hmmer从官网下载最新版:HMMER
通过filezilla上传到linux系统中。
用mv命令将其放置在固定位置,我一般是~/app
gz文件用gunzip解压,tar文件用tar -xf 命令解压
cd hmmer-3.3.2
./configure
make
make check
完成安装
接下来需要修改调用命令,使得在任何地方都能调用hmmer软件。
笔者使用的是集群服务器,没有root权限,因此修改.bash_profile文件
vim .bash_profile
加上刚刚安装的软件路径即可:
PATH=$PATH:HOME/app/hmmer
hmmer的使用:
hmmbuild A.hmm genefamily_seed.txt #以某个基因家族的种子文件作为索引,获得hmm文件
hmmsearch --domtblout A.out A.hmm genome_pep.fa #在某个物种中,上一步获取得到的hmm文件为索引,搜寻基因家族成员,以A.out的结果输出。
种子文件在pfam中下载:
得到的stockholm文件即为种子文件。
最近Pfam合并到interpro中了,那么怎么找我们想要的结构域的种子文件呢?
打开Interpro
点击search--by text,然后舒服结构域的pfam号:
点击curation,就可以下载.hmm文件啦