4a。商业转载请联系作者获得授权，非商业转载请注明出处。更新了Rstudio后，出现。一、首先，用命令行设置镜像。，打开该文件，找到下列语句。三、直接在R安装目录下。
Warning: unable to access index for repository https://bioconductor.org/packages/3.17/
XH生信和机器学习空间
05-21 1万+
查询一圈，是bioconducter 没有big-sur的二进制编译版本。需要从source下载，加上type=“source”可以解决。最近将r升级到4.3.0，使用biomanager安装enomicFeatures包时出现无法访问index的问题。
M2芯片的MAC下载Rstudio的WGCNA
weixin_51421287的博客
08-08 2066
M2芯片mac如何在R4.2解决WGCNA包的安装错误
R报错合集
qq_57518649的博客
04-19 520
1.不能连接到吊销服务器，或者未能获得最终响应&程辑包“xxx”是用版本4.1.3构造的。
R语言 下载包出错Warning: 无法在貯藏處https://cloud.r-project.org/src/contrib中读写索引:
01-13 1万+
报错原因，竟然是ie浏览器的问题，unbelievable 1、在R中，下载包的时候，却发现报错：Warning: 无法在貯藏處https://cloud.r-project.org/src/contrib中读写索引: 无法打开URL'https://cloud.r-project.o 2、后来针对CRAN重新选择，但以下这几个都选择了一遍。都还是报错。 3、最后找到原因了。下载包是依赖本机的ie浏览器下载的。本身电脑 的ie浏览器出错了，打开是网页显示 打不开的。所以导致下...
matlab精度检验代码-SIMLR:在Matlab和R中都实现了SIMLR方法。该方法的手稿位于：https://www.nature.co
05-21
在此存储库中，我们同时提供R和Matlab中的SIMLR （）实现。 存储库的主分支（名为SIMLR）提供了该方法的代码（R和Matlab）以及一些示例数据。 我们记得，这些数据仅作为示例提供，不应代替相应出版物中提供的那些...
BASiCS：BASiCS：单细胞测序数据的贝叶斯分析。 这是不稳定的实验版本。 请参阅http：//bioconductor.orgpackagesBASiCS以获得正式发行版本
02-05
BASiCS作为一个不稳定的实验版本，表明它可能还在持续开发和完善中，可能存在一些未解决的问题或功能限制。为了获取稳定和经过充分测试的版本，用户应访问http://bioconductor.org/packages/BASiCS，Bioconductor是...
DESN:差分ActivE子网（DEN）：基于R / Bioconductor的程序包-开源
04-29
活细胞是复杂的，动态的，自我调节的，互动的系统，... DEN是基于R / Bioconductor的软件包，旨在将不同类型的人类生物分子相互作用组装为一个完整的相互作用组，并包含通过整合基因表达数据来提取动态活性网络的功能。
bioconductor.org:Bioconductor网站的源代码
05-11
用于bioconductor.org的站点维护者README 该代码的规范位置为 您可以通过克隆此存储库并运行来进行设置git clone https://github.com/Bioconductor/bioconductor.org 然后，在本地提交代码后，运行以下命令以提交...
吉他：用于基因注释的RNA相关基因组特征的转录组学分析的R / Bioconductor程序包
04-09
吉他：用于基因注释的RNA相关基因组特征的转录组学分析的R / Bioconductor程序包
R包install失败：cannot open URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/PACKAGES'
热门推荐
u013303361的专栏
12-29 3万+
问题： > install.packages("scatterplot3d") Warning in install.packages :   unable to access index for repository https://cran.rstudio.com/src/contrib:   cannot open URL 'https://cran.rstudio.com/sr...
Cannot open URL…
weixin_30610755的博客
03-26 2001
启动intellij时出现cannot open URl，原来是过滤器写错，把所有地址都拦截了。。 转载于:https://www.cnblogs.com/lycsky/p/5323182.html
R语言安装包过程中的一个问题解决
qq_40248871的博客
01-06 7306
本人在安装后R语言后，利用R中安装包的命令 install.packages(packagename) 时总是会出现下面的错误： install.packages('ggplot2') Warning: 无法在貯藏處https://mirror.lzu.edu.cn/CRAN/src/contrib中读写索引: 无法打开URL'https://mirror.lzu.edu.cn/CRAN/sr...
cannot open URL 'https://bioconductor.org/packages/3.17/bioc/bin/windows/contrib/4.3/PACKAGES'
12-07
这个错误通常表示无法访问指定的URL。可能是由于网络连接问题或URL本身无效导致的。您可以尝试以下解决方法： 1. 检查您的网络连接是否正常，尝试重新连接网络。 2. 检查URL是否正确，确保它指向正确的位置。 3. 如果您使用的是代理，请确保代理设置正确。 4. 如果您使用的是防火墙，请确保防火墙允许访问该URL。 如果以上方法都无法解决问题，您可以尝试使用其他方式获取所需的内容，例如使用其他URL或下载所需的文件并手动安装。 ```python # 示例代码 import urllib.request url = 'https://bioconductor.org/packages/3.17/bioc/bin/windows/contrib/4.3/PACKAGES' response = urllib.request.urlopen(url) print(response.read()) ```

“相关推荐”对你有帮助么？

  • 非常没帮助
  • 没帮助
  • 一般
  • 有帮助
  • 非常有帮助
提交
评论 5
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值