Vscode环境配置（+Anaconda+Jupyter+py+R 懒人包）

如果发现任何错误请及时指正并多多包涵！

一、下载Vscode Annaconda

下载地址：anaconda（Download Anaconda Distribution | Anaconda）

VS Code（Visual Studio Code - Code Editing. Redefined）

二、安装Annaconda和Vscode

建议参考教程Anaconda + VSCode 最详细教程 - 简书（教程五、六部分看看即可，和安装没关系，就是熟悉一下conda 的命令，但是推荐用conda create -n 环境名称 python= 先创建一个虚拟环境，以防之后把系统环境整乱了，python版本和环境名称根据个人需要来）

注意：在安装vscode的时候勾选自动添加路径的话需要重启电脑路径才会添加进去，建议在安装好Vscode然后先重启一下再进行后面的操作

教程中下面步骤中的第二步，勾选Add Anaconda to the system PATH environment variable在最新的Annaconda安装中似乎没有这个选项   (图片来源于上述教程)

可以通过参考教程安装Anaconda手动配置anaconda环境变量（path）方法_anaconda path-CSDN博客手动添加路径

三、安装Jupyter插件

在进行了上面第二步中教程的步骤后,只需要再安装一个Jupyter插件即可（安装第一个）

随后利用avtivate 命令打开刚才创建的虚拟环境，用命令conda install ipykernel 安装包，之后就可以创建.ipynb文件并运行了。

之后点Select Kernel选择刚才的虚拟环境，就可以运行了。

ps：如果需要装包的话需要先activate到虚拟环境中在进行install操作

四、（Optional)同时装载r kernel到虚拟环境里，在.ipynb文件中可以使用magic命令运行R语言

在命令窗口中activate一个虚拟环境

之后输入代码：（r-base选择自己需要的版本即可）

conda install -c conda-forge r-base=4.3.2

conda install -c r r-irkernel # if wanna use R kernel, optional

conda install -c conda-forge rpy2

conda install -c conda-forge r-devtools

pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple anndata2ri

之后要在Vscode中运行的话：

import logging
import rpy2.rinterface_lib.callbacks
import anndata2ri

anndata2ri.activate()
%load_ext rpy2.ipython

五、可能遇到的一些问题

Q1 如何在powershell中运行conda指令

A1 参考安装Anaconda（miniconda）后如何在powershell使用conda activate命令（Windows）-CSDN博客

Q2 遇到install时间过慢，或因为超时报错

A2 可能是新建的虚拟环境没有改成国内源，可运行

1. pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple sympy

或者运行下面命令，通过设置环境变量PIP_DEFAULT_TIMEOUT来增加超时时间，例如设置为60秒：

1. set PIP_DEFAULT_TIMEOUT=60

Q3 在import anndata2ri时遇到问题

A3 设置环境变量，win直接搜索“环境变量”，在系统变量中新建：蓝色的地方需要换成虚拟环境的地址+Lib\R

虚拟环境地址查看可以使用：

conda info -e

Q4 如果在运行程序时发生错误：Not an rpy R object and unable to map it to one: 'value'

A4 可以参考https://github.com/rpy2/rpy2/issues/1065，尝试改一下版本