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原创 免疫组库分析——scRepertoire
Morisita index:对一个细胞群中个体分散程度的一种生态测量,整合了细胞群的大小。#overlap coefficient:较小的样本中以独特的长度衡量克隆型的重叠性。#top.clones = 5,展示排名前5的克隆型在两个样本之间的对比情况。#查看克隆型的比例,按克隆型的出现频率进行排名。#查看不同克隆型在整个克隆空间内的相对丰度。#计算每个样本中克隆型的数据量或比值。#整合不同样本之间的tcr信息。#通过丰度查看克隆型的相对分布。#对比样本之间克隆型的动态变化。
2024-06-26 12:27:51 654
原创 R语言学习之-.xlsx格式数据读取
我将GO中的一个通路基因下载到xlsx中,但是基因有重复,手动去除比较麻烦,于是可以使用以下代码。#sheetName="Sheet1"表示读取的是Sheet1。#header = F表示不将第一行做为行名。这样可以方便后续做打分和基因集交集。
2024-03-04 13:31:10 449 1
原创 SCENIC报错
runGenie3(as.matrix(exprMat_filtered_log), scenicOptions)#最慢的是这一步。runCorrelation(exprMat_filtered, scenicOptions)#这一步特别慢。# Co-expression network,这个步骤特别慢,需要几个小时甚至几天。此时将R重启即可解决问题。
2024-01-31 09:28:26 495
原创 报错解决
raw_object = UpdateSeuratObject(object = raw_object)#更新数据结构即可查看。slotNames(raw_object)#查看slot。
2024-01-28 18:57:18 690
原创 TCR分析-R包安装
options(repos = c(CRAN = "https://cran.r-project.org/"))#注意变化,不同电脑不一样。
2024-01-28 18:54:45 419
原创 R语言学习小记——Cellchat包安装
因为安装过程要从GitHub进行安装,所以比较慢,可进行多次重复,有可能出现无法打开链接的错误,请多次尝试。将程序包安装入‘C:/Users/86132/Documents/R/win-library/4.1’(因为‘lib’没有被指定)
2023-12-06 09:44:53 2528 1
原创 R语言学习之遇到内训分配问题
刚在跑DoubletFinder,寻找最优参数,但是报错。> #虽然分配了一个G,但其实远远比一个G内存需要的多。> #7877表示只有7.877MB的内存分配。错误: 无法分配大小为897.6 Mb的矢量。> #首先检查当前的内存限制。> #重新设置内存限制。于是学会修改分配内存。
2023-11-06 10:43:18 1033
原创 R语言学习小记之R包安装
Error in library(pkgbuild) : 不存在叫‘pkgbuild’这个名字的程辑包。但是此时我下载“DoubletFinder”包又报错。今天本来要安装“DoubletFinder”这个包。通过分析发现在加载过程中又有一条报错信息。经过调研发现,我没有加载maps包。于是我又重新下载fields包。于是我又安装了maps包。但是下载完加载发现报错。于是我改变了下载办法。重新下载加载仍然报错。
2023-11-06 10:30:39 1044
原创 R语言学习小记-factor函数
非数值型变量(类别变量和顺序变量)在R语言中称为因子,也称为因子型变量。因子型变量内的所有非重复值,被称为因子水平(levels)。为了与S兼容,还有一个函数是有序的。:可选向量,用来给各水平单独命名(也可理解为加标签),缺省时默认取levels的值;:可选向量,表示因子水平,并且指定了因子中水平的排序。当此参数缺省时,默认为x中包含的所有非重复值。:从x中剔除的水平值,默认为NA值。:逻辑值,因子水平是否有顺序(编码次序),若有取TRUE,默认取FALSE;:数据向量,也就是被转换成因子的向量;
2023-10-27 09:14:30 352 1
原创 R语言学习小记——“DoubletFinder” is not available for this version of R
Error:解决方法:
2023-10-26 17:09:22 332
原创 R语言学习小记一SeuratData安装
Error:不存在叫“SeuratData”这个名字的程辑包。错误:安装“SeuratData”报错。这时包就可以成功加载了。
2023-10-26 16:58:45 1323
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