MITK标注工具使用

文件格式及命名

1.1原始数据存放规则

对于所有的每个病例数据，放在一个父文件夹下面，这里我放在images这个文件夹下：

每个病例下，必须四哥期的数据同时存在，且文件格式保持一致，即每例病人的四期对应的数据均以“.nii.gz”格式存在，如下图：

1.2标注数据存放格式

这里，按照不同的标注要求来命名（要求突出标注目标），比如此次标注的目标是肝肿瘤，可将每个病例的标注文件夹的父文件夹命名为livertumor_labels:

在livertumor_labels文件夹下面，包含各个病例标注对应的文件夹。以livertumor_labels这个文件夹为例，打开后的内容应该是：

于每个标注病例，里面的内容包括四个期的肿瘤标注文件，每个文件的命名必须和原始图像的命名保持一致。比如原始图像/images/1000001435-2023-07-20文件夹下A.nii.gz文件对应的标注路径应该在/livertumor_labels/1000001435-2023-07-20/A.nii.gz

MITK安装及使用

MITK安装

$Step1:解压Zip文件$
$Step2:打开MITK安装包$

$Step3:安装MITK$

MITK标注

Step 1: 打开MITK，双击桌面的MITK图标

Step 2: 导入图像。即手动将亟待标注的”.nii.gz”文件拖动到下图区域

Step 3: 调节窗宽窗位。有两种方式，手动设置及滑动调节。如果标注肝肿瘤，我手动将窗宽窗位调节到[40-400]

Step 4 进入一个窗口进行标注: 进入单个视图画面更大，更有利于标注。

如果标注完成也可退出此视图：

Step 5: 创建分割。这里需要注意，对create segmentation之后的文件进行重命名操作，具体实现看图片文字说明：

Step 6: 执行标注。按照图片的指示进行操作

点击之后可以进行标注了，这个地方可选择的标注工具比较多，下图框出部分即为标注相关工具，标注者需要进行摸索尝试一下！需要用什么标注工具，选择一下即可，然后在图上进行标注及修改

标注示例

下面我进行标注一层进行展示，以更快学习使用，还是分步骤实现吧！(以标注肝脏为例子)
Step 1:点击标注工具add

Step 2:沿着标注目标边缘勾勒

以看到我的勾勒超出肝脏区域了，此外标注的颜色太浓会影响我对标注边界的判断。所以需要对标注进行：1）淡化标注颜色；2）修改标注。
针对问题1，调节标注颜色透明度：

针对问题2：点击下图按钮，然后沿着超出边界部分边缘进行勾画即可消除超出区域（注意：如果是标注不足，则是点击add,对不足区域的边缘进行勾画即可补上不足区域）

修改后的标注如下图所示：

尽管上图标注看似不错，但仍可以进一步精细修改。鼠标指向标注目标区域，按住鼠标右键进行放大

精修后的可视化如图：

接下来，需要对每个切片进行逐层标注，上面仅仅标注第372层切片面，标注者需要对每个切片逐一标注，切换切片的方式为：点击框图中的上下切片切换按键即可

标注完成后，需要对标注文件进行保存：鼠标右键点击此处，选择Save选项

2.4 错误示例

在精修时可能会出现上面的两种情况，一定要仔细检查，切不可马虎。上图中可以看见边缘标注仍然不够完美，所以需要标注者有耐心，避免重复修改！！！