质体基因组注释方法-1

随着二代测序的成本不断降低，植物叶绿体基因组与动物线粒体基因组的公布越来越广泛，也伴随着NCBI数据库等的数据审核更加严格。论文投稿返修难度也在不断增加，其实这种问题很大一部分是因为注释问题而导致。在本处将以植物叶绿体基因组为例，来介绍一种难度较低且准确程度较高的质体基因组注释方法。

大致流程：初步注释（植物叶绿体基因组在geseq网站中，动物线粒体基因组在mitos2中）→获得初步注释的gb文件（geseq可以直接获得，mitos需要用tbl或gff跟fa一起进行文件格式转变）→gb文件初步修正→转为sqn格式→在sequin软件中修正→导出为gb文件。在本文中，介绍gb文件初步修正及之前的步骤，在注释中切记gb文件初步修正十分重要。

一、geseq注释植物叶绿体基因组（初步注释）

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再往下滑还有一个trnascan-se，这个最好选上，对于trna注释的准确性非常重要

二、获得初步注释的gb文件

运行完成下载genbank文件

三、gb文件初步修正