vtk读取.dcm文件(医学影像文件)

VTK读取dcm文件(医学影像文件)的一个核心的知识点就是,窗宽窗位。
知识点:
窗宽/窗位的概念
窗宽是图像显示的灰度范围。一般显示器的灰度范围为256级,而医学图像的灰度范围则远远大于该范围,因此通过显示器显示时不能显示所有灰度级,需要使用窗宽来定义欲显示的灰度范围。灰度值高于该范围的最大值时:白影。低于:黑影。比如,窗宽200,窗位100,则可视范围:0-200;窗位500,可视范围:400-600
在这里插入图片描述

	QDialog *dlg = new QDialog();
	dlg->resize(600, 600);
	vtkSmartPointer<vtkImageViewer2> imageView = vtkSmartPointer<vtkImageViewer2>::New();
	vtkSmartPointer<vtkRenderer> render = vtkSmartPointer<vtkRenderer>::New();
	vtkSmartPointer<vtkGenericOpenGLRenderWindow> renderwindow = 
		vtkSmartPointer<vtkGenericOpenGLRenderWindow>::New();
	QVTKOpenGLWidget *vtkWidget = new QVTKOpenGLWidget(dlg);
	vtkWidget->resize(600, 600);
	vtkWidget->SetRenderWindow(renderwindow);
	vtkWidget->GetRenderWindow()->AddRenderer(render);

	vtkSmartPointer<vtkDICOMImageReader> reader = vtkSmartPointer<vtkDICOMImageReader>::New();
	reader->SetFileName("C:\\Users\\admin\\Desktop\\VTK\\0000.dcm");
	reader->Update();

	imageView->SetInputConnection(reader->GetOutputPort());

	imageView->SetRenderWindow(vtkWidget->GetRenderWindow());
	imageView->SetRenderer(render);
	imageView->SetupInteractor(vtkWidget->GetRenderWindow()->GetInteractor());
	imageView->SetColorLevel(11414);  //核心部分,如果不设置的话。可能会出现白色或者黑色
	imageView->SetColorWindow(21822);
	qDebug() << "colorLevel : "<<imageView->GetColorLevel()<<"  colorWindow:"<<imageView->GetColorWindow();
	render->ResetCamera();
	render->DrawOn();
	vtkWidget->GetRenderWindow()->Render();

在这里插入图片描述

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以下是一个示例代码,可以使用PyQt和VTK读取指定的.dcm文件,将其转换为.nii.gz文件,并进行三维可视化: ```python import vtk import numpy as np import SimpleITK as sitk from PyQt5.QtWidgets import QApplication, QMainWindow, QFileDialog, QWidget, QVBoxLayout from vtk.qt.QVTKRenderWindowInteractor import QVTKRenderWindowInteractor class MainWindow(QMainWindow): def __init__(self): super().__init__() self.setWindowTitle("DICOM to NIFTI Converter and Viewer") self.setGeometry(100, 100, 800, 600) self.central_widget = QWidget(self) self.setCentralWidget(self.central_widget) self.vtk_widget = QVTKRenderWindowInteractor(self.central_widget) self.layout = QVBoxLayout(self.central_widget) self.layout.addWidget(self.vtk_widget) self.reader = vtk.vtkDICOMImageReader() self.renderer = vtk.vtkRenderer() self.vtk_widget.GetRenderWindow().AddRenderer(self.renderer) self.renWin = self.vtk_widget.GetRenderWindow() self.interactor = self.renWin.GetInteractor() self.interactor.SetInteractorStyle(vtk.vtkInteractorStyleTrackballCamera()) self.interactor.SetRenderWindow(self.renWin) self.file_dialog = QFileDialog(self.central_widget) self.file_dialog.setNameFilter("DICOM files (*.dcm)") self.file_dialog.fileSelected.connect(self.load_dicom) self.menu_bar = self.menuBar() self.file_menu = self.menu_bar.addMenu("File") self.open_file_action = self.file_menu.addAction("Open DICOM file") self.open_file_action.triggered.connect(self.file_dialog.exec_) self.convert_to_nifti_action = self.file_menu.addAction("Convert to NIFTI") self.convert_to_nifti_action.triggered.connect(self.convert_to_nifti) def load_dicom(self, filename): self.reader.SetDirectoryName(filename) self.reader.Update() image_data = self.reader.GetOutput() extent = image_data.GetExtent() mapper = vtk.vtkFixedPointVolumeRayCastMapper() mapper.SetInputData(image_data) volume = vtk.vtkVolume() volume.SetMapper(mapper) self.renderer.AddVolume(volume) self.renderer.ResetCamera() self.renWin.Render() def convert_to_nifti(self): filename, _ = self.file_dialog.getSaveFileName(self.central_widget, "Save NIFTI file", "", "NIFTI files (*.nii.gz)") if filename: image_data = self.reader.GetOutput() array = vtk.util.numpy_support.vtk_to_numpy(image_data.GetPointData().GetScalars()) array = np.reshape(array, image_data.GetDimensions(), order='F') sitk_image = sitk.GetImageFromArray(array) sitk_image.SetSpacing(image_data.GetSpacing()) sitk_image.SetOrigin(image_data.GetOrigin()) sitk_image.SetDirection(image_data.GetDirection()) sitk.WriteImage(sitk_image, filename) print("Converted to NIFTI:", filename) if __name__ == "__main__": app = QApplication([]) window = MainWindow() window.show() app.exec_() ``` 运行此代码后,将打开一个具有菜单栏的窗口。单击“文件”菜单中的“打开DICOM文件”选项,选择要加载的.dcm文件。加载DICOM文件后,将在窗口中显示三维可视化。单击“文件”菜单中的“转换为NIFTI”选项,选择要将DICOM文件转换为的.nii.gz文件的路径。转换完成后,将在控制台中显示“已转换为NIFTI:”和文件路径。
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