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RSS订阅原创 AlphaFold2的思路总结（十五）
2021SC@SDUSC这学期的代码分析工作接近尾声了，我想宏观总结一下AlphaFold2的总体思路
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原创 AlphaFold2代码阅读（十四）
2021SC@SDUSC前言：这一篇让我们看看folding.pyInvariantPointAttentionclass InvariantPointAttention(hk.Module): def __init__(self, config, global_config, dist_epsilon=1e-8, name='invariant_point_attentio
2021-12-26 11:57:29
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原创 AlphaFold2代码阅读（十三）
2021SC@SDUSC前言：接着上一篇继续阅读atom37_to_torsion_anglesdef atom37_to_torsion_angles( aatype: jnp.ndarray, # (B, N) all_atom_pos: jnp.ndarray, # (B, N, 37, 3) all_atom_mask: jnp.ndarray, # (B, N, 37) placeholder_for_undefined=False,) ->
2021-12-25 21:01:32
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原创 AlphaFold2代码阅读（十二）
2021SC@SDUSC前言：接下来阅读all_atom.py，因为这里有非常重要的一个函数def frame_aligned_point_error( pred_frames: r3.Rigids, # shape (num_frames) target_frames: r3.Rigids, # shape (num_frames) frames_mask: jnp.ndarray, # shape (num_frames) pred_positions: r
2021-12-25 17:21:58
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原创 AlphaFold2新知识学习（十一）
2021SC@SDUSC文章目录一、什么是欧几里得距离二、欧氏距离应用三、曼哈顿距离四、切比雪夫距离五、明氏距离五、马氏距离前言：前段时间看了AlphaFold2论文中的算法22，遇到了一个词“欧几里得距离”，下面就让我们一起看一下什么是欧几里得距离吧，顺便再了解一下还有什么其他的距离。一、什么是欧几里得距离 在数学中，欧几里得距离或欧几里得度量是欧几里得空间中两点间“普通”（即直线）距离。使用这个距离，欧氏空间成为度量空间。相关联的范数称为欧几里得范数。较早的文献称之为毕达哥拉斯度量。在欧
2021-12-25 15:41:17
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原创 AlphaFold2探讨（十）
2021SC@SDUSC今天看了很多关于关于AlphaFold2的文章，就来简单写写AlphaFold2带来的巨大影响一、计算生物学的新挑战 新算法将用于预测任何已测序生物的结构化蛋白质组。此类预测可能有助于特定科学项目的设计，但它们也将加速药物发现并促进生物技术应用。大规模预测可能还会导致一种新型的比较结构蛋白质组学，据推测，这将导致新的发现。然而，这些发展要求计算生物学家与实验界保持密切联系。 在不久的将来，应该探索机器学习来预测蛋白质-核酸复合物的结构，这是 AlphaFold2 和
2021-12-16 21:34:04
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原创 AlphaFold2代码阅读（九）
2021SC@SDUSC写下前面:之前是在Google Colab中运行的简化版本的代码，今天看一下AlphaFold2源码中写的运行程序一、运行 AlphaFold运行 AlphaFold 的最简单方法是使用提供的 Docker 脚本。这是在 Google Cloud 上使用nvidia-gpu-cloud-image 具有 12 个 vCPU、85 GB 内存、100 GB 启动磁盘、额外 3 TB 磁盘上的数据库和 A100 GPU 的机器进行测试的。1.克隆这个存储库并cd放入其中。g
2021-12-11 12:54:59
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原创 AlphaFold2代码阅读（八）
2021SC@SDUSC1、class OuterProductMeanclass OuterProductMean(hk.Module): def __init__(self, config, global_config, num_output_channel, name='outer_product_mean'): super().__init__(name=name
2021-12-04 18:40:42
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原创 AlphaFold2代码阅读（七）
2021SC@SDUSCclass TriangleMultiplicationclass TriangleMultiplication(hk.Module): def __init__(self, config, global_config, name='triangle_multiplication'): super().__init__(name=name) self.config = config self.global_config = global_confi
2021-11-27 14:58:55
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原创 AlphaFold2代码阅读（六）
