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原创 真菌基因组聚类分析

真菌和细菌基因组聚类分析

2023-02-04 23:47:50 1501 1

原创 自学笔记(自用)

python解释器下载地址:Python Release Python 3.8.1 | Python.orgpycharm安装地址及教程:PyCharm 安装教程(Windows) | 菜鸟教程

2021-11-02 21:02:48 157

原创 基因家族分析⑦:用MEME查询基因家族的motif

MEME官网:https://meme-suite.org/meme/点击页面下方的search就行。

2021-07-22 19:34:38 1681

原创 基因家族分析⑥:用TBTOOLS画出基因在染色体上的分布图

准备文件:装有基因ID的TXT文件基因组的GFF3文件TBTOOLS工具打开TBTOOLS:点击START得到如图的结果:

2021-07-22 19:30:38 18321 7

原创 TBTOOLS的使用:用TBTOOLS实现多序列比对

打开TBTOOLS,点击Blast,按照图示,选择TWO Sequence Files输出格式选择Table,更方便获取序列ID点击Start,开始运行!得到图示结果!

2021-07-20 21:56:24 22157

原创 基因家族分析⑤:进化树构建

在④中,我们已经得到了甘蓝中的几丁质酶基因家族序列,用任意一个序列在NCBI上对拟南芥数据库进行BlastP,在EnsemblPlants数据库中对白菜数据库进行BlastP(http://plants.ensembl.org/Brassica_rapa/Info/Index),对得到的序列ID进行优化,白菜的蛋白ID改成该蛋白对应的基因ID,如Bra022475;拟南芥的蛋白ID,改成其TAIR上的基因格式,例如AT2G43600;将得到的拟南芥、白菜、甘蓝几丁质酶基因家族蛋白序列,合并在一个文档中.

2021-07-20 21:38:17 4646

原创 基因家族分析④:Batch-CD-Search

将linux下使用hmmsearch得到的out文件,用excel打开,得到其蛋白序列:用TBTOOLS,根据序列ID,提取这些序列:如此,我们便能初步得到目的基因家族的序列接下来进行结构域分析打开NCBI——CDD——batch—CD—search输入刚刚提取得到的蛋白序列,点击Browse result,全选序列:再点击show selected queries,查看蛋白结构域将不含有目的基因家族结构域的蛋白删除,最后得到的蛋白...

2021-07-20 21:09:08 4718 1

原创 基因家族分析③:linux下hmmer的安装与使用

hmmer从官网下载最新版:http://www.hmmer.org/通过filezilla上传到linux系统中。用mv命令将其放置在固定位置,我一般是~/appgz文件用gunzip解压,tar文件用tar -xf 命令解压cd hmmer-3.3.2./configuremakemake check完成安装接下来需要修改调用命令,使得在任何地方都能调用hmmer软件。笔者使用的是集群服务器,没有root权限,因此修改.bash_profile文件vim .b

2021-07-19 23:07:07 8066

原创 基因家族分析②:linux下blast的安装和使用

下载ncbi的linux安装包:https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/通过filezilla将其导入linux环境。解压及安装:https://www.dazhuanlan.com/2019/12/05/5de87bbd83b14/

2021-07-16 10:09:14 1171

原创 linux:用户修改密码方法

今天终于拿到心心念念的服务器账号了,拿到密码的同时被告知需要改密码,输入passwd后,得到如下结果:passwd: Authentication token manipulation error按照搜到的方法,做出如下解决:一、首先lsattr /etc/passwd /etc/shadow,检查是否有i属性,如果有i属性,则文件无法修改删除。删除+i权限,chattr -i /etc/passwd /etc/shadow二、然后ll /usr/bin/passwd,看看此文件权限是否正

2021-07-16 09:29:47 1759

原创 基因家族分析①:甘蓝生物信息学分析材料储备

甘蓝基因组数据库brad:http://brassicadb.cn/#/ 由中国农业科学院蔬菜花卉研究所王晓武实验室负责。拟南芥基因组数据库TAIR:https://www.arabidopsis.org/

2021-07-15 14:56:37 888 1

linux系统下Signalp3.0安装包

linux系统下Signalp3.0安装包

2023-03-22

空空如也

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