R语言入门

读取TCGA上的tsv文件，以及查看疾病病理类型

1.readr包

> library(readr)   #调用readr包
> read_tsv("pcawg.tsv")     #读取名为pcawg.tsv的文件

注意：文件要放在工作目录下

工作目录查询

> getwd()
[1] "C:/Users/Yu/Documents/R"

改变工作目录

> setwd("C:/Users/Yu/Documents/R")

注意：双引号和分隔符方向"/"

2.read.table函数

mydata<-read.table("pcawg.tsv",sep="",fill = T)  #fill是为了把空值填充，以免报错，但是sep把数据分隔错了，还不知道怎么解决这个问题。well

如图

 查看文件长度length=4，将tumour_histological_type赋值给histype，再做分类的分析

分类分析，使用table（）函数

>fre<-table(histype)  #分类
> fre

 转换为数据框data.frame

> fre2<-data.frame(fre)
> fre2

查看数据框的长宽

> dim(fre2)
[1] 78  2
> length(fre2)
[1] 2