xiaolan39-CSDN博客

原创 Pymol做B因子图

分子动力学模拟结束后，获得蛋白的平均结构，比如获得的平均结构为WT-average.pdb然后将平均结构导入到Pymol 中，可以得到B因子图。gmx rmsf -f md_0_100_noPBC.xtc -s md_0_100.tpr -o rmsf-per-residue.xvg -ox average.pdb -oq bfactors-residue.pdb -resaverage.pdb和 bfactors-residue.pdb 都可以做B因子图pymol里载入 average.pdb或b

2023-10-10 19:00:01 1930

原创 Chemdraw 使用小技巧

欢迎使用Markdown编辑器新的改变功能快捷键合理的创建标题，有助于目录的生成如何改变文本的样式插入链接与图片如何插入一段漂亮的代码片生成一个适合你的列表创建一个表格设定内容居中、居左、居右创建一个自定义列表如何创建一个注脚注释也是必不可少的KaTeX数学公式新的甘特图功能，丰富你的文章UML 图表FLowchart流程图导出与导入导出导入MarkdownText-to-HTMLAuthorsJohnLuke。

2023-09-18 16:32:26 515

原创 origin 拟合计算酶的Kcat Km 值

origin拟合计算Kcat Km值横坐标为底物浓度，纵坐标为反应速率全选X 与Y坐标数据，然后选择菜单栏Analysis: Fitting: Nonlinear Curve Fit：Open Dialog在Setting：Function Selection页面内的Category选择Pharmacology, Function选择米氏方程（MichaelisMenten）, 而后点击Fit便可得到拟合结果了。拟合计算得到的是Vmax 和Km，然后利用公式 Kcat=Vmax/ 酶浓度，得到Kc

2023-05-10 15:33:11 4026

原创 Gromacs中的g_mmpbsa计算带电底物与蛋白的结合能不准确

Gromacs中的g_mmpbsa计算带电底物与蛋白的结合能不准确

2023-02-15 20:11:21 774 1

原创 gromacs中一些有用的分析命令

gromacs 分析命令

2022-08-12 15:04:32 3340

原创 linux使用wget 批量下载PDB文件

linux 命令行批量下载pdb 文件有100个PDB需要下载，可以用到linux wget尝试用for 语句，不过PDB网站不让机器自动下载。下载一个PDB文件，可以用wget http://www.rcsb.org/pdb/files/XXXX.pdb很多文件的下载把这个命令写到一个 sh 文件中，#!/usr/binwget http://www.rcsb.org/pdb/files/AA.pdbwget http://www.rcsb.org/pdb/files/BB.pdb..

2022-03-03 15:10:27 2913

原创 Amber或Swiss model蛋白残基重新编号

Amber 蛋白残基重新编号

2022-01-05 17:23:09 718

原创动力学模拟中计算盐桥

VMD 盐桥

2021-12-14 21:10:08 2098 2

原创 endnote 使用小技巧-word文档中的所有参考文献整理为一个group

文献批量导入相比于一篇一篇导入文献，更喜欢 file-import-folder某个word文档中的所有参考文献整理为一个group打开 Word，选择「Update Citations and Bibliography」然后打开endnote, 可以看到左侧一栏中出现刚打开的 Word 文档所有引用的参考文献。然后全部选择→右键→「Copy References to」→已有Library或者新建Library。如果要与他人共享这些参考文献，可以选择「File」→「Compresse.

2021-09-19 11:42:54 4214

原创分享几个有意思的药物设计网站

今天搜索Unoprot时发现了几个综合性的网站，可以用于药物设计。https://www.expasy.org/resources/swissdrugdesign这是一个Swiss bioinformatics开发并维护的一个网站，可以看看非常有意思返回主页竟然还发现更加综合性的一个网站expasy涉及到系统生物学、结构生物学、蛋白质组、基因组等等，非常全面的一个网站。...

