动物线粒体基因组组装基本流程——GetOrganelle

一、线粒体基因组介绍

（一）基本介绍

大多数动物线粒体基因组为双链环状DNA分子（J链和N链)。非孟德尔遗传，一般为母系遗传。也有部分为父系遗传，例如哺乳动物中绵羊。动物的线粒体基因组一般15～20 kb。线粒体是古老的具有自主复制和遗传能力的细胞器。 重组是线粒体基因组进化的主要方式。动物线粒体基因组结构相对保守，基因排列紧凑，这些特点都跟植物叶绿体基因组相似。

图片引自《蝙蝠蛾鳞翅虫草Samsoniella hepiali模式菌株线粒体基因组系统发育分析》

（二）线粒体基因组的结构组成

基因组结构：双链编码基因(大多数动物通常包含13个编码蛋白质的基因）；rRNA和tRNA基因 。

动物：3′端有一段具有二级结构 的控制区（又称D一环区，displacement loop region）， 控制线粒体DNA 的复制和转录。这一区域多是串联重复序列，并在核DNA上有同源区。 它与转座、错配表达和线粒体基因组异质（heteroplasmy） 相关。

（三）生物学意义结构变异

进化关系的推断：通过同属/科/目物种线粒体基因组共有基因进行系统发育分析，得到整个种/属/科/ 目的进化情况

基因组重组和基因转移：线粒体基因组的结构变异可以涉及基因组重组和基因转移事件。这些事件 可以导致线粒体基因组的重塑和重组，从而在进化过程中产生新的线粒体基因组结构。

雄性不