基因家族分析③：linux下hmmer的安装与使用

hmmer从官网下载最新版：HMMER

通过filezilla上传到linux系统中。

用mv命令将其放置在固定位置，我一般是~/app

gz文件用gunzip解压，tar文件用tar -xf 命令解压

cd hmmer-3.3.2

./configure

make

make check

完成安装

接下来需要修改调用命令，使得在任何地方都能调用hmmer软件。

笔者使用的是集群服务器，没有root权限，因此修改.bash_profile文件

vim .bash_profile 

加上刚刚安装的软件路径即可：

PATH=$PATH:HOME/app/hmmer

hmmer的使用：

hmmbuild A.hmm genefamily_seed.txt     #以某个基因家族的种子文件作为索引，获得hmm文件
hmmsearch --domtblout A.out A.hmm genome_pep.fa   #在某个物种中，上一步获取得到的hmm文件为索引，搜寻基因家族成员，以A.out的结果输出。

 种子文件在pfam中下载：

 得到的stockholm文件即为种子文件。

最近Pfam合并到interpro中了，那么怎么找我们想要的结构域的种子文件呢？

打开Interpro

点击search--by text，然后舒服结构域的pfam号：

点击curation，就可以下载.hmm文件啦