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转载 shell练习题：使用for循环批量修改文件扩展名

说明：（1）在linux下批量修改文件名，将下图所示命令中的"_linux"去掉。（2）使用for循环脚本。思路：本题的基本解题思路，先进行单个文件的改名，然后再用循环实现批量改名，这是比较常规的做法，也可以用rename专业改名工具。方法一：说明：使用cut、sed工具脚本如下：#!/bin/bashcd /testfor i in `ls|grep .*.jpg`do mv ...

2018-02-06 17:13:09 4324

原创 Linux中如何批量修改文件名

修改文件名mvrenamefor循环mv命令man mv ==> mv -move(rename) files 移动或重命名文件,mv [path/]oldfilename [path/]newfilename“mv命令只能对单个文件重命名”将 a 重命名为 b 文件mv a brename命令rename

2018-02-06 16:11:50 5802 1

转载 Fasta序列格式

原文：http://blog.csdn.net/shmilyringpull/article/details/7102326fasta序列格式是blast组织数据的基本格式，无论是数据库还是查询序列，大多数情况都使用fasta序列格式，所以首先对fasta格式在做详细说明。下面是一个来源于NCBI的fasta格式序列：[html] view plain c

2018-02-05 11:11:30 12536

转载生物信息学常用软件—2（PCR引物设计及相关软件使用）

原文：http://blog.csdn.net/shmilyringpull/article/details/7342277lPCR引物设计及相关软件使用主要内容1、背景2、PCR引物设计原则3、常用PCR引物设计软件4、Primer Premier 5.0 介绍5、Oligo 6.44介绍6、在线Primer3 介绍

2018-02-05 11:03:00 7173

转载生物信息学资料1，常用软件，酶切位点分析

原文：http://blog.csdn.net/shmilyringpull/article/details/7342246生物信息学资料1，常用软件，酶切位点分析一、生物信息学软件简介（一）分类•单机分析软件，如：winplas•在线分析软件，如：webcutter•生物学数据库，如：NCBI, DDBJ, EBI（二）意义1.分

2018-02-05 10:58:37 13994

转载 sam/bam格式说明

在生物信息学中尤其是高通量测序数据分析中，大部分的操作都是在实现短片段序列与参考序列的比对（mapping），比如bowtie等，这就涉及到如何使用一个统一的格式来表示这种mapping结果呢，sam（Sequence Alignment/Map）格式就是来解决这个问题的。sam文件拥有头部描述和详细比对两部分，其中头部描述是以@开头，后面紧跟两个缩写字母表示相应的含义。

2018-02-05 10:48:16 21386

转载 samtools flags 的含义

原文：https://www.cnblogs.com/xudongliang/p/5437850.htmlsamtools flags 的含义对于双端比对的数据，生成的BAM文件中，R1端序列和R2端序列的标识符是一样的，之前一直不知道如何根据bam文件区分哪条序列是R1端，哪条序列是R2端，昨天仔细研究了一下，原来代表R1端和R2端的信息都存储在flag中，即bam文件的第二列；

2018-02-05 10:23:04 3054

转载 BED 文件格式

原文：http://blog.csdn.net/biubiuv/article/details/40348135BED 文件格式 BED 文件格式提供了一种灵活的方式来定义的数据行，以用来描述注释信息，用于展示序列注释信息。 BED行有3个必须的列和9个额外可选的列。以tab隔开。每行的数据格式要求一致。必须包含的3列： 1. c

2018-02-05 10:12:12 2439

转载基因组数据注释常用的文件-Bed文件和GFF文件

原文：http://blog.sina.com.cn/s/blog_80572f5d0102x5m7.htmlgenomic features通常使用Browser Extensible Data (BED) 或者 General Feature Format (GFF)文件表示，用UCSC Genome Browser进行可视化比较。Bed文件和GFF文件

2018-02-05 09:54:00 12772

转载生物基因数据文件——vcf格式详解

转载于：http://www.cnblogs.com/emanlee/p/4562064.html 　　　　http://www.bbioo.com/lifesciences/40-112830-1.html原文：http://blog.csdn.net/u012150360/article/details/706662131.什么是vcf文件VCF是用于描述SNP（单

2018-02-05 09:45:43 3176

原文：http://blog.csdn.net/u012150360/article/details/70556186转载于：http://ju.outofmemory.cn/entry/193943部分参考：百度百科、博耘生物 http://blog.csdn.net/huyongfeijoe/article/details/51613827###;前言　　在各个行业都是有行业标准的，这样才能...

2018-02-05 09:30:51 3005

原创 [整理]生物信息相关blog

1、博耕生物 http://boyun.sh.cn/bio/2、rabbit gao's blog http://www.iwhgao.com/3、铁汉1990 http://blog.sina.com.cn/tiehan19904、铁汉2 http://qinqianshan.com/5、【微笑】铁汉3 http://118.31

2018-02-02 14:20:43 695

原创学习Linux常用命令网站链接整理[持续]

1、 Linux命令大全 http://man.linuxde.net/Linux命令大全完整版 http://blog.csdn.net/first_starrysky/article/details/745741072、生物信息学(BioInfo) - Linux 常用操作 - CSDN博客 http://blog.csdn.net/qimaoryan/article/

2018-02-02 13:57:29 610

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