可从文献、图片、PDF等提取化学结构的开源软件

本文介绍两款用于从文献、图片和专利中提取化学结构的软件:OSRA和Imago。OSRA支持90多种图形格式,可在线转换为SMILES或SD格式;Imago提供GUI和命令行模式,供用户根据喜好选择。

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我们经常会遇到需要从文献、图片、专利中提取化学结构的情况,要是自己一个一个去画比较费劲,参考网上资料有几个开源的软件可供大家选择使用。

  1. OSRA
    这是第一个可识别90多种的图形格式的软件,将其转换为smiles或SD格式。参考文献https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2889020/

    该软件很贴心的提供了在线预测服务,网址:https://cactus.nci.nih.gov/cgi-bin/osra/index.cgi
    使用方法:打开文档,点击submit,识别的图片会出现在右边,当然有时候识别不准确,需要手动修改,修改好后保存SMILES或SD格式。
    OSRA使用
    当然也提供了源码跟Windows和linux版本的,但Windows和linux版收费,没有特别需求可以使用在线预测服务。

  2. Imago
    这款软件可以下载windows或linux的有GUI或命令行模式的,下载地址为https://lifescience.opensource.epam.com/download/imago.html
    下载后使用我自己感觉不如上款软件,大家看自己喜欢用哪个吧。
    在这里插入图片描述

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