一个生信小菜鸡-CSDN博客

原创 Seurat不能画图问题

是因为ggplot2升级了，只需要降低版本就行。

2025-10-10 11:27:48 154

原创 R语言学习小计--SeuratV5版本中跑cellchat遇到这个问题

scale.factors = scale.factors # 添加 scale.factors 参数。这个scale.distance的参数其实要远大点，我选了132。

2025-03-08 16:38:24 1274

原创 R语言报错解决

载入了名字空间'xfun' 0.39，但需要的是>= 0.48。注意，在下载的时候所有的路径都不能加载进这个包。这个在下载的时候弹出窗口，选择不要二进制的。这个在下载的时候弹出窗口，选择二进制。

2024-11-08 19:22:18 1743

Morisita index：对一个细胞群中个体分散程度的一种生态测量，整合了细胞群的大小。#overlap coefficient:较小的样本中以独特的长度衡量克隆型的重叠性。#top.clones = 5,展示排名前5的克隆型在两个样本之间的对比情况。#查看克隆型的比例，按克隆型的出现频率进行排名。#查看不同克隆型在整个克隆空间内的相对丰度。#计算每个样本中克隆型的数据量或比值。#整合不同样本之间的tcr信息。#通过丰度查看克隆型的相对分布。#对比样本之间克隆型的动态变化。

2024-06-26 12:27:51 1443

原创 R语言分析-基因打分

基因打分报错：解决：

2024-04-18 17:14:28 480

原创 R语言之monocle报错

报错：报错解决：

2024-03-11 13:35:20 1135 2

原创 R语言学习之-.xlsx格式数据读取

我将GO中的一个通路基因下载到xlsx中，但是基因有重复，手动去除比较麻烦，于是可以使用以下代码。#sheetName="Sheet1"表示读取的是Sheet1。#header = F表示不将第一行做为行名。这样可以方便后续做打分和基因集交集。

2024-03-04 13:31:10 695 1

原创 SCENIC报错

runGenie3(as.matrix(exprMat_filtered_log), scenicOptions)#最慢的是这一步。runCorrelation(exprMat_filtered, scenicOptions)#这一步特别慢。# Co-expression network,这个步骤特别慢，需要几个小时甚至几天。此时将R重启即可解决问题。

2024-01-31 09:28:26 1135 1

原创报错解决

raw_object = UpdateSeuratObject(object = raw_object)#更新数据结构即可查看。slotNames(raw_object)#查看slot。

2024-01-28 18:57:18 2029

原创 TCR分析-R包安装

options(repos = c(CRAN = "https://cran.r-project.org/"))#注意变化，不同电脑不一样。

2024-01-28 18:54:45 1221

原创 R语言学习小记-scRepertoire包安装

应该是‘cubature’包有二进制版本了，但是一直默认装的是别的版本。

2023-12-29 15:57:47 973 1

原创 R语言学习小记之SCENIC

需要注意的是，nCores=10 在部分电脑上面不适用哦，主要是。修改代码为 nCores=1 即可。

2023-12-26 17:05:05 924 1

原创 R语言学习小记——Cellchat包安装

因为安装过程要从GitHub进行安装，所以比较慢，可进行多次重复，有可能出现无法打开链接的错误，请多次尝试。将程序包安装入‘C:/Users/86132/Documents/R/win-library/4.1’(因为‘lib’没有被指定)

2023-12-06 09:44:53 9951 1

原创 R语言学习小记——seurat和matrix问题

可能是因为版本更新问题，最近很多包都会报错，一般选择将包进行降级解决问题。

2023-11-27 19:13:07 20744 4

原创 R语言学习之遇到内训分配问题

刚在跑DoubletFinder,寻找最优参数，但是报错。> #虽然分配了一个G，但其实远远比一个G内存需要的多。> #7877表示只有7.877MB的内存分配。错误: 无法分配大小为897.6 Mb的矢量。> #首先检查当前的内存限制。> #重新设置内存限制。于是学会修改分配内存。

2023-11-06 10:43:18 1769

原创 R语言学习小记之R包安装

Error in library(pkgbuild) : 不存在叫‘pkgbuild’这个名字的程辑包。但是此时我下载“DoubletFinder”包又报错。今天本来要安装“DoubletFinder”这个包。通过分析发现在加载过程中又有一条报错信息。经过调研发现，我没有加载maps包。于是我又重新下载fields包。于是我又安装了maps包。但是下载完加载发现报错。于是我改变了下载办法。重新下载加载仍然报错。

2023-11-06 10:30:39 5853

原创 R语言学习小记-factor函数

非数值型变量（类别变量和顺序变量）在R语言中称为因子，也称为因子型变量。因子型变量内的所有非重复值，被称为因子水平（levels）。为了与S兼容，还有一个函数是有序的。：可选向量，用来给各水平单独命名（也可理解为加标签），缺省时默认取levels的值；：可选向量，表示因子水平，并且指定了因子中水平的排序。当此参数缺省时，默认为x中包含的所有非重复值。：从x中剔除的水平值，默认为NA值。：逻辑值，因子水平是否有顺序（编码次序），若有取TRUE，默认取FALSE；：数据向量，也就是被转换成因子的向量；

2023-10-27 09:14:30 1522 1