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RSS订阅原创 单细胞测序学习笔记（二）——细胞注释
1.细胞鉴别在上一步对各类细胞进行featureblot后，可以根据文献或者在线数据库来对细胞进行鉴别。此处我使用的是CellMarker网站。对照起来进行鉴别，但是有些细胞簇有两个marker，有些细胞簇的marker有重合，所以鉴别这一步具有比较大的主观性，需要结合多个数据库或者文献进行判断。在完成鉴别后，创建一个新的字符向量保存细胞名称，顺序从0-12一一对应。以下是我自己的判断结果：new.cluster.ids <- c("Memory T cell","C..
2022-02-25 16:25:07
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原创 单细胞测序学习笔记（一）——细胞聚类和鉴定
使用的是10X Genomics5k Peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) from a healthy donor (v3 chemistry)Single Cell Gene Expression Dataset by Cell Ranger 3.0.2的数据1.保持好习惯，先清空一下环境rm(list = ls())2. 读取下载的数据，文件夹中包括三个文件：1. barcodes.tsv 2. features.tsv ...
2022-02-24 17:35:32
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原创 《R语言实战》学习笔记第四章
基本数据管理4.2 创建新变量如果想创建一个储存当前数据库内数据运算后结果的变量到数据框中使用within()函数（可以修改数据框中的变量）> mydata <- data.frame(x1=c(2,2,6,4),x2=c(3,4,2,8))> mydata <- within(mydata,{+ sumx <- x1+x2+ meanx <- (x1+x2)/2+ })> mydata x1 x2 meanx sumx1 2
2022-01-13 11:45:56
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原创 《R语言实战》学习笔记第三章
图形初阶3.1 使用图形P43例子，使用与书中attach()函数不同的with()函数：> with(mtcars,{+ plot(wt,mpg)+ abline(lm(mpg~wt))+ title("Regression of MPG on Weight")+ })得到下图在开始绘图之前，可以先执行语句将图形保存到当前工作目录中pdf("mygraph.pdf")> with(mtcars,{+ plot(wt,mpg)+ abline..
2022-01-12 17:43:16
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原创 《R语言实战》学习笔记第二章
本章内容：创建数据集2.2 数据结构向量一维数组，可以用于储存数值型，字符型和逻辑型的数组，使用函数c()创建。注意同一向量中的数据必须是同一类型的。在创建向量后，可以通过访问方括号中的位置来访问特点的元素。例如：> a<-c("a","b","c","d","e")> a[3][1] "c"> a[2:5][1] "b" "c" "d" "e"矩阵二维数组，每个元素都拥有相同的模式。可以使用matrix()函数创建mymatri
2022-01-12 14:37:24
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空空如也
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