(课程完结)《生物信息学：导论与方法》--研究案例2-DNA甲基化酶的演化功能分析--听课笔记（二十四）

第十二章  研究案例2-DNA甲基化酶的演化功能分析

12.1 从干实验到湿实验----一个演化问题 第1部分

• 在演化中，我们通常将同源基因根据其来源，进一步划分为直系同源基因(orthologs)和旁系同源基因(paralogs)。
• 直系同源基因是由物种分化事件(speciation)产生的，而后者则是由基因复制(gene duplication)的产物。所以父母和子女是直系亲属，兄弟姐妹是旁系亲属。哈哈
• 不同物种之间的直系同源基因功能比较类似，这是可以用模式生物来研究人类生物学问题的基础。
• 由基因复制事件产生的旁系同源基因，则往往具有不同的功能。这是因为复制基因之间会随着时间的演进发生序列变异，进而产生功能上的分化，并最终形成新的基因。
• 研究复制基因序列变异与功能分化之间的关系，不但有助于弄清基因中不同残基的生物学功能，为后续的功能研究乃至工程改造提供基础；也为理解新基因的起源机制等演化生物学的关键问题提供了重要线索。
• 从形态学上看，生物的早期发育是非常保守的，不同物种之间的胚胎在形态和大体结构上均存在着较为明显的相似性。
• 首先需要通过对多个物种的比较，来找到不同物种之间的复制基因。
• 然后进一步利用表达数据来筛选参与早期发育的复制基因。
• 接下来根据功能注释来筛选发生了功能分化的复制基因。

12.2 裴钢教授关于研究背景的介绍

• 裴钢教授：生物化学和细胞生物学领域著名学者，中科院院士，同济大学校长
• 细胞信号转导是非常重要的，整个细胞或者机体能够接受外界信号以后，能够对外界的环境作出适当的反应，这是任何一个生物都必须具备的基本能力。
• 这些反应需要细胞信号转导，细胞信号转导传到细胞之内就可以产生一些变化，这些变化有一些快的变化，同时还有一些时间比较长的长期变化，这些长期变化往往会导致基因表达的改变。
• 细胞信号传导导致基因表达的改变，导致长时程的生物学变化，是我们关注这个问题的非常重要的一个原因。
• 假说：细胞信号转导导致长时程的生物学功能的改变，必然涉及到一个生物学上最重要的一个现象，即表观遗传学的现象。
• 表观遗传学现象：在DNA序列不改变的情况下，每个细胞，每个人（如果一个人具有同一个基因组的话，那么这个人身上大概有200多种细胞），每种细胞的基因组的表达是不一样的，为什么会有这样的差别？这就是表观基因组或者表观遗传学的现象。
• 表观遗传学现象能造成不同组织，不同器官的特异的功能，所以表观遗传学或表观基因组学是把基因组和它的各种不同的功能联系起来。
• 理论假说：细胞信号转导的信号通路接受细胞外的信号导致细胞的功能改变，可能会通过表观遗传学的机制。
• 表观遗传学是通过对DNA的修饰，以及对于整个细胞核，对于histone(组蛋白)的修饰来完成的。
• DNA甲基化：DNA的碱基上接了一个小小的甲基基团，这个甲基基团虽然不能完全地阻碍基因的表达，类似于汽车的减速带，对于调控基因表达是至关重要的。DNA甲基化酶负责给DNA的碱基接甲基基团。
• DNA甲基化酶是一个全部生物都有的普遍现象，所以所有的生物都有甲基化酶，但酶的种类不一样，它的氨基酸也不尽相同。
• 生物学中心法则：DNA一定要能转录成RNA，RNA一定要被翻译成蛋白质，蛋白质是实现生命功能的基本单位，但现在看来RNA也有行使功能。
• 蛋白质是组成生物物质结构的基本框架；蛋白质是组成细胞膜的一个最重要的成分，细胞膜是把细胞内和细胞外的环境相对隔离的一个很重要的结构。
• 细胞膜上的蛋白跟别的蛋白有一个不一样的地方，它必须有一个在膜上能够停留一个特殊的序列。
• 蛋白质还是作为一个行使信号转导的分子，信号转导的分子能够把细胞外的信号传送到细胞内。
• 所有细胞的代谢，维持新陈代谢的功能，如何能使用这些能量。需要蛋白质。。。
• 细胞自我更新和繁衍也需要蛋白质。
• 任何一个蛋白质，起到重要功能的位点是有限的。
• 判断蛋白重要的功能，就是在进化过程中会产生突变。突变的时候，如果突变到一个不重要的氨基酸的话，它的突变就是保留下来。如果突变到非常重要的氨基酸，导致这个蛋白的功能的改变和丧失，这样的突变除非是非常有益的突变，否则这个突变不会被保留下来。
• 从理论上来说，生物信息学可以通过进化上保守序列的保守性的分析，发现所有保守的序列，保守的蛋白质可能都是重要的有功能的。
• 生物信息学在发现新的模式、新的假说的时候相当于一个重要的地图。

12.3 从干实验到湿实验----一个演化问题 第2部分

• 相关成果发表了论文，可以去查看。
• 生物信息学就是要利用计算的方法与手段，开发新技术，发现新现象，总结新规律，来最终回答生物学问题。

12.4 裴钢教授访谈

• 有教无类，因材施教。
• 生物信息学对于数学要有很好的了解，对于一些具体的算法、特定的算法的掌握和应用是非常重要的。对生物信息学的知识要更加的理解，因为生物信息学可能是广泛的生物学问题。
• 科学研究的基本功，另外一定要有一个兴趣和爱好。
• 大学真正的功能不是靠课堂，而是靠community。所以网课不会让大学消失。

12.7 学生课堂报告----Computer simulation of protein folding

• 论文作者因“发展多尺度模型研究复杂化学体系”上做出的贡献获诺贝尔奖。
• 在早期的研究中，分析蛋白质结构的方法主要为X-射线衍射技术和核磁共振波谱法。
• 现在人们将研究的重点从蛋白质结构研究逐渐转向功能研究。
• 经典物理+量子力学理论=多尺度模型，可用来分析庞大复杂的化学反应系统。