- 博客(4)
- 收藏
- 关注
RSS订阅原创 质体基因组组装质量评估
针对叶绿体基因组来说，由于反向重复区域的存在，可能使得组装构象错误，这种情况最好的方法就是找一个验证过构象的叶绿体基因组为参考，进行组装，具体可看前文。由于本人目前做的是动物线粒体基因组，因此不涉及构想错误问题，因此叶绿体基因组在本文中并不详细讲述，如有疑问可以与作者联系。随着质体基因组的发文量日益增多，对于组装与注释的要求也不断提高，在本文中，主要从碱基覆盖度角度来探究组装质量评估。如果在map前不知道成不成环，可以从序列开头粘一部分序列到结尾，如果在该处coverage有明显降低则表示没成环。
2024-12-12 21:30:38
439
原创 动物线粒体基因组组装基本流程——GetOrganelle
大多数动物线粒体基因组为双链环状DNA分子（J链和N链)。非孟德尔遗传，一般为母系遗传。也有部分为父系遗传，例如哺乳动物中绵羊。动物的线粒体基因组一般15～20 kb。线粒体是古老的具有自主复制和遗传能力的细胞器。重组是线粒体基因组进化的主要方式。动物线粒体基因组结构相对保守，基因排列紧凑，这些特点都跟植物叶绿体基因组相似。
2024-07-13 17:22:36
2427
原创 GC-depth分析
GC depth分布图可以看出测序是否有明显的GC偏向。如果存在样品污染，通常能够从GC含量分析中呈现出来，出现独立的序列簇。异常的GCdepth可能的原因：深度一半可能与动物的性染色体和高杂合有关，其它情况多为污染，例如GC高可能是细菌污染。下图为异常情况的图：下图为正常情况图：横坐标表示GC含量，纵坐标表示测 序深度，右方是contig覆盖深度分布，上方是GC含量分布，根据其GC分布 以及覆盖深度信息绘制散点图，其中红色的部分代表该散点图中点的 密度比较大的部分，用红色表示。
2024-07-12 11:33:14
2063
1
空空如也
空空如也
TA创建的收藏夹 TA关注的收藏夹
TA关注的人