R语言之monocle报错

文章讲述了在使用R语言的CellDataSet函数时遇到的错误,原因是细胞数据集(cellData)和特征数据(featureData)的行名不一致。通过检查并调整行名,解决了这个问题。
摘要由CSDN通过智能技术生成

exp <- TA_cell_Young@assays[["RNA"]]@counts
fdata <- data.frame(gene_short_name = row.names(TA_cell_Young), row.names = row.names(TA_cell_Young))
pdata <- TA_cell_Young@meta.data
fd <- new("AnnotatedDataFrame", data = fdata)
pd <- new("AnnotatedDataFrame", data = pdata)
CDS <- newCellDataSet(cellData = exp,phenoData = pd,featureData = fd)

报错:

> CDS <- newCellDataSet(cellData = exp,phenoData = pd,featureData = fd)
Error in validObject(.Object) : 
  invalid class “CellDataSet” object: 1: feature numbers differ between assayData and featureData
invalid class “CellDataSet” object: 2: featureNames differ between assayData and featureData

报错解决:

identical(rownames(fd),rownames(exp))
exp<- exp[rownames(fd), ]

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