搭建DICOM医学影像系统(OHIF+Orthanc+Nginx)

本文描述如下解决方案： 

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1. 搭建dicom影像系统
2.  编写dicom服务器的java接口
3. 更换orthanc的数据库，方便大量图像的应用
4. 把图片包装成dicom文件

后续要进一步了解的问题：

• dicom文件归档
• ohif解读
• orhanc与其他dicom服务的比较

搭建dicom影像系统

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（以上是官方的图）

我们就按图索骥，搭建服务

根据指南:Get Started | OHIF

一步步搭建OHIF服务：

有一点要修改：我不修改这个地方，加载图片好像有卡等现象？但也不是很肯定

 maximumFileSizeToCacheInBytes: 50 * 1024 * 1024

 位置如图： 

 下载Orthanc,运行服务，测试：

http://localhost:8042/app/explorer.html

 右上角有上传文件的按钮，上传相关文件。下面2个服务有时间都需要了解一下：

• DCM4CHEE
• Orthanc

文件的例子? 按这个网址去找：dicom文件例子

nginx配置：

	server{
		listen  8800;
		location  /dicom/studies  {
			proxy_pass http://127.0.0.1:8042/dicom-web/studies;
			proxy_set_header HOST $host;
			proxy_set_header X-Real-IP $remote_addr;
			rewrite /orthanc(.*) $1 break;
			add_header 'Access-Control-Allow-Credentials' 'true';
			add_header 'Access-Control-Allow-Headers' 'DNT,X-CustomHeader,Keep-Alive,User-Agent,X-Requested-With,If-Modified-Since,Cache-Control,Content-Type';
			add_header 'Access-Control-Allow-Methods' 'GET, POST, OPTIONS';
			add_header 'Access-Control-Allow-Origin' '*';
		}
		
		location  /wado  {
			proxy_pass http://localhost:8042/wado;
			proxy_set_header HOST $host;
			proxy_set_header X-Real-IP $remote_addr;
			rewrite /orthanc(.*) $1 break;
			add_header 'Access-Control-Allow-Credentials' 'true';
			add_header 'Access-Control-Allow-Headers' 'DNT,X-CustomHeader,Keep-Alive,User-Agent,X-Requested-With,If-Modified-Since,Cache-Control,Content-Type';
			add_header 'Access-Control-Allow-Methods' 'GET, POST, OPTIONS';
			add_header 'Access-Control-Allow-Origin' '*';
		}
	}

启动OHIF服务：dev:orthanc 

完毕！

总结：2个关键点：

一个是nginx配置：

一个是设置maximumFileSizeToCacheInBytes

接下来需要解决四个问题：

1 我们从设备上抓取的可能是图片，要把图片包装成dicom文件

2 另外 dicom文件上传Orthanc

OHIF本身提供一个生成器把图片包装成dicom(需要研究)

dicom文件上传Orthanc

3、项目当中集成这套服务体系

4、更换Orthanc的数据库服务器，应对大数据量的挑战

编写dicom服务器的java接口

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Orthanc文档中，用curl执行相关命令。

test:

C:\Users\xj>curl http://localhost:8042/patients/c9b0ff25-29a5faeb-269fa5e7-a3e9c99f-794ed755
{
   "ID" : "c9b0ff25-29a5faeb-269fa5e7-a3e9c99f-794ed755",
   "IsStable" : true,
   "LastUpdate" : "20221214T080756",
   "MainDicomTags" :
   {
      "PatientBirthDate" : "19990115",
      "PatientID" : "P00004787",
      "PatientName" : "LiuXinLu",
      "PatientSex" : "F"
   },
   "Studies" :
   [
      "175a50e8-e7e128c6-baa0df3e-7b38034f-372f3170"
   ],
   "Type" : "Patient"
}

测试上传dicom:

D:\temp>curl -X POST http://localhost:8042/instances --data-binary @2-32_1_00000C98.IMG
{
   "ID" : "7a2bd226-d679ea16-06f25ba2-e5dbcbcd-a4d6b6e8",
   "ParentPatient" : "c9b0ff25-29a5faeb-269fa5e7-a3e9c99f-794ed755",
   "ParentSeries" : "4bed12be-64764849-5985f66d-d73f9629-4a8beac2",
   "ParentStudy" : "175a50e8-e7e128c6-baa0df3e-7b38034f-372f3170",
   "Path" : "/instances/7a2bd226-d679ea16-06f25ba2-e5dbcbcd-a4d6b6e8",
   "Status" : "Success"
}
D:\temp>curl -X POST http://localhost:8042/instances --data-binary @2-33_1_00000C9E.IMG
{
   "ID" : "b97a3465-b4ba453d-5b558db1-9f50afe1-43cc38fe",
   "ParentPatient" : "c9b0ff25-29a5faeb-269fa5e7-a3e9c99f-794ed755",
   "ParentSeries" : "4bed12be-64764849-5985f66d-d73f9629-4a8beac2",
   "ParentStudy" : "175a50e8-e7e128c6-baa0df3e-7b38034f-372f3170",
   "Path" : "/instances/b97a3465-b4ba453d-5b558db1-9f50afe1-43cc38fe",
   "Status" : "Success"
}

绿色部分即为相应的内容。从响应内容可以看出：

parentPatient(parentSeries)、parentSeries、path(id) 三部分组成，这和DICOM模型是对应的。

用java代码实现：代码上传到了github上：

orthancAPIForJava: java 写的 操作orthanc代码

https://github.com/whcandle/orthancAPIForJava

目前，实现了orthanc文档上restful  API功能：

• postDcm
• getPatientInfos
• getStudies
• getSeries
• getInstances
• getPatient
• getStudy
• getSeries
• getInstance
• getSimpleTag
• getTag
• getDicomField
• getAllTag
• downInstance
• downInstancePng
• getInfoFromOrthanc
• getJsonFromOrthanc
• getValueFromOrthanc
• downInstanceFromOrthanc
• delete

根据标签查询的时候，要传标签编码：具体编码见：ps:DICOM的常用Tag分类和说明

Orthanc can send its DICOM instances to remote DICOM modalities (C-Store SCU).这个暂时没有实现，我们不存在影像归档一类的需求，需要的时候再实现它。

使用REST执行查Query/Retrieve 和 Find这一部分也暂时没有实现

使用PostgreSQL数据库 

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1. 安装 PostgreSQL，创建对应的数据库，我这里创建了orthanc_db数据库。
2. 修改配置文件
3. 重启服务

文档上说：

The Orthanc project provides two official plugins to replace the default storage area (on the filesystem) and the default SQLite index by a PostgreSQL database.

我们安装的是64位orthanc,所有的插件似乎已经自带，不用另外安装配套的插件

当然你必须创建PostgreSQL数据库，我创建的数据库如下图：

我只是更改了相关配置文件：

 最后重启服务即可！

按文档的描述，要说明插件位置，我没有说明好像也行：

另外,配置文件 lock属性，用于多个实例共享一个数据库的情况，我们用不着，就不管它了。

需要注意的是：

 一段时间不用，可能数据库连接报错！

解决办法是修改postgresql.conf  数据库端相应三个设置。

 ps:TCP KEEPALIVE FOR A BETTER POSTGRESQL EXPERIENCE【译】

PostgreSQL如何控制客户端连接超时

Java 如何把图片JPG转成Dicom文件

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ps:Java 如何把图片JPG转成Dicom文件

ps:对数据库表的理解：DICOM医学图像处理：深入剖析Orthanc的SQLite，了解WADO & RESTful API

Welcome to the Orthanc Book! — Orthanc Book documentation

欢迎阅读《Orthanc之书》! — Orthanc之书 documentation

ps:Get Started | OHIF