2021-09-16 14:51:46 574

原创 gromacs 选区用法

gromacs 选择部分gromacs make_indexname 25 XXX重新给25group 命名del 26删除26group选择蛋白中的102号残基的OE1原子1 & r 102 & a OE1这里要注意ri 与r 区别，ri 代表的是用l list residues 后的残基，编号从1开始而r 代表的是你的pdb 文件中残基的编号计算残基之间的最小距离(1) 先用make_ndx命令生成index文件：gmxmake_ndx -f md_0_1.t

2021-06-29 14:37:56 3170

原创 gromacs 中关于二级结构分析

我们可以利用DSSP实现二级结构分析。首先下载DSSP，然后复制到/usr/local/bin中，在环境变量中添加DSSP，gmx do_dssp -f md_center.xtc -s md.tpr -o dssp.xpm -tu ns然后再利用xpm2ps将xpm转换为epsgmx xpm2ps -f dssp.xpm -o secondary-structure.eps在这里可以用一个m2p 的文件把一些参数写进去，自己觉得有用参考参数描述; Command line options

2021-06-03 15:16:08 2479 1

原创 gromacs PCA 做自由能景观图

在文献中看到有人做自由能景观图，记录下自己的操作过程参考http://www.kangsgo.com/49.htmlhttp://sobereva.com/73https://www.zhihu.com/question/19895566跑完动力学后蛋白比对gmx trjconv -f md.xtc -s md.tpr -fit rot+trans -o mdfit.xtc选择backbone 以及 system用于输出然后生成协方差gmx covar -s md.gro -f mdfi

2021-05-13 14:51:43 8004 22

原创 rosetta_ddg 使用-rosetta 2020版

参考https://www.rosettacommons.org/docs/latest/application_documentation/analysis/ddg-monomerhttps://zhuanlan.zhihu.com/p/26071679参考作者的进行了下操作，有些部分需要修改先处理PDBpython ~/Downloads/rosetta_src_2020.50.61505_bundle/main/tools/protein_tools/scripts/clean_pdb.py

2021-05-10 17:33:28 2509 1

原创极性表面积与非极性表面积

溶剂可及表面积（）蛋白或者药物小分子的极性表面积（polar surface area，PSA）非极性表面积（ apolar surface area，ASA）极性表面积定义为由极性原子（氮和氧原子以及它们所连接的氢原子)来计算。非极性表面积可以通过考虑碳，卤素和非极性氢原子来计算非极性表面积。ASA值与实验观察到的蛋白质折叠过程的热容量和焓的热力学变化，62种蛋白质-溶剂相互作用以及配体-受体结合密切相关...

2021-05-09 17:06:46 2903

原创 gromacs-too many lincs warning解决办法

这两天跑一个蛋白体系，主要蛋白同源模建的，然后gromacs 跑动力学，对野生型在跑到70ns时报错，对突变体却可以正常运行。主要还是体系崩溃，查看报错信息，说明体系不够稳定，说蛋白一个GLN残基的N H 原子间可能有问题，如何解决。https://manual.gromacs.org/current/user-guide/terminology.html#blowing-up参考官网给的解决办法方法1看到有说步长修改为1fs,目前正在尝试。方法2确保在mdp文件中为所选的力场和系统类型

2021-04-28 21:14:39 4731

翻译高性能计算中常用的一些术语及概念

近期试用超算，经常碰到一些HPC中的一些术语，这里试着总结下核（core）实际执行指令的硬件计算单元。通常，一个处理器中有多个内核插槽（socket）一组共享本地的核心，例如共享的缓存。这使得将计算工作分布在插槽内的内核上比分布在不同插槽内的内核上更为有效。现代处理器通常具有多个插槽。节点（node）一组共享本地的socket，例如，无需任何网络硬件即可共享对同一内存的访问。普通笔记本电脑或台式计算机是一个节点。节点通常是用户可以请求使用的大型计算集群中的最小数量。线程（thread）内核执

2021-04-28 10:52:23 1521

原创利用Acpype、Parmed互转 gromacs与Amber拓扑坐标文件

近来这两个之间捣鼓拓扑文件：prmtop top坐标文件：inpcrd gro轨迹文件: mdcrd xtc拓扑和坐标文件我们用parmed可以实现相互转换轨迹文件用vmd 可以转换parmed利用parmed 网址 https://github.com/ParmEd/ParmEd里面介绍到格式转换import parmed as pmd#convert GROMACS topology to AMBER formatgmx_top = pmd.load_file(‘p

