Mac多版本python管理与基本使用(Conda适用Linux,Macos和Windows)

安装conda

conda简介：Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。 Conda 是为 Python 程序创建的，适用于 Linux，OS X 和Windows，也可以打包和分发其他软件。conda分为anaconda和miniconda。anaconda是包含一些常用包的版本（这里的常用不代表你常用 ），miniconda则是精简版，需要啥装啥，所以推荐使用miniconda。

miniconda官网：https://conda.io/miniconda.html

可以在直接在官网在下载macOS installers内自己需要的版本安装

注：python版本可以在conda安装后在选择安装

选择适合自己的版本，用wget命令下载。

wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
# 这个版本是适合于linux的，要看清楚噢。

# mac用户请用：
curl -O https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh

# mac用户选择图形化界面的anaconda版本也可。
# 传送门：https://www.anaconda.com/products/individual 
# 往下翻，选择64-Bit Graphical Installer

这里选择的是latest-Linux版本，所以下载的程序会随着python的版本更新而更新（现在下载的版本默认的python版本已经是3.7了）

安装命令

chmod 777 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #给执行权限
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #运行

注意，以前的教程都是教一路yes下来的，但是会有隐患，特别是当你的服务器之前有安装过软件的话，conda会污染你原来的环境，把你原来设置好的东西进行更改。具体的惨痛教训请参见：

 Anaconda is a snake.

所以在询问是否将conda加入环境变量的时候选择no。

添加频道

官方channel: (先不要急着添加这两个哦~,只要添加下面的清华的4个镜像地址就足够了的~)：

conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge

 这个频道有的时候会引起网络错误, 网络不稳定的朋友不建议加.

conda config --add channels genomedk

添加清华的镜像channels

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

如果你需要其他的更多的频道,请访问这个地址👉: https://mirrors.bfsu.edu.cn/help/anaconda/ 里面有详细的指导哒

显示安装的频道

 conda config --set show_channel_urls yes 

查看已经添加的channels

conda config --get channels

每次创建python的新环境之后都要执行如下命令，修改pip镜像地址为国内镜像

# 设置pip国内镜像
pip config set global.index-url https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple

# 更新pip
pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple pip -U

如果需要指明某个镜像安装装包，加上参数-i 镜像地址即可：

pip install numpy -i http://pypi.douban.com/simple

已添加的channel在哪里查看

vim ~/.condarc

切换回默认源

conda config --remove-key channels

anaconda 取消默认启动base环境

通过将auto_activate_base参数设置为false实现：

conda config --set auto_activate_base false

那要进入的话通过

conda activate base

如果反悔了还是希望base一直留着可以恢复

conda config --set auto_activate_base true

将conda更新到最新版本

conda update conda

查看已存在的虚拟环境

conda env list

这些虚拟环境都存储在Anaconda根目录下的env文件夹中。

创建一个虚拟环境

conda create -n python python=python3.7

激活一个虚拟环境

conda activate python3

这里的激活是指在terminal下激活的，当退出terminal后在打开激活的虚拟环境就失效了。

关闭虚拟环境

conda deactivate

删除环境

conda remove -n python3 --all

重命名环境

conda create -n python2 --clone py2
conda remove -n py2 --all

实际上conda并没有提供这样的功能，但是可以曲线救国，原理是先克隆一个原来的环境，命名成想要的名字，再把原来的环境删掉即可
参考自：conda 创建/删除/重命名 环境

查看在conda中已安装的库：

conda list

安装/更新/删除库：

conda install gatk # 安装
conda update gatk  # 更新
conda remove gatk  # 删除

或者

conda install -n env_name [package]  # 安装
conda remove --name env_name package_name # 删除

其中 [package]是要安装的库的名称。

pip安装/删除库

首先激活要安装库的虚拟环境：conda activate env_name

安装：pip install [package]

删除：pip uninstall [package]

这两种安装方式的区别

conda是一种通用包管理系统。

pip是Python包的通用管理器；

换句话说就是：这两个包的区别就是包的管理方式不同。

在conda中安装包和在虚拟环境中安装包的区别

在conda中安装，安装的包并没有安装在具体的某一个虚拟环境中。

当创建虚拟环境或者用conda向某一个虚拟环境安装包的时候，首先检查的就是conda中是否已经安装这个包了，如果conda中已经安装了这个包，就不必再次通过网络下载了。

通过向conda中安装一些非常常用的包可以节省一些时间。

创建软件的软链接（非必须步骤）

跟着命令一路敲到这里的小旁友们估计发现了，现在退出conda环境之后之前安装的软件全都GG了，敲命令没法执行了！
怎么办呢！其实只要把安装好的软件软连接到一个处在环境变量里的位置就可以使用了。三步走：

第一步，创建一个文件夹  我一般的习惯是在/home目录下创建一个.work文件夹

第二步，将这个文件夹添加到环境变量中

export PATH="~/.work:$PATH"

第三步，软链接 

ln -s ~/miniconda3/bin/gatk ~/.work

这样就可以运行啦~如果还是不行建议试试初始化一下bashrc：. ./bashrc

与他人分享虚拟环境的配置

例如现在要与他人分享my_station这个虚拟环境。

首先激活这个虚拟环境conda activate my_station，之后执行conda env export命令即可看到环境的相关配置。这里可以重定向输出流，例如conda env export > my_station_config.yml即可在当前目录下创建一个名叫my_station_config.yml的文件。

当他人获得这个文件之后，执行conda env create -f my_station_config.yml就可以得到一模一样的环境了。