2021SC@SDUSC文章目录前言一、pandas是什么？二、使用步骤1.引入库2.读入数据总结前言提示：这里可以添加本文要记录的大概内容：例如：随着人工智能的不断发展，机器学习这门技术也越来越重要，很多人都开启了学习机器学习，本文就介绍了机器学习的基础内容。提示：以下是本篇文章正文内容，下面案例可供参考一、pandas是什么？示例：pandas 是基于NumPy 的一种工具，该工具是为了解决数据分析任务而创建的。二、使用步骤1.引入库代码如下（示例）：import numpy
2021-11-21 17:21:43
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原创 AlphaFold2代码阅读（五）
2021SC@SDUSCclass TemplatePairStackclass TemplatePairStack(hk.Module) def __init__(self, config, global_config, name='template_pair_stack'): super().__init__(name=name) self.config = config self.global_config = global_config def __call
2021-11-14 10:44:05
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原创 AlphaFold2代码阅读（四）
2021SC@SDUSCclass EmbeddingsAndEvoformerclass EmbeddingsAndEvoformer(hk.Module): def __init__(self, config, global_config, name='evoformer'): super().__init__(name=name) self.config = config self.global_config = global_config def __ca
2021-11-05 17:57:29
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原创 AlphaFold2代码阅读（三）
2021SC@SDUSC前言看了Evoformer的代码，一如既往地晦涩难懂，所以在看代码的同时阅读了论文，果然感觉好了很多。一、class EvoformerIteration1.代码class EvoformerIteration(hk.Module): def __init__(self, config, global_config, is_extra_msa, name='evoformer_iteration'): super().__i
2021-10-31 20:10:15
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原创 AlphaFold2代码阅读（二）
2021SC@SDUSC文章目录前言一、pandas是什么？二、使用步骤1.引入库2.读入数据总结前言提示：这里可以添加本文要记录的大概内容：例如：随着人工智能的不断发展，机器学习这门技术也越来越重要，很多人都开启了学习机器学习，本文就介绍了机器学习的基础内容。提示：以下是本篇文章正文内容，下面案例可供参考一、pandas是什么？示例：pandas 是基于NumPy 的一种工具，该工具是为了解决数据分析任务而创建的。二、使用步骤1.引入库代码如下（示例）：import numpy
2021-10-23 17:25:16
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原创 AlphaFold2代码阅读（一）
文章目录前言一、各种import1、代码2、解析二、softmax_cross_entropy函数1、代码2、解析三、sigmoid_cross_entropy函数1、代码2、解析四、create_extra_msa_feature函数1、代码2、解析五、AlphaFoldIteration类前言 AlphaFold2的代码真的是太多了，而且几乎没有注释，难度真的很大。因为我对深度学习的了解也并不深刻，并且TensorFlow这个框架也没有用过，所以在看代码的过程，真的是不停地在学习。总之一句话就.
2021-10-16 21:55:11
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原创 AlphaFold2初体验
文章目录前言一、Google colab介绍二、代码地址1.引入库2.读入数据三、代码分析四、效果展示总结前言今天尝试在google colab快速跑通Alphafold2的简易版，进行蛋白质预测初体验一、Google colab介绍1.Google colab是一个免费的 Jupyter 笔记本环境，不需要进行任何设置就可以使用，并且完全在云端运行。并且可以免费使用Google的GPU 。Google colab 可以将你的Jupyter 笔记本存储在Google的云端硬盘当中，借助 Goog
2021-10-09 21:22:18
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原创 基于人工智能的多肽药物分析的子问题——蛋白质的三级结构预测的第一周学习记录
文章目录前言一、蛋白质结构的研究意义二、当前研究现状三、AlphaFold的介绍1、AlphaFold出现的意义2、AlphaFold2的方法四、未来发展五、代码情况六、学习计划七、参考论文前言 我们小组的题目是基于人工智能的多肽药物分析问题，在这个大的题目下，魏老师为我们几个同学分配了小的课题。我目前研究的方向是基于人工智能预测蛋白质的三级结构。下面我将从蛋白质结构的研究意义、当前研究现状、AlphaFold的介绍、未来发展、代码情况、未来学习计划、参考论文六个方面介绍我自己的小课题。一、.
2021-09-30 20:00:45
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空空如也
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