2021-04-11 10:08:35 4974 1

原创 origin的几个高效使用技巧

origin copy page 到word 后显示不全，修改方法Tools > Options > Page >margin,将选项改为page一般自己在Book中对不同的数据在 Comments 一项就会填好，这样图例自动跟新，Units 也会填好，这样可节省时间，自己也清楚数据。自己要做的图很多，所以要学会高效运用。1.利用模板origin 中自己设置字体为28，线宽为0.5-1.5，rmsd用的1.5，rmsf用的1.5，氢键数也用的0.5图例注释线宽用的0.5.

2021-04-06 20:34:06 2762

原创 xmgrace 使用-添加图例

xmgrace 在linux下是自己常用的一款软件，这里写下跑完动力学RMSD后的作图。一张图上多条曲线，但没有命令行来指定数据集图例标题。那如何解决呢？可以使用一个参数文件template.par这个参数文件的内容为with g0s0 legend “title0”s1 legend “title1”s2 legend “title2”然后运行命令xmgrace -param template.par 1.xvg rmsd_amber_2.xvg rmsd_3.xvg 就可以在

2021-04-01 10:42:19 2017 2

原创 gromacs 中shell 编写自动脚本-用到grep、awk、sed

管道符的使用[root@linuxprobe ~]# free -mtotal used free shared buffers cachedMem: 1826 1244 582 9 1 413-/+ buffers/cache: 830 996Swap: 2047 0 2047[root@linuxprobe ~]# free -m

2021-03-29 15:00:50 1048 1

原创天津超算测试使用总结

近期天津超算有测试使用，总结一些需要主要的点在登录节点加载自己所需要的模块如使用gromacs 加载模块module add Intel_compiler/16.0.3module add MPI/Intel/IMPI/5.1.3.210module add fftw/3.3.4-icc16-IMPI5.1module add gromacs/5.1.2-single-icc16-IMPI5.1加载后用module list查看下是否加载成功然后在登录节点编写脚本run.sh#!/bin

2021-03-29 14:59:24 921 2

翻译 Gromacs g_mmpbsa结合能分析

利用g_mmpbsa 计算时的命令：这里有一步法，也有三步法三步法的命令：a:计算真空中的势能g_mmpbsa -f md_0_100_center.xtc -s md_0_100.tpr -n index.ndx -pdie 2 -decomp产生两个文件energy_MM.xvg and contrib_MM.datb:计算极性溶剂化能g_mmpbsa -f md_0_100_center.xtc -s md_0_100.tpr -n index.ndx -i …/polar.mdp -

2020-12-24 15:23:44 3629 2

原创 Pymol一些命令及使用小技巧

pymol 选择对接的分子5A 范围内的氨基酸残基create pocket, byres 4dxd within 5 of resn 9pc (这条命令的目的就是以残基9pc为中心，在4dxd这个蛋白质里找出跟9pc距离在5 A的氨基酸，生成一个pocket， 9pc这个残基是4dxd这个蛋白质晶体中的一个配体）或者下面的命令select 5Alig, byres lig around 5show sticks, 5Alig选择残基100.102,108-111select res, resi

2020-12-12 19:51:26 14696 1

原创 Autodock vina 对接教程

Autodock 对接网上有很多教程可以用，官方的也写的非常好，这里贴下下载的地址MGLtoolhttp://mgltools.scripps.edu/downloadsAutodock vinahttp://vina.scripps.edu/download.html下载好后开始学习吧同样的蛋白经过去水、加氢原子、加电荷处理存为pdbqt格式小分子经过...

2020-11-05 10:52:26 5687 3

原创 python下批量下载专利-欧洲专利局

有专利号，批量下载专利https://github.com/lancer1911/epo_download参考这篇文章，下载专利文中提到了在mac 下用brew ,linux 下用 /bin/bash -c “$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install.sh)” 出现 curl: (7) Failed to connect to raw.githubusercontent.com po

2020-08-25 17:12:09 936

空空如也

空空如也