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RSS订阅原创 Aspera——数据下载必备神器
Aspera——数据下载必备神器Hello! Hello! 小伙伴们大家好,我是豆豆,好长时间没有和大家见面了。最近小编在做数据挖掘分析的项目,需要从EMBI、NCB、 GeneCards等国外数据库中下载物种的参考基因组文件,转录组数据,注释信息等文件。但是这些数据库毕竟在国外,无论在服务器上用命令还是用浏览器下载,下载速度都是龟速，如下图所示。 这样的速度小编实在不能忍受，小编在查找自己的以前的项目笔记时，发现了一款数据高速下载神器——Aspera，小编安装...
2021-01-28 00:26:08
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原创 火山图美化神器——ggpubr包
分析背景 在前段时间，小编给各位小伙伴们介绍了使用ggplot2包绘制差异基因火山图，私底下有小姐姐向小编反应说图形不够美观，毕竟这个这是个看脸的时代，今天小编给小伙伴们介绍使用ggpubr包绘制带有自定义有颜色的标签，如下图所示，是不是耳目一新。 ggpubr是由Alboukadel Kassambara基于ggplot2、ggsci包开发的，用于绘制符合出版物要求的图形。该包封装了很多ggplot2的绘图函数，并且内嵌了ggsci中很多优秀的学术期刊配色方案，值得学习使用。ggpubr
2020-09-10 10:47:47
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原创 火山图美化神器——ggpubr包
分析背景 在前段时间，小编给各位小伙伴们介绍了使用ggplot2包绘制差异基因火山图，私底下有小姐姐向小编反应说图形不够美观，毕竟这个这是个看脸的时代，今天小编给小伙伴们介绍使用ggpubr包绘制带有自定义有颜色的标签，如下图所示，是不是耳目一新。 ggpubr是由Alboukadel Kassambara基于ggplot2、ggsci包开发的，用于绘制符合出版物要求的图形。该包封装了很多ggplot2的绘图函数，并且内嵌了ggsci中很多优秀的学术期刊配色方案，值得学习使用。ggpubr
2020-09-10 10:44:23
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原创 一句代码绘制高颜值的火山图
分析背景 火山图常用于转录组研究中，也能应用于基因组，蛋白质组，代谢组等统计数据。它归根到底是是散点图的一种，它能将统计学中的统计显著性量度（如p value，矫正后的P值）和变化幅度相结合，从而能够帮助人们识别那些变化幅度较大且具有统计学意义的数据（如基因，蛋白等），如下图所示。图形分解图中每一点代表所研究的基因，灰色的点代表这些基因在实验组和对照组的表达情况不具有差异性，绿色和红色的点代表上调基因和下调基因。横坐标log2FC代表差异倍数，离坐标原点越远，说明差异倍数越大纵坐标-lo
2020-08-31 16:51:42
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原创 UpSet——集合关系可视化神器
分析背景 提到集合的可视化，大家第一时间想到的是用Venn图来展示，在前期的推文中，小编也给大家分享了venn图的绘制方法。然而，值得一提的是，小编分享的方法是基于R语言，并将根据项目经验，将常规的代码语句进行封装，对于刚入门的小白来说，只需要整理好自己的数据，将数据传入到函数中，即可得到高质量的Venn图，方面快捷，省时省力。但是，当集合数多比如 7个以上的时候那就会看的眼花缭乱了。 针对上面这种情况，小编今天可大家编写了一个用于多个集合数据可视化小程序——集合图，并且小编已经将其封装成函
2020-08-20 09:16:30
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原创 多维venn图
####研究背景维恩图（Venn diagram），也称韦恩图、文氏图、温氏图，是利用集合分类的原理将特定的数据进行分类或归类。在生信分析中，Venn图可用于统计多组或多个样本中共有和独有的物种的（OUT、Gene）数目，可以比较直观的展现不同环境样本中物种的OTU或者样本之间的Gene组成相似性及重叠情况，一般用于2~7组数据的比较分析。绘出的图一般长这样：####分析方法####实战演练# 读入数据df = readFlie('./venn.txt',type = 'txt',row = F
2020-08-12 14:05:10
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空空如也
空空如也
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