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RSS订阅原创 提取参考基因组某个位置的碱基
引言参考基因组是现代遗传学的基石，更是生物信息学研究的基础。不论你研究的是DNA、RNA，还是蛋白，你都无法避开参考基因组而进行你的研究。在生物信息分析过程中，参考基因组最常用的一个场景就是序列比对---将测序的read比对回参考基因组上。那么，如果我们想知道参考基因组某个位置或者某个区域的碱基序列，我们应该如何快速的解决这个问题呢？本文将介绍三种解决方案。参考基因组格式参考基因组通常...
2018-12-27 20:56:43
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转载 利用Python绘制韦恩图
写在前面 上一篇文章VCF文件的正确打开方式 介绍了如何利用python模块处理VCF文件，当时为什么要写这篇文章呢？主要是因为工作中需要比较两个VCF文件的共有和特有的突变位点，必然要做的事情就是VCF文件的解析，所以才有了上一篇文章。现在比较结果出来了，结果是一个表格，WTF，表格，也太low了吧，最主要是不直观啊！所以决定继续完善脚本，将输出的结果顺便画个图，直观明了。 懂你...
2018-12-15 17:27:26
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转载 利用PyVCF模块处理VCF文件
利用PyVCF模块处理VCF文件转载自：微信公众号 生信说欢迎大家扫码关注 工欲善其事，必先利其器。VCF，全称Variant Call Format，是生物信息学领域最常用的遗传突变存储格式。对VCF格式中遗传突变信息的挖掘是分析DNA突变的基础。本文将带你探究如何使用python的PyVCF模块解析VCF文件。 VC...
2018-12-09 18:13:02
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空空如也
空空如也
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