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RSS订阅原创 自学笔记（自用）
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2021-11-02 21:02:48
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原创 基因家族分析⑦：用MEME查询基因家族的motif
MEME官网：https://meme-suite.org/meme/点击页面下方的search就行。
2021-07-22 19:34:38
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原创 基因家族分析⑥：用TBTOOLS画出基因在染色体上的分布图
准备文件：装有基因ID的TXT文件基因组的GFF3文件TBTOOLS工具打开TBTOOLS：点击START得到如图的结果：
2021-07-22 19:30:38
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原创 TBTOOLS的使用：用TBTOOLS实现多序列比对
打开TBTOOLS，点击Blast，按照图示，选择TWO Sequence Files输出格式选择Table，更方便获取序列ID点击Start，开始运行！得到图示结果！
2021-07-20 21:56:24
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原创 基因家族分析⑤：进化树构建
在④中，我们已经得到了甘蓝中的几丁质酶基因家族序列，用任意一个序列在NCBI上对拟南芥数据库进行BlastP，在EnsemblPlants数据库中对白菜数据库进行BlastP（http://plants.ensembl.org/Brassica_rapa/Info/Index），对得到的序列ID进行优化，白菜的蛋白ID改成该蛋白对应的基因ID，如Bra022475；拟南芥的蛋白ID，改成其TAIR上的基因格式，例如AT2G43600；将得到的拟南芥、白菜、甘蓝几丁质酶基因家族蛋白序列，合并在一个文档中.
2021-07-20 21:38:17
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原创 基因家族分析④：Batch-CD-Search
将linux下使用hmmsearch得到的out文件，用excel打开，得到其蛋白序列：用TBTOOLS，根据序列ID，提取这些序列：如此，我们便能初步得到目的基因家族的序列接下来进行结构域分析打开NCBI——CDD——batch—CD—search输入刚刚提取得到的蛋白序列，点击Browse result，全选序列：再点击show selected queries，查看蛋白结构域将不含有目的基因家族结构域的蛋白删除，最后得到的蛋白...
2021-07-20 21:09:08
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原创 基因家族分析③：linux下hmmer的安装与使用
hmmer从官网下载最新版：http://www.hmmer.org/通过filezilla上传到linux系统中。用mv命令将其放置在固定位置，我一般是~/appgz文件用gunzip解压，tar文件用tar -xf 命令解压cd hmmer-3.3.2./configuremakemake check完成安装接下来需要修改调用命令，使得在任何地方都能调用hmmer软件。笔者使用的是集群服务器，没有root权限，因此修改.bash_profile文件vim .b
2021-07-19 23:07:07
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原创 基因家族分析②：linux下blast的安装和使用
下载ncbi的linux安装包：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/通过filezilla将其导入linux环境。解压及安装：https://www.dazhuanlan.com/2019/12/05/5de87bbd83b14/
2021-07-16 10:09:14
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原创 linux：用户修改密码方法
今天终于拿到心心念念的服务器账号了，拿到密码的同时被告知需要改密码，输入passwd后，得到如下结果：passwd: Authentication token manipulation error按照搜到的方法，做出如下解决：一、首先lsattr /etc/passwd /etc/shadow，检查是否有i属性，如果有i属性，则文件无法修改删除。删除+i权限，chattr -i /etc/passwd /etc/shadow二、然后ll /usr/bin/passwd，看看此文件权限是否正
2021-07-16 09:29:47
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原创 基因家族分析①：甘蓝生物信息学分析材料储备
甘蓝基因组数据库brad：http://brassicadb.cn/#/ 由中国农业科学院蔬菜花卉研究所王晓武实验室负责。拟南芥基因组数据库TAIR：https://www.arabidopsis.org/
2021-07-15 14:56:37
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空空如也
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