动力学模拟中计算盐桥

VMD动力学模拟中计算盐桥

Gromacs计算盐桥

gromacs 计算盐桥用的命令为gmx saltbr，这个命令在自己本地计算经常报错，后来决定使用VMD

VMD计算盐桥

附上盐桥计算的官方地址：
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/saltbr/

Vmd计算盐桥较为方便，用命令或者extentions-analysis-salt bridges

默认情况下，为每个盐桥写入一个文件，其中包含帧数以及酸性侧链中氧的质心与碱性侧链中的氮质心之间的距离。 这个距离与用于识别盐桥的标准略有不同。

盐桥生成后我们可以具体分析这些盐桥形成的强度，有文献将持续度大于20%的盐桥认为是稳定盐桥，我们可以评价盐桥的稳定性。

自己写了个python 脚本用于分析形成的盐桥持续度，持续度定义为距离小于4埃的帧数占总帧数的比例。

import os
import numpy as np
filepath = "D:\\analyse\\WT\\saltbridge" #这里为文件的路径，因为是在windows使用，所以多加了一个\
files = os.listdir(filepath)
s = []
for file in files:
    f = np.loadtxt(open(file))
    f_two = f[:,1]
    f_value = np.sum(f_two <=4) / 500
    print(file)
    print(f_value)